次日，劉靜逸將“郎溪號”、“南陵號”留在了雅加達，自己率領艦隊向這一戰役的最後一個目標——馬六甲開去。從雅加達到馬六甲有1150公里的航程，也需要4天時間。
馬六甲海峽南面是蘇門答臘島，北面是馬來半島，近千年以來一直是阿拉伯人、馬來人、東亞人進行貿易的國際通道。馬來半島土地肥沃，物產豐富。鄭和下西洋的時候，記載馬來半島“石崖周匝崎嶇，遠如平寨，田沃，谷豐登。”
馬六甲城位於馬六甲海峽的北側，原是馬來半島馬六甲王國（中國史書上稱為“滿刺加王國”）的首府，是進出馬六甲海峽的商船必經之處，因此商業發達，是馬來半島上最繁榮的城市。鄭和下西洋時，馬六甲王國不僅是大明的藩屬國，還是大明在馬六甲海峽重要的戰略伙伴國，因此馬六甲城內有大量的中國人。馬來半島上另一座有大量中國人的城市是吉打蘇丹國的檳榔嶼（今檳城）。
馬六甲王國原信奉印度教，與中國建立戰略同盟後，馬六甲王國並沒有像日本、朝xian、安南一樣融入儒家文化圈，最後卻改宗了YSL教。
馬來半島上還存在著彭亨、吉打、吉蘭丹、北大年等蘇丹國，都曾是馬六甲王國的屬國。
正德六年(1511年)，葡萄牙佔領馬六甲後，馬六甲王國馬末沙蘇丹逃到賓坦島建立柔佛蘇丹國，並派人到大明求援。可已閉關鎖國的大明派不出水師去增援，只得眼睜睜地看著馬六甲落入葡萄牙人之手。也就是從那時起，東南亞的國家逐漸脫離大明的羈縻，儘管他們名義上還是大明的藩屬國，但大明已沒資格對這些國家發號施令了。
嘉靖五年（1526年），葡萄牙摧毀了柔佛國設在賓坦島的堡壘，柔佛國蘇丹逃往柔佛河左岸的柔佛（今舊柔佛城），重建都城。葡萄牙人隨後在賓坦島駐紮了下來，對賓坦島實行殖民統治。
嘉靖七年（1528年），馬末沙蘇丹去世，由次子阿拉烏德丁繼承柔佛蘇丹。1511年葡萄牙佔領馬六甲時逃到霹靂的馬末沙蘇丹的長子慕扎法沙隨後在霹靂建立霹靂蘇丹國。
柔佛王國建國後，與目前的大明國類似，面臨著二線作戰，即一邊要與葡萄牙人作戰，一邊還要與興起於蘇門答臘島的亞齊蘇丹國作戰。興起於蘇拉威西島的武吉斯人（即布吉人）海盜如同中國遇到的倭寇一樣，也經常侵擾柔佛國。
嘉靖十五年（1536年），柔佛蘇丹國與葡萄牙講和。柔佛蘇丹國不再進攻葡萄牙人。
嘉靖二十六年（1547年），阿拉烏德丁為防止亞齊坐大，幫助世仇葡萄牙人擊敗了亞齊人。
嘉靖三十年（1551年），柔佛王國聯合爪哇人攻打馬六甲，失利。
嘉靖四十三年（1564年），亞齊蘇丹國進攻柔佛國，摧毀了柔佛城。
隆慶二年（1568年），柔佛為了報仇，再次幫助葡萄牙人擊敗了進攻馬六甲的亞齊軍隊（即歷史上的馬六甲圍城戰）。
萬曆三年（1575年），亞齊進攻霹靂蘇丹，俘獲了霹靂蘇丹曼梳、蘇丹王后及16名子女，此後霹靂蘇丹成為亞齊的傀儡國。
萬曆七年（1579年），曼梳的兒子滿速沙入贅亞齊王室。亞齊蘇丹去世後，滿速沙繼承亞齊蘇丹。在滿速沙任亞齊蘇丹期間，其母后與其弟弟達祖丁回到霹靂就任霹靂第三任蘇丹。
萬曆十五年（1587年），葡萄牙攻佔舊柔佛城。柔佛國首都遷往巴都沙哇。
萬曆十七年（1589年），亞齊滿速沙蘇丹遇刺身亡。繼任的亞齊蘇丹決定韜光養晦，暫停對周邊蘇丹國的征伐。
萬曆三十年（1602年），荷蘭在柔佛的巴都沙哇建立商館，荷蘭人到來後，柔佛國似乎看到了光復馬六甲的希望。
萬曆三十四年（1606年），柔佛王國聯合荷蘭攻擊馬六甲，失利。
萬曆四十一年（1613年），雄心勃勃的亞齊在征服了蘇門答臘島上的幾個小國後，又開始進攻柔佛國都城巴都沙哇，荷蘭人幫助柔佛擊退了亞齊。
萬曆四十三年（1615年），亞齊又進攻巴都沙哇，柔佛在荷蘭人的幫助下，再次擊退了亞齊。此後，亞齊與柔佛講和。
萬曆四十四年（1616年），柔佛聯合亞齊進攻馬六甲，遭到失敗。
崇禎二年（1629年），亞齊單方面進攻葡萄牙人盤踞的馬六甲，柔佛怕亞齊打敗葡萄牙人後獨佔馬六甲後，竟聯合北大年王國，幫助葡萄牙擊敗了亞齊。
此後幾年，柔佛反覆無常，一會兒獨自進攻馬六甲，一會兒聯合荷蘭人進攻馬六甲，一會兒聯合葡萄牙人反擊亞齊。
崇禎十四年（16肆1年），柔佛幫助荷蘭攻陷馬六甲。柔佛本以為能光復馬六甲了，誰知荷蘭佔領馬六甲後，並沒有把馬六甲交給柔佛人。在葡萄牙人從賓坦島撤離後，荷蘭人還佔領了賓坦島。
葡萄牙勢力退出馬來半島後，柔佛王國的國勢似乎在轉強，甚至佔領了蘇門答臘島的西亞克（也稱為錫阿克）、英德拉基裡地區。
