新世紀的第一年，袁大古收到了一封請柬，一封婚禮的請柬，其中還夾雜著一張充當明信片的結婚照。
那是碇唯郵寄過來的東西，雖然她只是在進化實驗室實習了一段時間，但是，自認為和袁大古的關係不錯，畢竟袁大古是對她敞開心扉地聊過一段時間。
在結婚照的背面，碇唯寫了一封信，非常直接地稱呼袁大古為“神”。
她的結婚物件叫做六分儀源堂，是以入贅的方式與碇唯結婚的，因為這裡有結婚之後改姓的風俗，而且碇唯的家族可是非常龐大的，所以六分儀源堂結婚之後改姓為碇源堂。
“請務必參加我的婚禮，如果有神明見證我的婚禮，我們一定會幸福的吧！”
“雖然他長得很粗魯，但是卻是一個非常可愛的人。”
“如果可以的話，請給我的孩子取一個名字作為禮物，被神明賜予名字的話，他/她一定會幸福的。”
看了看結婚照上的碇源堂，袁大古撇撇嘴說到：“這傢伙哪裡可愛了，看來你的審美有問題，如果聽到他的聲音，我恐怕會笑出聲的，畢竟和MADAO一個聲音，和銀魂扯上關係的就不會太正經。”
婚禮的話，袁大古是不會去的，最煩別人結婚的婚禮了，因為他只喜歡吃大席。
而霓虹這邊，宴無好宴，而在婚禮上對著新郎嘲笑出聲，這未免也太破壞氣氛了。
至於給碇唯孩子的取名，袁大古倒是託人送了一封信過去——“男孩的話，叫做新二（シンジ，shenji，真嗣），女孩的話叫做弘子。”
在這新世紀第一年走過了一半之後，黃金黎明的登月計劃開始推進。
基地艙已經發射到了太空，進入月球軌道後逐步降速，安全平穩地降落到了月球表面，降落的位置是早已經確定好的。
而那基地艙，是比太空站更加先進的技術，裡面儲存著足夠宇航員們生存很長時間的物資，以及必要的物質迴圈技術。
在月球上，宇航員們將執行一次長期任務，除了驗證在非地球環境下的外星長期生存能力之外，開採月壤物質帶回地球提取氦3，還有就是對月球本身進行一系列的研究。
然後，在萬眾矚目之下，第一批宇航員穿著黃金黎明所研發的宇航服登上了飛船，進入到了太空當中，而袁大古的身影赫然在列。
馬上就是第二次衝擊了，他想要跳出地球，以另外一個角度觀察著這足以改變世界的危機。
衝擊是一種全球範圍內的大滅絕現象。
第一次衝擊，是搭乘著莉莉絲的黑之月撞擊地球所引起的全球動盪，即便是擁有著強大生命力的使徒，即便是亞當，也要在那衝擊下沉睡四十億年。
第二次衝擊，則是人為引起的。
亞當的白之月降臨地球的時候，攜帶著生命之樹根鬚所化的朗基努斯之槍與死海文書。靠著死海文書，SEELE確定了白之月的大概位置在南極地區，在南極設定了科考站，然後經過多年搜尋，終於找到了亞當所在的白之月，以及沉睡其中的第一使徒亞當。
在白之月內，SEELE建造了秘密基地，並在其中招攬了一大批科學家，展開對於亞當的生理性研究，例如瞭解到使徒的動力源，被命名為S2機關的核心，那是一種類似於永動機的裝置，而擁有S2機關是生命果實所有者的象徵。
在此期間獲得的亞當的組織樣本，被帶離了南極，進入人工進化研究所，用來製作EVA。
亞當的甦醒是必然的，因為不出意外的話，統治大地的是它與它所繁衍的使徒們，莉莉絲的到來與人類的出現，完全屬於一種偶然。
當這位第一使徒被喚醒，它所創造的使徒迴歸，便會引起第二次衝擊。
因為是由使徒引發的衝擊，構成生命的AT力場將會被瓦解，所有的人類都將會被消滅。
這是死海文書上預言的東西，是一種命運的走向，但是與SEELE的人類補完計劃相悖，為了將災害降低到最低，為了人類補完計劃的繼續，SEELE刻意地引發了這第二次衝擊。
為了以防萬一，南極科考隊提前在第一使徒亞當的S2核心上安置了N2爆彈，那是一種威力相當於戰術核武器的炸彈。
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