時序入秋，天下民生漸穩，州縣秩序井然，平叛後的安撫與復甦己見成效。李昭這才下旨，啟動對諸王叛亂涉案勢力的全面追責清算。此前為防人心動盪、阻礙生產恢復，她有意壓下清算節奏，只將首惡要犯羈押候審；如今西海安定、百姓歸心，便是釐清罪責、整肅朝綱之時。她定下 “分層定罪、不枉不縱、首惡必懲、脅從從輕” 十六字原則，由大理寺、刑部、御史臺三司會同核查，依律定罪，既不放過禍國殃民之輩，也絕不搞株連濫殺，攪亂來之不易的安定局面。
三司推勘，明法定規立尺度
清算之令初下，朝野難免有幾分人心惶惶。有人擔心女主掌權會藉機大殺異己，株連滿門；也有人怕地方官吏藉機公報私仇，牽連無辜。李昭早有預料，當即明發詔令：所有涉案人等，一律由三司統一複核定罪，地方官府無權擅自處決；定罪只看罪責輕重，不論出身門第，有功者賞，有過者罰，有據者定讞，無據者釋放。
謝景瀾親自主持三司會審，將涉案人員按罪責分為五等：首惡宗室、核心謀主與主將、殘害百姓的地方官吏與豪強、裹挾從徵的普通士卒與小吏、被脅迫的尋常百姓。每一等都有明確的量刑標準，從上到下依次遞減，嚴禁越度定罪。同時在各道設立巡查御史，專門受理申訴冤情，一旦查出官吏藉機報復、誣陷良民，即刻革職查辦，從重論處。
規矩一明，人心很快安定下來。百姓知道朝廷是依法追責，不是亂殺一氣；涉案的中下層官吏士卒，也看清了自身罪責輕重，不再心存僥倖，也不再惶惶不可終日。清算從一開始便走在了法度的軌道上，沒有演變成血流成河的清洗。
宗室定讞，首惡伏法止紛爭
三位起兵奪嫡的皇子，是這場戰亂的源頭，也是清算的核心。三司核查數月，將李琮、李瑾、李珝三人的罪狀一一查實：僭號稱帝、擅動兵戈、屠戮百姓、橫徵暴斂、毀棄水利、劫掠商路，樁樁件件皆有實證，按律當以謀逆大罪論處。
奏報送至政事堂，李昭沉默良久，最終以太子監國的名義下旨：三人廢為庶人，賜其獄中自盡，保留全屍，以宗室之禮葬於皇陵旁側；三人的子女眷屬，一律廢為庶民，遷居京郊安置，由宗正寺看管，不得入仕、不得掌兵，但保全性命，不予株連屠戮。
旨意傳開，朝野皆驚。不少人本以為會滿門抄斬，沒想到李昭只罪及自身，不株連子女。就連宗室內部，也從最初的惶恐轉為釋然。其餘未參與叛亂的宗室子弟，悉數保留爵位俸祿，但收回所有封地與兵權，集中遷居長安周邊，由宗正寺統一管束，俸祿照常供給，只是再無干預地方政務之權。
對宗室旁支中參與叛亂的郡王、將軍，也按罪責輕重處置：帶頭起兵、殘害百姓者賜死；隨軍出征、未做惡者奪爵流放；被迫裹挾、事後主動歸降者免死，貶為庶民。一場宗室大清算，最終只處決了十餘名為首者，其餘皆網開一面。既徹底拔除了宗室掌兵作亂的根基，也沒落下 “屠戮宗室” 的罵名，分寸拿捏得恰到好處。
黨羽整肅，奸佞伏法平民憤
宗室之下，便是三位皇子的核心黨羽。為叛軍出謀劃策的謀主、統兵劫掠的主將、借戰亂橫徵暴斂的酷吏，這些人是戰亂中殘害百姓的首接推手，也是清算的重點。 李琮麾下的邊軍悍將、李瑾身邊計程車族謀臣、李珝手下的蠻夷首領與酷吏，經三司審定，罪證確鑿的八十餘名首惡，悉數被判斬刑，於各州縣鬧市處決，以平民憤。這些人或是縱兵劫掠村落，或是加徵苛稅逼死百姓，或是屠戮勸諫的鄉紳官吏，樁樁血債皆有百姓指證。處決之日，各地百姓爭相圍觀，拍手稱快，都說朝廷公道，終於給死難者報了仇。
中層將吏與幕僚，則按情節分別處置：主動開城歸降、未殘害百姓者，革去官職，免罪流放；作戰中頑抗到底、但無血債者，充軍邊塞，效力贖罪；原本是朝廷官吏、中途投敵者，永不敘用，遣返原籍管束。數萬涉案的中下層人員，無一錯判，也無一漏網。
最讓百姓稱道的是，清算特意單列了 “害民” 一條。但凡有百姓舉證、經查實有劫掠、姦淫、濫殺行為計程車卒官吏，哪怕職位再低，也一律嚴懲；反之，即便職位頗高，但若能證明未曾害民、甚至暗中保護過百姓，便可從輕發落。這一條下來，民間怨憤盡數消解，沒人再說朝廷偏袒官吏。
豪強清釐，根除叛亂之根基
地方士族豪強中，不少人曾藉著戰亂資助叛軍、兼併土地、欺壓百姓，是諸王叛亂的社會根基。李昭沒有簡單地抄家滅族，而是藉著清算之機，從根源上拆解他們的權力。 對主動追隨叛軍、出錢出兵計程車族豪強，查抄其所有非法所得的田產、財物，剝奪其族人的入仕特權與廕庇人口的權力，主犯流放三千里，族人不得再出任地方官職；對被迫捐糧捐錢、未主動作惡者，罰一筆錢糧充入常平倉，既往不咎；對暗中協助朝廷、接濟百姓者，非但不予追責，反倒予以表彰，允許其子弟參加科舉。
藉著清算的契機，朝廷再次清丈土地，將豪強隱匿的數百萬畝田地盡數收回，分給無地農戶；廢除士族廕庇佃戶的特權，所有人口一律歸入州縣戶籍，向官府納稅服役。經此一遭，地方豪強再也無力壟斷鄉里、對抗官府，盤踞地方數百年的門閥勢力，被徹底剝離了權力土壤，只能轉向耕讀與經商，再無興風作浪的能力。
吏治重新整理，朝堂州縣歸一心
地方官吏的甄別與整肅，是清算的收尾，也是新政落地的關鍵。 經三司核查，全國涉案的數百名州縣官吏中，主動附逆且有劣跡者，盡數革職查辦，按律定罪；被叛軍裹挾、任職期間無惡績者，一律革職，不再敘用；堅守城池、拒不從叛者，官升一階，予以嘉獎；暗中接應朝廷、傳遞軍情者，論功行賞，破格提拔。
空出來的官職，盡數從寒門士子、新政提拔的基層官員中遴選補充。這些人熟稔民情，擁護新政，到任後便能快速推行休養生息之策。短短數月，從中央到州縣的官吏隊伍便完成了一輪重新整理，守舊派、投機派被清理出局，朝堂上下政令通達，再無陽奉陰違之輩。
時至年末，全國範圍內的清算便徹底收官。這場追責看似雷霆萬鈞，實則寬嚴相濟，處決的首惡不過百餘人，流放者數千，絕大多數脅從者都得到了寬宥。既徹底清算了奪嫡勢力，整肅了吏治，拔除了地方叛亂的根基，又沒有傷及民生根本，沒有攪亂安定的局面。
長安政事堂內，謝景瀾將最終的清算名冊呈給李昭，躬身道：“殿下，涉案人等己全部處置完畢，州縣吏治重新整理完畢，各地民心安定，生產未受半分影響。經此一事，天下再無可阻礙新政之力。”
李昭翻完最後一頁名冊，緩緩合上。她抬眼望向殿外的冬雪，平靜道：“清算不是為了洩憤，是為了立規矩。告訴天下人，作亂者必受懲，守法者必受護。往後這天下，只講法度，不講門第；只論功過，不論出身。規矩立住了，太平才能長久。”
雪落無聲，覆蓋了整座長安城，也覆蓋了戰亂與清算的痕跡。李氏宗室、門閥士族、地方豪強這些盤根錯節的舊勢力，經叛亂與清算兩輪滌盪，己然土崩瓦解。朝堂內外，從中央到地方，盡數歸於李昭的掌控之中，新政的推行再無半分阻礙。一個全新的格局，己在大雪之下悄然成型。
