黃孝本走後，蘇祿國蘇丹森烈拍、馬京達瑙蘇丹庫特拉特也來到了安不納島。
蘇祿蘇丹國、馬京達瑙蘇丹國都是大明的藩屬國。
蘇祿國疆域主要在蘇祿群島、三寶顏半島。蘇祿群島由和樂群島（也稱霍洛群島）、潘古塔蘭群島、薩馬萊斯群島、塔普爾群島和塔威塔威群島等幾個群島組成。
蘇祿群島的居民主要是蘇祿人和巴瑤人。巴瑤人來自馬來半島，傳說柔佛王的一位公主被洪水沖走，柔佛國王派部下去尋找，聲稱找不到公主就不能回來。這些部下來到了蘇祿群島，因一直沒找到公主，於是就留在了蘇祿群島，成了“巴瑤人”。
洪武二十三年（1390年），來自蘇門答臘島的米南保加人在蘇祿群島、婆羅洲島東北部建立了蘇祿王國。蘇祿王國的首都在和樂島的和樂城（也稱霍洛）。蘇祿王國實行的是三個王侯共同管理，因此有3個王侯，分別是東王、西王、峒王，以東王的權力最大。
永樂十五年（1417年），蘇祿國三王曾率眷屬及侍從340人，遠渡重洋訪問中國，受到永樂皇帝盛情款待。在回程途經德州時，東王巴都葛叭答剌病逝，永樂皇帝派禮部郎中帶祭文趕赴德州，以藩王之禮安葬東王，還賜諡“恭定”，並給蘇祿國東王墓親撰碑文。東王病逝後，其長子回國繼任王位，王妃和另兩個兒子就留在德州守墓並定居。
200多年後，蘇祿國東王留在德州的後裔早獲得了大明國籍，取安、溫姓氏，成了地地道道的大明人。
三寶顏是鄭和下西洋路過棉蘭老島時歇腳的地方，因此被稱為“三寶顏”，三寶顏所在的半島就被稱為“三寶顏半島”。與“三寶顏”類似的還有爪哇島的“三寶壟”，也是鄭和下西洋時歇腳休息的地方。
大明閉關鎖國後，蘇祿國見大明無暇顧及鄭和島，就佔領了鄭和島。蘇祿國佔領鄭和島後，把島名改為“巴拉望島”。隨著蘇祿國的強盛，後來又把勢力擴充套件到了三寶顏半島的北部。
隨著婆羅洲島的渤泥國不斷強大，巴拉望島被渤泥國佔領，蘇祿王國自己也成為了渤泥國的藩屬國。
馬京達瑙蘇丹國位於棉蘭老島中北部。
大明稱“棉蘭老島”為“古麻剌朗島”。15世紀來自馬來半島的阿拉伯人在島上建立了幾個信奉YSL的蘇丹國。蘇祿國改宗YSL後，又佔領了三寶顏半島的西北部沿海地區。棉蘭老島的幾個蘇丹國都佔據著棉蘭老島的沿海地區，島的中部是茹毛飲血的野人部落，這些野人部落被稱為“巨眼部落”。
棉蘭老島上蘇丹國除了蘇祿國外，比較大的蘇丹國是馬京達瑙（Maguindanao），其它幾個蘇丹小國有桑吉爾蘇丹國、巴喬蘇丹國等。
永樂十八年（1420年），馬京達瑙蘇丹國國王幹剌義亦奔敦聽說蘇祿國國王去了大明受到款待後，也攜妻子、陪臣到大明朝貢，回國途中生病去世，葬於福建福州。其子剌苾回島後繼嗣為王。
馬京達瑙蘇丹國的首府原來在萊米坦，崇禎十年（1637年）西班牙人佔領萊米坦後，把首府搬到了棉蘭老島西北部沿海的第波羅城（今Dipolog）。
桑吉爾蘇丹國的首府位於棉蘭老島東南部沿海的基安巴城（今Kiamba）。
巴喬蘇丹國的首府位於棉蘭老島中部西海岸的哥打巴託城（今Cotabato）。
萬曆元年（1573年）西班牙人基本徵服呂宋島、比薩揚群島各地大大小小的部落後，於萬曆六年（1578年）進攻蘇祿群島、汶萊。
西班牙自西元710年起遭到MSL的侵略後，直到1472年才徹底驅除了半島上的MSL軍隊。入侵西班牙的MSL是從摩洛哥渡海進攻西班牙的，所以西班牙將所有的MSL稱為“摩洛人”。由於在MSL統治西班牙期間，對西班牙實施了殘酷的統治，因此西班牙人對MSL有著刻骨仇恨。
西班牙人踏上霍洛島後，懷著對YSL數百年的仇恨，血洗了佔領的村莊，把俘獲的MSL販賣為奴。但蘇祿國人民對入侵的西班牙人進行了殊死的抵抗，摩鹿加群島上的MSL（即特爾納特蘇丹國）也渡海來增援蘇祿國。西班牙人見無法征服蘇祿人民，不得不撤離了霍洛島。
萬曆十九年（1591年），西班牙進攻棉蘭老島的東南部，佔領了棉蘭老島東達沃地區的馬蒂（今Mati），在馬蒂建立了第一個殖民點。西班牙佔領馬蒂後，遭到了當地MSL的反抗（歷史上，西班牙人於1844年才徹底佔領了達沃地區）。
萬曆二十四年（1596年），西班牙組織了1700人的軍隊進攻棉蘭老島的馬京達瑙蘇丹國，也遭到失敗，但佔領了棉蘭老島東部的維多利亞（今Victoria）、聖阿古斯丁（今San Agustin）、利安阿（今Lianga，也稱利昂阿）。
萬曆三十年（1602年），西班牙人再次攻擊蘇祿國首府霍洛島，圍城3月不克，西班牙人退出霍洛島。
萬曆三十四年（1606年），西班牙人為了與葡萄牙人爭奪蒂多雷島，需要中轉基地，又對霍洛島發動了2次進攻，未果，於是在後來的20年間，西班牙人沒有對蘇祿群島發起新的進攻。
天啟七年（1627年）、崇禎元年（1628年）、崇禎三年（1630年）西班牙三次進攻蘇祿，都遭到失敗。
崇禎八年（1635年）4月，西班牙人集中兵力在三寶顏登陸，佔領了三寶顏。6月為防禦來自海上的MSL進攻，西班牙神父、工程師皮拉在三寶顏主持修築了皮拉城堡（今Fort Pilar，為旅遊景區）。
崇禎十年（1637年）3月，西班牙進攻馬京達瑙，圍攻馬京達瑙蘇丹國的首府萊米坦。西班牙人用炮火摧毀了萊米坦，馬京達瑙蘇丹庫特拉特被迫放棄首府，退守伊利漢山要塞。3月18日，伊利漢山要塞失守，庫特拉特率部逃入森林。西班牙人隨後佔領了棉蘭老島北部地區，構築了卡加延德奧羅城堡（今Cagayan De Oro）。
崇禎十一年（1638年）1月，西班牙總督科庫艾拉率軍進攻蘇祿首府和樂。蘇祿國蘇丹邦素率4000名MSL抵抗了3個月，終於不敵，放棄首府和樂城（即霍洛城），退入內地。
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