朱慈烺、劉雲龍、魯之嶼上岸後，與碼頭上的官員一一握手，然後趕往滄浪亭，準備向太上皇朱由檢彙報收復北京的情況。
朱慈烺、劉雲龍、魯之嶼、左懋第等離開碼頭後，蘇州衛士兵、蘇州府刑課的人將在北京捕獲的清廷官員押送到司前街。他們中除了多爾袞、代善、巴布泰等滿族官員外，還有很多先後投降了李自成、多爾袞的原大明官員。他們中有洪承疇、祖大壽、鮑承先、馮銓、孫之獬、謝啟光、李若琳、劉餘佑、寧完我、項煜、龔鼎孳、孟喬芳、李盛枝、潘士良、李明睿、光時亨、周鍾、張若麒、梁兆陽、魏天賞、童逵行、於際清、馬之先、申芝秀等人。
洪承疇，福建泉州人。萬曆四十四年（1616年）進士。崇禎年間累遷至延綏巡撫、陝西三邊總督，在河南、山西、陝西、湖廣等地擊敗高迎祥、李自成、張獻忠等部農民軍。崇禎十二年（1639年）調任薊遼總督，崇禎十四年（16si1年）率明軍出山海關，援救錦州，次年松錦會戰失敗後，降清。
祖大壽，遼東寧遠人，抗倭名將祖承訓之子，吳三桂的舅舅。他長大成人後，子承父業，從軍後先後任寧遠衛指揮僉事、寧遠中右所游擊、靖夷營游擊、關寧軍參將、大淩河總兵，在大淩河之戰失敗後，詐降後逃回錦州，後為錦州總兵。松錦會戰後正式投降了清廷。
孟喬芳，北直隸永平府人。原為明軍副將，崇禎三年（1630年）降清，隸屬滿軍鑲紅旗（旗主為代善長孫貝勒羅洛輝）。崇禎十一年任刑部左參政，同時兼領漢軍正紅、鑲紅兩旗副都統。清軍入關後，任刑部左侍郎。
李盛枝，山東濟南府萊蕪人。崇禎六年（1633年）46歲時考中進士，初任山西臨晉縣知縣，後任北直隸雄縣知縣。崇禎十一年（1638年）多爾袞、嶽託率清軍入關劫掠時，他棄雄縣城逃走了。清軍退出關內後，到北京刑部任主事。崇禎十七年（16si4年）李自成攻陷北京後，他投降了大順軍。多爾袞進入北京後，他又投降了清軍，繼續在刑部任職。
潘士良，山東濟寧人。萬曆四十一年（1613年）進士，天啟年間擔任蘇松巡按，後任南京光祿寺卿。崇禎年間先後任大理寺卿、南京刑部右侍郎、北京刑部右侍郎。大順軍攻陷北京後，他投降了李自成。清軍入北京後，他投降了多爾袞。
李明睿，江西南昌人。天啟元年（1621年）的進士，先任蔗吉士，後任翰林院檢討。崇禎元年任東宮侍講，後任詹事府“左中允”。崇禎八年（1635年）遭彈劾被罷官。崇禎十六年（16si3年），經李邦華、呂大器推薦，再次出任詹事府“左中允”，不久任詹事府右庶子。崇禎十七年（1644年）正月初三，李明睿曾勸朱由檢放棄北京，儘快南遷，但因遭到陳演、光時亨等人的反對，未能遷都。大順軍攻陷北京後，他投降了李自成。清軍進入北京後，他又投降了多爾袞。他為了討好清廷官員，竟然蓄養了100多名妓女，供清廷官員享受。
光時亨，南直隸桐城人。崇禎七年（1634年）甲戌科進士，初授四川重慶府榮昌縣知縣，後被徵召入京，先後擔任兵科給事中、刑科給事中。李自成攻陷大同後，李明睿向朱由檢提出遷都時，他與陳演堅決反對。大順軍包圍北京後，他暗中與李自成秘密接觸，準備投降。李自成破京城後，他就投降李自成，留任兵科給事中。清軍進入北京後，他又投降了多爾袞。
周鍾，直隸金壇縣（今江蘇省金壇市）人，復社成員。崇禎十六年（1643年）中進士，任翰林院庶吉士。李自成攻陷北京後，他不僅投降了，還寫了《士見危致命論》，號召別人向他看齊，儘快投降大順朝，接著又給李自成寫《勸進表》，歌頌李自成的文治武功超過了堯、舜、湯、武，被大順朝授職宏文館檢討。清軍進入北京後，他又投降了多爾袞。
張若麒，山東膠州人。崇禎四年（1631年）中進士，初授保定府清苑縣知縣。崇禎七年（1634年），任永平府盧龍縣知縣。崇禎十年（1637年）任刑部主事。崇禎十一年（1638年）任兵部職方司郎中，崇禎十五年（16si2年），明清松錦會戰時，他為監軍，兵敗後洪承疇降清，他逃回北京，被捕入獄。崇禎十七年（16si4年），李自成佔領北京後，他降了大順，一度被任命為大順朝兵政府尚書。李自成退出北京後，張若麒沒有跟著李自成離開北京，而是留了下來。多爾袞入京後，他投降了清軍，任順天府府丞。因多爾袞還沒任命順天府府尹，因此張若麒實際上代理府尹的事務。當年九月，張若麒的父親去世，他申請為父丁憂，被多爾袞降旨解任，在京守制。
梁兆陽，廣東廣州府佛山人。崇禎元年（1628年）中進士，初任翰林院檢討，後升詹事府詹事、左春坊右中允。大順軍攻陷北京後，他隨張縉彥投降了李自成。他降了李自成後，第一個提出倡議，為大順朝捐資助餉，並拿出了5千兩銀子。清軍進入北京後，又投降的多爾袞。
魏天賞，河南汝寧府遂平縣人。崇禎十六年（1643年）考中了進士。吏部還沒給他授官，李自成就攻陷北京。他投降了李自成後，被授為大順淮揚運使。在他到任途中，山海關之戰爆發，他就逃回了北京。清軍入關後，他又投靠了清廷。
於際清，山東棲霞人，16歲考取秀才，在棲霞縣做了幾年教諭後，到遼東投奔了皇太極。皇太極發現了他的聰明才智後，就任命他為福臨的講官（即老師）。多爾袞率清軍入關後，他先與孝莊皇太后一起留在瀋陽，後到北京。福臨登基後，他繼續做福臨的老師。
童逵行，原為朝廷派到吳三桂的關寧軍的監軍。李自成攻陷北京後，他向吳三桂提出向多爾袞借兵。山海關之戰後，他沒有跟隨吳三桂，而是被多爾袞留在了北京。
馬之先，遼東金州衛人（今大連金州區），清軍攻陷遼東半島後，降清，隸漢軍鑲藍旗。崇禎十七年（16si4年），多爾袞佔據北京後，以諸生身份授昌平州知州。
申芝秀，太監，原昌平守陵太監。李自成自居庸關到達昌平後，就投降了李自成。
......
這些被俘的清廷官員不久被送到了南京，經刑部、大理寺聯合審判，洪承疇、祖大壽、李明睿、光時亨、周鍾、申芝秀被判處死刑，他們的女性家屬被送到南京教司坊，他們幾人的男性家屬和其餘被判處5——15年有期徒刑的被捕官員及他們的家屬，分別被送到外興安嶺、興安山、葉尼塞山、薩拉伊爾山、阿爾泰山、薩彥嶺、天山、烏拉爾山的金礦、銀礦、銅礦、錫礦、鐵礦、煤礦、軍田中做工，他們即使刑滿釋放後，也不得離開服刑地，最後成了那些地方的永久居民。
此前，南京刑部、大理寺已對抓捕的左良玉的手下進行了審判，黃澍被判處死刑，他的女性家屬被送到南京教司坊。盧光祖、徐育賢、柳敬亭、賈三省、張應祥等被判處5——10年不等的有期徒刑，他們與黃澍的男性家屬分別被送往楚科奇半島、阿拉斯加、育空地區的金礦、銀礦、煤礦中，成了免費礦工。最後，除了柳敬亭外，其餘人及他們的家屬都成了那些地方的永久居民。柳敬亭被關押到楚科奇半島的北兜（今波利亞爾內）金礦後，因礦區有2千多名礦工，他利用工閒時間給礦工說書，深受礦工們的歡迎，被減刑後，回到揚州，繼續講他的“揚州評話”。
後來，李化熙、高第、王承胤、杜勳（太監，原宣府監軍，與王承胤一起先投降大順，後降清軍）、杜之秩（太監，原昌平監軍，與唐通一起先投降李自成，後投降多爾袞）、陳奇瑜、吳三桂、多鐸、李定國、艾能奇、李自成、牛金星、宋獻策、田見秀、劉宗敏、袁宗第、張鼐、葛汝芝（原明軍寧夏鎮總兵，崇禎十六年冬投降了李自成）、顧君恩（李自成謀士）、尚炯（李自成御用郎中）、胡名天（大順朝龍衣衛首領）、陸之祺（大順刑政府左堂）、鄧巖中（大順朝刑政府侍郎）、董復（大順北直隸真定州牧）、孫以敬（大順刑政府從事）、王孫蕙（大順朝長蘆鹽場運使）、顧芬（大順成都府同知）、吳達（大順朝四川巴縣縣令）、陳名夏（大順朝弘文院學士）、朱存極（秦王）、朱求桂（晉王）、惠師揚、陳尚新、周壽明、韓四維、楊廷鑑等也先後被送到了南京審判。
經審判，朱存極、朱求桂被廢為庶民，朱存極全家被流放臺灣島，朱求桂全家被流放爪哇島三寶壟，成了農民。
多鐸及手下的清軍軍官因組織、參與的潼關城的tu殺，全部被判處死刑。
李自成被判處烤刑，就是把他裝在銅皮做的模子中，外邊用微火焚烤銅皮，李自成在一陣陣慘叫聲中，被烤焦。然後將他的屍骨銼成灰，放進炮彈中打出去。
杜勳、杜之秩、李化熙、王承胤、牛金星、田見秀、劉宗敏、袁宗第被判處死刑，立即執行。
吳三桂因降清後，大多與大順軍作戰，因此沒被判死刑，而是被判處有期徒刑10年。後來，他與陳圓圓一起去了呂宋島的碧瑤金礦，成了那裡的免費礦工。
李定國、艾能奇因先與清軍作戰，後與大順軍作戰，他倆及手下的大西軍軍官被從輕處罰，後送到呂宋島、鄭和島、伊裡安島、澳洲島、帝汶島等島嶼服刑。
其餘大順朝的文官、中低階軍官也被判處5-20年不等的有期徒刑後，被送到西伯利亞、安東半島、楚科奇半島、阿拉斯加的礦山中服刑。
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