擁有著殘缺軀體的莉莉絲被釘在了巨大的十字架上，它的下半身被拿走，作為素材製作成了初號機。
雖然吃下的是智慧果實，但在生命力方面，第二使徒莉莉絲也是非同一般的，傷口出蔓延著一些細小的枝椏，不斷有LCL液體流淌而出，那是它自愈的表現，而插在莉莉絲胸口位置的朗基努斯之槍，抑制著莉莉絲的生命反應。
所有的使徒，還有道具，其實並沒有屬於它們的名字，是人類將典籍中記載的名字套在了他們身上，例如“亞當”，“莉莉絲”。
傳說中的朗基努斯之槍，是一名叫做朗基努斯計程車兵的長矛，為了驗證神之子是否死亡而把長矛刺入神之子的肋下，沾染了神之血，獲得了強大的力量。
這把朗基努斯之槍便是套了這個名字，它本質上是生命之樹殘留根系，對於AT力場還有使徒，是有著上位剋制的屬性。
原本這把槍是被插在亞當的身上，後來人類貿然的行動喚醒了亞當，其中一項就是從它身上拔出了朗基努斯之槍。
袁大古從機械奧特曼的身上飛下，落到了地面上，然後掏出了一副航天材料做成的鈦合金棺材，把碇源堂的屍體丟到了裡面，然後整個地被焊死。
那邊的機械奧特曼也開始了行動。
初號機身上的裝甲被剝離，咣噹咣噹，紫綠塗裝的裝甲板一塊又一塊地掉落在地上，露出其中屬於生物的本質來。
那裝甲的防護效能是次要，更多的時候是作為拘束器存在，用來限制EVA的效能，畢竟它們是亞當或莉莉絲的複製體。
剝離裝甲的初號機被機械奧特曼帶著去到了莉莉絲那邊，同出一源的它們在接觸的一瞬間便開始了融合，恢復成了完整的姿態。
緊接著，機械奧特曼身上的裝甲也開始了活動，進行著變形，宛若花骨朵展開了花瓣，紅銀配色的奧特曼從中走出。
就像之前的機器人，都是拿怪獸進行機械化改造一樣，黃金黎明的三號機，其實就是奧特曼穿著一身機械外骨骼裝甲，裝甲只是起著裝飾性的作用，真正發揮作用的，還是在其中的奧特曼。
奧特曼抓住了朗基努斯之槍，把它從莉莉絲身上拔了出來，失去了朗基努斯之槍的抑制，莉莉絲的身體快速地膨脹，緊接著，它被從十字架上取了下來，裝進了已經騰空的裝甲當中。
裝甲一層層地合攏，把莉莉絲拘束在了這其中，完全密封。
而後，奧特曼帶著這個包裹離開了地球，飛向了太空。
它將會被髮送到另外一個星系的某一顆行星上，距離太陽系最近的一顆恆星是比鄰星，那也有4.2光年的距離，以人類現有的航天技術，去該恆星系做客也不知道需要多長時間，更別提更加遙遠的星系了。
連同之前被送出去的亞當的胚胎，第一與第二使徒被分管到了不同的星系，雖然它們都是失去了靈魂的存在，但是，足以為那些行星帶去生命。
在宇宙的尺度上，生命的誕生才是一個偶然。
有奧特曼攻破了NERV的總部基地之後，當地防衛部門的武裝人員殺至，接管了NERV總部的一切，超級計算機MAGI、各種資料資料與物資，還有人員，被登記造冊。
經過篩選之後，將會被不同的部門與勢力進行瓜分。
至於EVA還有可能製作它們的素材，則是被銷燬處理，這種危險的武器，不是人類應該掌握的力量，黃金黎明將會透過航天技術，把它們打包發射到外太空當中。
在茫茫宇宙當中，尤其是航天技術被黃金黎明壟斷的情況下，想要打撈EVA是非常困難的。
雖然一部分野心家想要留下EVA，但是，袁大古用絕對的力量告訴他們，什麼叫做拳頭就是道理，即便技術保留著，但是任何能夠製作EVA的素材都被清理掉了。
這種危險的東西，不應該存在於人類世界當中。
當然，並不是所有的勢力都會那麼容易的，就比如NERV的阿美麗卡分部，在遭遇襲擊的時候，他們就啟動了還未透過啟動實驗的EVA機體，引起了某種人類無法理解的現象，將襲擊者連同基地本身從地球上給抹去了。
是直接抹去，而非爆炸。
人類補完委員會的五名委員，還有SEELE的成員，都被抓獲了。
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