從衣兜裡拿出了一個藥盒，開啟之後，墨菲斯把一紅一藍兩枚藥丸展示給尼奧：“雖然打敗了電腦特工的你現在已經沒有選擇的餘地了，但，這是一個必要的程式，選擇藍色藥丸，你會忘記今晚發生的一切，忘掉我們；選擇紅色藥丸，你將會回到現實世界，去真正地活著。”
沒有猶豫，尼奧選擇了紅色藥丸，吃下去之前，他想到了一句話，並把它送給了墨菲斯：“我想要了解生命的意義，我想要真正地……活著。”
藥丸的選擇，只是一個開始。
尼奧被帶到了另外一個房間，在這裡，有著很多尼奧看不懂的裝置存在，他被要求躺在一個椅子上，身上貼上了電極片。
之前尼奧見過的蘇薇琪、賽弗、崔妮蒂都在這裡忙碌著，操控著儀器，還有幾個他不認識的人在這裡。
“你吃下的藥丸，是一套追蹤程式，它可以讓矩陣產生誤判，認為你已經死亡……同樣的，也可以幫助我們確定你位於現實世界中的位置。”墨菲斯這樣說到：“第一次見到世界的真相，你可能有些不適應……例如，感到一些冰冷。”
“因為你的各項感知，是第一次工作，是真正地靠著自己來認知這個世界，而非矩陣給予大腦的幻象。”
“冰冷？”
隨著時間的推移，冰冷，抖動，尼奧有熟悉的感覺出現在身上，每一次進入那個主神空間裡，都是這樣的感覺：“就是這種感覺！”
“每一次去往那個主神空間，我都是這樣的感覺！”
尼奧把自己的感受向墨菲斯說了出來。
然後，尼奧的身影消失在了眾人眼前，墨菲斯幾個人手邊有一部有線電話，那是他們離開這個矩陣世界的“門戶”。
尼奧的意識迴歸到了現實世界，他們必須儘快把他找到。
就像一個長期臥床的病人，身體機能都是退化了的，從出生到現在，尼奧的身體都是不曾運動過的，非常脆弱，如果沒有專門的醫療康復手段，他根本活不去下去。
而現實世界中的尼奧猛地醒來，他鑽出了培養倉，真正地在現實中醒來。
他觀察著四周，看著自己，發現眼前的一切都是那樣的似曾相識，他在進入主神空間的時候，那個封閉的小房間，與現在自己所看到的場景幾乎是一模一樣，而自己，就是那個在培養倉裡沉睡的人。
“我早已經窺見世界的真相，但是我不曾瞭解！”尼奧在心中這樣說到，因為一根飼養的喉管讓他根本無法說出口。
……
在尼奧的意識脫離了矩陣世界的時候，袁大古就已經感知到了，接收到了資訊。
這些被他選中的輪迴者，他都是有額外的標記的，尤其是尼奧這個私服玩家，更是被重點關注的，他被從矩陣世界中解救出去，就代表墨菲斯找到了他的的“救世主”。
只是……
“奈奧比船長，你是在繞圈子吧！”袁大古找到了奈奧比船長，開門見山，直言不諱地說到。
“按照我們出發的時間，還有這艘邏格斯飛船的速度，並且還是雙向奔赴，我們應該早就和那位墨菲斯船長遇見了，但是，現在呢，我們依然在路上。”袁大古看著奈奧比，說破了對方的小心思：“雖然外面的環境我並不熟，不清楚每一個岔路口通往哪裡，哪怕同一段路，飛船飛行的時候換一個角度，看到的景象就是不一樣的。”
“但是，你們騙不了我……對於你們不信任我這件事，暫且放到一邊，我很好奇，為什麼，你為什麼要這樣做？”
袁大古非常想不通：“食物，武器，力量，還有一個對於人類來說非常光明的未來，我已經把這些展示給了你們，但是，你依然在質疑我，為什麼？”
“是誰讓你如此地排斥我？”
奈奧比開口，說到：“是先知，先知告訴我們，你是這個非常危險的人物，會摧毀這個世界的，會有千百萬的人因你而死。”
“但是，你的力量，我們無法抵擋，只能把這艘邏格斯號飛船作為囚籠，帶著你遠離錫安，遠離其他人類，儘可能地拖延你的腳步。”
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