進入模擬訓練程式之後，出現在碇真嗣眼前的，是第三新東京市。
與使徒的戰鬥，可以預料的是發生在這片土地上的，很早之前，NERV就已經完成了對於這座城市的立體建模，應用到了駕駛員的模擬訓練當中，這樣做可以保證駕駛員的對於地形的掌握。
某些遊戲玩多了，哪怕是第一次出國，玩家也能表現出對某一地域的熟悉，因為這地方他們在遊戲中來過幾百次了，連樓梯臺階有幾節都有可能掌握得一清二楚。
從行走開始，碇真嗣開始在葛城美里與赤木律子的引導下，碇真嗣開始一點點地掌握著初號機的機能。
每每在一方面取得成果，哪怕只是穩穩地邁出第一步，就能引來其他人的歡呼聲，那些歡呼聲透過通訊頻道傳遞到碇真嗣的耳中，讓碇真嗣獲得了一種成就感。
他被人肯定了。
從蹣跚學步到正常地行走，碇真嗣用了很長時間才完成，但是對於NERV的人來說，這簡直就是驚喜中的驚喜。
很多人質疑碇真嗣那適格者的身份，是否是因為碇司令的關係，這一下全理解了。
原本NERV的人以為這一次只需要成功地啟動初號機就可以了，卻沒想到，實驗格外地順利，甚至直接進入到了駕駛員的訓練階段。
最開始，碇真嗣只需要讓初號機動起來就可以了，之後的格鬥、冷兵器使用，射擊等訓練，還是慢慢來的，零號機的駕駛員可是訓練了八個月才算合格的。
等到一個階段的訓練結束，碇真嗣被從初號機的插入栓中放出，醫療班組急忙上前，把碇真嗣按到了擔架上，把他抬到了醫療室——雖然碇真嗣說他的身體很好，但是這是必要的身體檢查。
而躺在病床上，碇真嗣回憶著坐上EVA的感覺，那是一種很奇妙的感覺。
EVA是活的，他又一次產生了這樣的感覺，但是，他與初號機產生精神上的聯絡之後，他竟然感覺到了一陣溫暖，那勾起了他很久之前的記憶，彷彿是被自己的媽媽抱著一樣。
不知不覺間，碇真嗣已經淚流滿面了。
“為什麼要哭呢？”碇真嗣摸了一把自己的眼淚，開始詢問著自己，為什麼要流淚。
另一邊，初號機的啟動實驗相關資料，全部被打包發給了遠在他處的碇源堂，負責這項工作的是留守著的冬月副司令，在實驗的過程中，他雖然沒有露面，但是卻透過監視器一直觀察著所有的行動，除了眨眼之外就沒有離開過。
碇源堂之所以放心地離開，就是因為冬月副司令這個值得信賴的人在這裡。
“你的兒子表現非常優秀。”冬月副司令對著視訊通話中的碇源堂說到：“畢竟，他可是碇唯的孩子。”
初號機裡存在著碇唯的靈魂，這是一小撮人知道的事情，剛巧，冬月副司令就是那一小撮人。
“另外，還有一些事情需要告訴你。”冬月副司令說到：“這是葛城美里和赤木律子一起提交過來的，葛城美里發現，有不明身份的人主動接觸碇真嗣，是年齡相仿的一男一女，一開始，是在碇真嗣前來的火車上，以誤會的形式產生接觸。”
“在昨天晚上，葛城一尉帶著碇真嗣去吃飯，又碰到了對方。”
“值得注意的一點是，男方的名字叫做‘真嗣’，圓新二，而這一份，是葛城一尉要來的監控錄影與截圖，我已經交給MAGI進行清晰化處理了。”
然後真·碇真嗣的照片和一段監控錄影被冬月副司令傳送給了碇源堂：“男孩的話，叫做‘新二’，女孩的話，叫做‘弘子’——我想，你應該記得這段話。”
“根據MAGI的面部比對，這位圓新二和碇真嗣是一個人，之所以沒有長得一模一樣，是生長環境的不同造成的，教育、飲食等等方面的差距，造成了他們的面部肌肉的不同。”
“告訴我，碇，當初碇唯生出的，是否是一對雙胞胎，其中的一個被送到了黃金黎明那位預言家的手裡——因為那位圓新二說，他來第三新東京市，是來找失散多年的弟弟。”
冬月猜測著說到。
“唯只有一個孩子。”碇源堂說到：“別的事情先不用管，你只需要負責初號機駕駛員的訓練就可以了，在這個時候，必須讓他儘快形成戰力，在下一次使徒出現之前。”
這件事暫時揭過，冬月副司令說到：“甚至連自己兒子的名字都不願意稱呼，你這個男人，比我想象中的更加冷漠。”
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