10、大明國同意葡萄牙除在澳門設立商館、派駐全權代表外，還同意葡萄牙在大明本土、大明殖民地的以下城市設立商館、派駐全權代表，即大明本土的泉州、杭州、蘇州、南京、威海、天津，大明印度大陸殖民地的維沙卡帕特南、馬蘇裡帕特南、特蘭奎巴；大明非洲殖民地的吉布提、拉穆群島、德班、永珍港（注：今南非桌灣的開普敦）；大明美洲殖民地的舊金山、馬波橋、馬坦薩（注：大明已將原西班牙智利殖民地的首府“聖地亞哥”、阿根廷殖民地的“布宜諾斯艾利斯”分別改名為“馬波橋”、“馬坦薩”）。
11、兩國中，一國如需在另一國的屬國設立商館、派駐全權代表的，事先必須經該屬國的宗主國同意，並與該屬國協商後方可設立商館、派駐全權代表。
12、大明國、葡萄牙承諾在對方本土、對方屬國、對方殖民地設立的商館、派駐的全權代表，絕不干涉對方國、對方屬國、對方殖民地的內政。
13、大明國同意向葡萄牙本土、巴西派出地質勘查人員，勘探礦山。同意派出全權代表劃定葡屬巴西與大明殖民地、委內瑞拉王國、巴卡塔王國（即哥倫比亞）、厄瓜多王國、秘魯王國、玻利維亞王國、巴拉圭王國、烏拉圭王國的邊界；劃定兩國在蒙巴薩的航道界線；劃定桑給巴爾島、奔巴島之間的海峽界線。
14、大明國與葡萄牙王國都承諾對專利技術實行保護。兩國間發生技術轉讓時，轉讓費應予以優惠，涉及具體專案的轉讓細節，由兩國的專業人員另行協商。
15、大明國同意與葡萄牙王國互派留學生，第一期互派留學生50名，以後可逐年增加，增加的名額由兩國教育部門另行協商。
16、兩國人員交往中，一國進入對方國、對方屬國、對方殖民地境內的人員，必須遵守當地的法律、風俗習慣；一國的軍事人員、軍事裝備、軍用物資需進入對方國、對方屬國、對方殖民地時，必須徵得對方國的同意。
......
兩國簽訂協議時，葡萄牙還沒有藩屬國。米格爾·德·阿爾梅達強調要把葡萄牙屬國寫進協議條款，華昱生就知道葡萄牙將向周邊擴張了，歐洲將大亂了。
協議中沒有涉及葡萄牙對拉穆島漢人後裔的賠償問題，是為了照顧葡萄牙的面子。葡萄牙已同意給拉穆島的漢人後裔賠償20萬兩白銀。
協議中規定了1兩大明白銀（含銀37.1克，含銀率99.9％）兌換15個葡萄牙瑞爾（總重48.3克，實際含銀44.27克），是考慮到商人將葡萄牙瑞爾帶到大明國後，必須兌換成含銀率99.9％的銀兩才能流通，而大明國需花錢將含銀率91.67％的葡萄牙瑞爾重新回爐冶煉，才能得到含銀99.9％的銀兩，所以協議中做了此規定（注：大明已對生產的白銀按純度分為千足銀（含銀率99.9％，用於流通）、標準銀（含銀率92.5％，用於銀飾品）、工業銀（含銀率98-99％，用於提純、合金製造））。
兩國簽訂協議後，施羅堡前往蘇州，擔任葡萄牙駐蘇州的全權代表（相當於今天的領事）。他到達蘇州後的第一件事就是與大華集團簽訂由葡萄牙在歐洲各國申請大華集團肥皂、純鹼、硫酸、悶焦、鍊鋼、保溫材料、爐襯材料專利保護的事，申請費用全部由葡萄牙承擔。
伽柏利爾前往澳門，成了葡萄牙駐澳門的全權代表。
西班牙王子特奧多西奧也從巴西啟程，以留學生的身份趕往南京，順便治療他患了好幾年的肺結核（注：歷史上，19歲的特奧多西奧於1653年因肺結核去世）。
大明與葡萄牙劃定了蒙巴薩島的邊界後，因流入蒙巴薩灣的河流為穆瓦查河（Mwache River），便在蒙巴薩島周邊沿海的4000平方公里平原地區設立了穆瓦查府，任命鄭芝龍手下的得力干將施福為知府。施福，晉江人，也是施琅的族叔，出生於1612年，1630年加入了鄭芝龍的隊伍，因作戰勇敢，又有謀略，很快成為鄭芝龍的心腹，任中軍都司。鄭芝龍率部來到東非海岸後，施福奉命佔領了蒙巴薩附近4000平方公里的地區。後來來自本土的2萬漢人移民在穆瓦查地區種植水稻、麥子、玉米、土豆、紅薯、棉花、甘蔗、花生、芝麻、香蕉、椰子、棕櫚樹、丁香、咖啡、橘樹、葡萄等農作物，也在西察沃山（West Tsavo Mountain）開採寶石礦。
大明國將葡萄牙人的20萬兩賠償款在拉穆島上開鑿了幾口水井，為缺水的拉穆島居民提供淡水，並在島上擴大了桑樹、棉花種植規模和養蠶場規模，建造了磚瓦廠、繅絲廠、紡織廠，島上的漢人後裔全部加入了大明國籍。後來拉穆蘇丹要求大明保護拉穆群島，拉穆群島成了大明國的藩屬國。
奔巴島西距非洲大陸約57公里，南距桑給巴爾島群島的主島溫古賈島（Unguja Island，也稱桑給巴爾島）約42公里，長約63公里，寬12-22公里，面積約980平方公里，東部平坦、西部多丘陵，年降水量在2000毫米左右。由於1632年葡萄牙人對奔巴島的MSL進行過屠殺，島上只有少量黑人。大明接管了奔巴島後，設立了奔巴縣，歸穆瓦查府管轄。在島上建了港口，並向奔巴島移民5000人，開始在島上種植水稻、麥子、玉米、土豆、橘樹、丁香等作物。
大明與葡萄牙全面通商後，大明從海上來的商品堆滿了葡萄牙的港口，葡萄牙成了大明商品輸往歐洲的中轉站之一。
米格爾·德·阿爾梅達與華昱生在談判時，葡萄牙軍隊總司令安東尼奧·路易斯·德·梅內塞斯（António Luís de Meneses）令桑托斯艦隊北上，懲罰荷蘭人。
安東尼奧·路易斯·德·梅內塞斯出身於貴族家庭。16si0年，他參與了葡萄牙反對西班牙人統治的起義，抓住了西班牙駐葡萄牙的總督瑪加麗特女公爵，支援布拉幹薩公爵若昂成為葡萄牙新的國王。16si1年被任命為葡軍總司令，指揮葡萄牙人抵禦西班牙人的進攻。
此時，桑托斯已率艦隊北上，準備報復荷蘭人。
自荷蘭人佔領了馬六甲海峽、巴西大片地區及非洲西海岸的羅安達後，若昂四世就恨透了荷蘭人，更何況西班牙、荷蘭、法國、英國四國聯軍在遠征印度洋時，荷蘭人還趁機佔領了本哥拉。現在他有了新式軍艦，必須出這口惡氣，狠狠懲罰荷蘭人。至於近在咫尺的西班牙，遭到明軍艦隊的攻擊後，諒他們不敢再進攻自己了。
桑托斯艦隊穿過英吉利海峽後，進入了北海，見到荷蘭人的艦船、商船、漁船就予以摧毀。艦隊很快來到了荷蘭的赫特·斯霍爾河（Het Scheur）河口。
尼德蘭低地如同大明的江南，河網密佈，水道縱橫。赫特·斯霍爾河是荷蘭眾多河流中的一條，由舊馬斯河（Oude Maas River）、新馬斯河（Nieuwe Maas River）匯流而成，長約20公里。新馬斯河又由萊克河（Lek River）、諾德河（Noord River）匯流而成，長約25公里。赫特·斯霍爾河、舊馬斯河、新馬斯河都可以通航4000噸-5000噸的海輪。新馬斯河的北部有一條鹿特河（Rotter River），它由東向西流後，又折向南流，匯入新馬斯河。在鹿特河南岸、新馬斯河的北岸建有鹿特丹城（Rotterdam）。
鹿特丹城在古時候曾是沼澤地。後來漁民們在新馬斯河北岸建了漁村。1250年荷蘭人在馬斯河北岸修建了堤壩，用閘門將鹿特河與新馬斯河隔開，隨後在新馬斯河北岸建城，因鹿特河的堤壩（Dam），便將城名取為鹿特丹（Rotterdam）。1340年，荷蘭伯爵威廉四世在鹿特丹城周圍開挖運河、疏浚河道，鹿特丹城就逐漸繁榮了起來。1563年遭大火，大半個城市被焚燬，隨後荷蘭人重建了鹿特丹城。1568年，荷蘭發動反抗西班牙人的起0義後，西班牙人於1572年佔領了鹿特丹城，不久，荷蘭人又奪回了鹿特丹。1585年，西班牙人攻陷了安特衛普（Antwerp）後，城內大批商人、工匠逃到了鹿特丹，他們給鹿特丹城帶來了更加繁榮的商業，建造了更多的造船廠。荷蘭人為了保護鹿特丹城，不僅在赫特·斯霍爾河口建有炮臺，還在河口常年有5艘軍艦巡航。
桑托斯艦隊用艦炮摧毀了荷蘭人在赫特·斯霍爾河口的炮臺、艦船後，溯河而上，沿途摧毀了荷蘭人的艦船、商船後，拐入了新馬斯河，來到了鹿特丹城。荷蘭守軍見葡萄牙艦船入侵後，儘管搞不懂沒有風帆、沒有槳手，還冒著黑煙的葡萄牙艦船是怎麼能逆水而上的，但還是奮起反擊，河裡的荷蘭艦船揚帆朝葡萄牙艦船衝去，城牆上的岸防炮開始瞄準葡萄牙艦船。
當桑托斯艦隊的大炮響起後，荷蘭人才知道葡萄牙人的艦船是不用側過船身開炮的，而且這些大炮的射程比自己的大炮要遠得多，射出的都是兇猛的開花彈。桑托斯艦隊摧毀了新馬斯河裡大大小小20多艘荷蘭艦船後，開始炮擊鹿特丹城。鹿特丹城牆上的荷蘭守軍見自己的大炮不僅打不到葡萄牙人的艦船，反而被葡萄牙人擊毀了十幾門大炮後，就紛紛扔下大炮，逃離了城牆。沒了城牆上大炮的威脅，桑托斯艦隊開始肆無忌憚的炮擊鹿特丹城，城內頓時火光四起，城內的人紛紛哭喊聲逃離了鹿特丹城。葡萄牙士兵開進幾乎空無一人的鹿特丹城後，將幾個銀行裡的黃金、白銀搬到了艦船上。接著，桑托斯下令用炸藥炸燬鹿特河堤壩的閘門，摧毀新馬斯河沿岸的造船廠。
桑托斯用照相機拍下了鹿特丹城的慘象後，溯新馬斯河而上，在新馬斯河源頭向南拐入了諾德河。諾德河其實是舊馬斯河的支流，長約8公里。在舊馬斯河、諾德河交匯處南部的有荷蘭人的多德雷赫特城（Dordrecht）。
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