所有使徒的目的，都是迴歸母體，從而誘發衝擊，清潔大地。
第三新東京市地下的基地內，存在著第二使徒莉莉絲，它所散發的氣息吸引著使徒的到來，所以NERV將第三新東京市打造成了要塞，在黑之月內建造了基地。
而艦隊載著二號機與亞當的胚胎出現在第三新東京市周邊海域的時候，早已經潛伏在周圍的使徒察覺到了屬於亞當的氣息，它調轉了方向，奔著艦隊而來。
雖然真正的亞當胚胎已經被帶走，但是，袁大古制造的盜版胚胎，也是模擬著亞當的氣息，成功地吸引到了使徒。
它以為胚胎就在艦隊當中，迫不及待地想要回歸。
在艦隊到來的時候，NERV派來了負責接受二號機的隊伍，其實就是葛城美里帶著碇真嗣，還有碇真嗣的兩名同班同學，鈴原東治和相田劍介。
所有人都以為，這次的接受任務非常安全，因此就沒有大張旗鼓了，甚至葛城美里還允許碇真嗣叫上兩名同學一起來見見世面——那兩個同學也是適格者，只不過沒有入選駕駛員罷了。
三個男生還是第一次見到貨真價實的軍艦，非常地好奇，東瞅西看的，對於軍事非常有興趣的相田劍介更是拿著相機東拍西照的。
而葛城美里則是與艦隊的指揮會面，進行檔案方面的交接，還有與二號機駕駛員明日香以及加持良治的見面，他們早已經認識了，葛城美里和加持良治還是前男女朋友的關係，倒是能夠聊到一起。
明日香看著那邊甲板上在大呼小叫的三個男生，一插腰一昂頭，帶著些不屑地說到：“那邊一臉蠢像的傢伙，就是初號機的駕駛員，三個使徒，只出動了一次，還是被使徒吊起來打。”
“他是怎麼選上駕駛員的，是靠當司令的父親嗎？”
就在葛城美里想要說些什麼的時候，警報聲響起。
急忙忙趕到指揮室之後，葛城美里聽到了一個非常糟糕的訊息。
艦隊的聲納上，在海底當中，有一個龐然大物正在快速地靠近，它是那樣的巨大，就連海面上都出現了巨大的波浪，那是它快速移動所產生的影響。
轟隆。
一艘軍艦遭遇了來自水下的襲擊，艦船被衝擊力頂出了水面，龐大的衝擊力和自身的重力，一下子將其拗斷，即便是管損都來不及，只能眼睜睜地看著它向下沉默。
“是使徒！”
葛城美里斬釘截鐵地說到：“只有使徒才能做到這種事情。”
艦隊的指揮立即下達了命令，讓艦隊發射魚雷，可是，水下的使徒靠著極快的速度躲過了魚雷的攻擊，要麼魚雷的攻擊根本無法突破AT力場的防禦。
“你們現在完全是白費力氣！”葛城美里喊到：“只有EVA才能夠對付使徒！”
“只有？”艦隊的指揮看著葛城美里，用反問的語氣說到。
當然不是隻有，甚至EVA並沒有確實地打敗過使徒，那完全是黃金黎明的功勞。
“加持，通知二號機那邊的機組人員，做好啟動的準備！明日香，你去駕駛二號機，進行戰鬥。”葛城美里沒有順著艦隊指揮的話繼續說，而是直接下達了命令。
“女人，是誰給予你的許可權，在我的艦隊上發號施令的。”艦隊指揮看著葛城美里，有些不悅地說到：“這是我的艦隊，自然由我來負責。”
“普通的武器是無法殺死使徒的，我們能夠依靠的，只有二號機。”葛城美里一指某個方向，說到：“你覺得，艦隊上的武器，能夠應對的了它嗎？”
此時的使徒已經不堪騷擾，魚躍出了海面，它的體型龐大，甚至超過了艦隊中的航母，通體白色，像是一頭巨大的鯨魚，張開的血盆大口，似乎能夠直接吞下一艘驅逐艦——真的有一艘驅逐艦被使徒撞入了水面之下。
其實葛城美里心裡也沒譜，原本以為只是一次普通的接收任務，卻沒想到卻遭遇了使徒。
“明日香，去做好準備！”葛城美里催促地說到。
。的備裝的同不有是AVE，境環戰作的同不配適了為——上海在是還這且並，錄記的徒使過勝戰有沒並AVE但，上的AVE於託寄都希的有所把便即，話實說
。態狀的利不於是全完，話的鬥戰行進徒使和，的裝是全完機號二的態狀輸運是還，上艇艦這在而，備裝換更速快AVE為夠能，地基在是果如
。好要做不都麼什比總但，利不態狀便即，但
。難於免倖法無都怕恐隊艦個整，去下樣這在，了毀擊徒使被船艦艘多有經已裡隊艦，始開徒使現發從
”！吧演表的姐小本看就來下接“，下一嗣真碇的邊旁了點還帶順，室長艦了出跑就香日明的試躍躍經已早，後之令命到接
。頭風的他挫挫，下一現表前面員駛駕機號初個這前面在要定一，的秀優最是香日明
”？事的我有還麼什為“：到問地疑嗣真碇
。下境環面海這在是其尤，流一靠可是但，舊老較比式款，話電行部一了出掏是卻，吵爭而令施號發的為再有沒並長艦那現發，裡室揮指了在留里城葛
”……號編權授，我是“：話電個一了去出打撥他
”……置位標座，用使的機號二請申“
”。沒出徒使有，對“
。除解地快很被也索繩的上板甲在定固機號二把，開掀地速快被布篷的上機號二在罩，後之令命了到接，組班個整的機號二護維責負有還，員駛駕與機號二是僅僅不的來運，輸運的機號二
”！香日明，的秀優最是你，的以可定一你“：到說己自對地聲小，機號二的紅臺那著看，服鬥戰了上換香日明
。小呼大陣一了見聽就，中當栓進坐香日明等不還，是只
”！了來過西東麼什有，上天看快“
”！徒使頭二第是非莫，大好“
。徒使頭二第了現出——個一有只案答，的到達夠能造人是不對絕，型的大龐種那，來而隊艦的上面海著衝是顯明，大放速快中當野視在正點黑個一了到看，去看頭抬香日明
。到說長艦的話電行下放”。加佐，號代，機號二LOVE是那，不“
