長安女子醫學署成立後，在李蘊歌的建議下，孟醫官在醫學署設立識藥科、四診科、心理關懷科等三門學科。
三門學科並行四年，第一年通識，第二年分方向選修，第三年實踐，第四年跟師出診。每年兩次考核，考不過的留級，留級兩次仍不合格者勸退。
三門學科，各有分工。
識藥科的教習是孟醫官舉薦的太醫院女醫，姓方，四十出頭，掌管太醫院藥材庫，眼神毒辣，任何偽品、劣品都逃不過她的眼睛。
所有學生須在兩年內，辨識常用藥材三百味以上，不僅要知曉藥材名稱和長相，還要知道性味歸經、功效主治、配伍禁忌、炮製方法。
望聞問切四診科由李蘊歌與付二孃共同執教，付二孃主講望診、問診，李蘊歌主講聞診、切診。兩人輪流上堂，一人講理論，一人帶實踐，兩相配合。
最特別的是心理關懷科。這門課是李蘊歌力主增設的，孟醫官不僅全力支援，還幫著蒐羅了不少前朝醫案中關於“情志致病”的記載，供李蘊歌編入教材。
這門課不管是教習還是學生，都要學習。
開學典禮那日，孟醫官站在臺上，目光掃過臺下那些年輕的面孔，擲地有聲道：“學醫從醫，從來都容不得半分兒戲。你們今日踏入醫門求學，須得沉下心來，刻苦鑽研、踏實精進。
長安女子醫學署由皇后娘娘牽頭創辦，諸位入了此門，日後學成而出，懸壺於世，當知病患以性命相托。
若我輩醫術未精、所學不深，辜負的豈止是師長殷殷教誨？更是病患那千萬份毫無保留的信任，還有自身四年的珍貴青春年華，以及皇后娘娘與天下女子的萬千期盼。”
此話一齣，臺下鴉雀無聲，所有學生都端端正正地坐著，不知是誰起了頭，安靜的廳堂內瞬間掌聲雷動。
孟醫官訓話結束，由學生代表晉陽公主上臺致辭。
晉陽公主今日穿著與其他學生一樣的月白色公服，一改往日活潑模樣，認真道：“我雖是公主，但入了此門，我和大家一樣，都是長安女子醫學署的學生。在這裡，我希望所有的同門，暫時忘記自己原本的身份，須知學醫是為了救人，不是為了名聲。願我們所有人，都不辜負‘濟世’二字。”
她話音落下，臺下響起了熱烈的掌聲，來自民間的生員，認為晉陽公主雖為公主之尊，卻沒有公主的驕橫與傲慢，不由得對她生出了好感。
但這番話落在那些世家大族、朝臣千金耳裡，便是莊皇后借晉陽公主之口告誡她們，在醫學署學醫期間，要安分守己，不得胡鬧。
如此一來，長安女子醫藥署在開學後，並未發生學生不和的現象。
開學典禮結束後的第一堂課，是方教習的識藥課。
方教習是個不言苟笑的性子，在課上從不與學生閒聊，十分嚴肅。每節課教學生們辨認十種藥材，辨認完成後，讓學生們按照標本將藥材臨摹下來，並標記名稱、習性、生長之地以及藥效等資訊。
下一堂課進行隨堂考，答不上來的，就站著聽講。若一直達不到方教習要求，下去後每味藥材都謄抄十遍，直到記住為準。
與方教習的嚴厲相比，付二孃授課時就要風趣得多，她會把自己遇到的例子講給大家聽，然後趁著學生們聽得認真的時候，再不經意地向她們提問。
教望診時，她讓學生們兩兩一組，互相觀察，寫下對方面色、舌苔、目色、唇色等所有能觀察到的資訊，然後逐一評點。
有人把正常人寫成了病容，有人把病容忽略了，付二孃不厭其煩地一一糾正，同一個知識點翻來覆去地講，講到每個學生都能準確判斷才肯罷休。
輪到李蘊歌時，她比付二孃嚴格，卻又比方教習溫和。
她讓學生們分組在彼此手腕上練習摸脈，每天摸脈不少於五十人次，每人的脈案須詳細記錄，次日逐一點評。
有學生叫苦，她便直接對其說：“若受不了苦，趁早退學，給後來之人讓路。”那人聽了，再也不敢叫苦了。
心理關懷科沒有現成教材，李蘊歌便把自己的醫案和孟醫官找來的案例翻出來，一頁一頁地挑出那些最典型的，講給學生聽。
她告訴學生：治病先治心，心結解不開，百藥亦難效。
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