自從發現只要不主動招惹黃金黎明和袁大古，並且沒有利益上的衝突，自己這邊所採取的任何行動都不會受到影響，SEELE就發現該如何行動。
但是，事與願違。
黃金黎明偏偏在很多地方與SEELE有著太多的衝突，並且在蘑菇蛋事件之後，黃金黎明這邊的行動變得非常地直接，遇到SEELE攔路，直接毫不留情地碾壓過去，甚至是不計成本的。
你SEELE想要做什麼，我們黃金黎明就不讓你辦到，別的就不做，就是打你。
並且在SEELE內部，也出現了分裂，不過不是SEELE組織本身的元老，而是下屬的一些機構與人員，雖然名義上是SEELE的下屬部門，但他們地人類補完計劃一無所知，現實中是在黃金黎明裡工作，然後不可避免地受到了黃金黎明的影響。
人總是善變的，無論是理念還是在實際工作中感受到的，黃金黎明吸引了不少人。
總的來說，磕磕絆絆地，世界的局勢穩定了下來。
在暗中操作下，SEELE成立了人類補完委員會，並藉此走上臺前，他們實質性地把控了許多國家，透過操控那些國家才得以成立這個委員會，而這個委員會內部的五名成員，全部有SEELE的元老擔任。
從某種意義上，SEELE掌握了半個人類文明的國度，幾乎可以為所欲為。
但是，與其分庭抗爭的力量卻也是存在的，那就是黃金黎明。
如今的黃金黎明已經不再是一個教派，而是一個跨區域的合作組織，許多不願意受到SEELE擺佈的地區邀請了黃金黎明的幫助，獲得了資源、技術等方面的支援，然後在災難後進行重建的過程中與黃金黎明的關係越來越深，出現了你中有我我中有你的局面。
不是黃金黎明選擇了他們，而是他們選擇了黃金黎明。
比起SEELE那種妄圖掌控整個世界的組織，黃金黎明這裡可就太好了——從末日當中拯救人類，帶領人類脫離地球這個搖籃邁向太空。
黃金黎明所做的一切，都是為了這個目的，無論是過去還是現在，都是如此。
然後，第二次衝擊之後的社會秩序、工業、經濟重建，就由黃金黎明與SEELE兩股實力的控制下進行的，雙方組織的地位由此水漲船高。
在掌握了半個人類社會之後，SEELE開始了自己的計劃，人類補完委員會成立之後，在上世紀末建立的人工進化研究所成為了這個委員會的下屬部門，因此獲得了大量的資源傾斜，並開始調查第二次衝擊出現的原因，並對第三次衝擊進行觀測。
而私底下，人工進化研究所也開始了對於使徒的研究，建造EVA的E計劃也在快步進行當中。
並且，人工進化研究所的許可權也被不斷地增強，甚至SEELE還把軍事許可權移交給這個機構。
這一切，都是為了人類補完計劃這個劇本。
黃金黎明這邊就純粹得多了，帶領人類邁向太空的工作雖然重要，但目前首先是恢復正常的人類社會秩序。
超級計算機對外開放，每天都有大量的資料被處理反饋，加快了重建工作。
新能源技術被廣泛應用，幫助全球各地恢復正常的電力供給。從月球上帶回來的氦3物質，成為了黃金黎明核電站的燃料。
但那些氦3物質在全球範圍內還是太少了，在黃金黎明的倡導下，蘑菇蛋的拆解工作進行了，被拆下來的東西被做成了燃料使用。
雖然很多勢力不願意那樣做，但又不能不那樣做，能源是一切的根本。
有了電力，黃金黎明的工廠的反應釜才能人工合成糖類物質，減少了饑荒，在農業生產恢復之前，那種化學合成的營養膏維持了太多人的生命體徵。
無土栽培技術，提供了大量的蔬菜，減少了單一營養源所帶來的營養不良。
隨著地軸的偏移，原本的經緯度劃分也變得與事實不符，這也導致了氣候的變化，氣候的變化又牽涉到了農業的變化，就比如說霓虹，作為一個島國，因為海平面上升而失去了不少的土地，因為緯度的變化，成為了一個全年都是夏天的地方。
所以，在種植業根據氣候的變化進行調整，恢復建立新的農業體系之前，這種工業合成食物，還有建立在大廠房內的水培蔬菜，會存在很長一段時間對的。
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