但太平軍對另一類人的處置，遠比對俘虜嚴厲得多。
第二天清晨，太平軍在各條街道的牆上貼出了用漢字、西班牙文和他加祿語三種文字書寫的告示：“太平天國接管馬尼拉。凡有冤屈者，可赴城中田畝局臨時辦事處陳訴。凡本地華民，即日起免除一切苛捐雜稅，此前被掠劫財物可登記求償。凡本地土著部落，歷來與華民友善者，准予登記，獲太平天國平民身份，與華民同等待遇；凡曾參與劫掠華民、殺害華民者，限三日內自首，可從輕發落；逾期不自首而被查明者，一律按逃犯處置，重者斬首，輕者發配勞役。”
告示貼出去的頭一天，田畝局臨時辦事處前便排起了長隊。排隊的多數是華民商販和工匠，有些人臉上帶著壓抑了太久的激動和期待，有些人則是捧著紙筆、表情認真地準備登記自家的冤情。幾個年邁的老華民擠到前面，向登記的文書講述兩年前那個村鎮被洗劫的往事時，聲音哽咽得幾乎說不下去。
太平軍的調查隊當天便分頭行動，按照華民提供的線索，開始在城中各處抓捕那些曾參與屠殺和劫掠的土著部落頭領和普通兇手。有些頭領試圖藏匿在城外鄉村，但馬尼拉周邊的道路己被太平軍控制，出城的人一律檢查身份。到了第三天，己有三名部落頭領和十幾個普通兇手被抓獲，押解進臨時設立的牢房。
與華民友善相處的土著部落，則得到了另一番對待。太平軍的聯絡官帶著糧食和布匹走進那些部落的村落，與酋長們圍坐在一起，一邊喝茶一邊登記人口和田畝。幾個部落的酋長原本戰戰兢兢，得知自己非但不會被追究，反而能獲得與華民同等的平民身份、並且可以分配到土地時，臉上露出了既驚且喜的複雜神情。
七日之後，馬尼拉的秩序基本恢復。
商鋪重新開門，街面上恢復了往來的行人。華民區的店鋪掛上了太平天國的紅色小旗，港口裡的廢墟正在被清理，幾艘水泥運輸船正從廣州方向運來水泥和鋼材，準備修復受損的碼頭設施。
託雷總督和阿爾瓦雷斯上校被關在聖地亞哥堡的一間石室裡。一日三餐按時供應，伙食不算豐盛但管飽，清水乾淨，還有一張木床和一床薄被。阿爾瓦雷斯坐在石室的角落裡，望著窗外馬尼拉港外海面上那幾艘灰藍色的軍艦，低聲說了一句：“他們真的沒有殺我們。”
託雷總督盤腿坐在床上，沉默了很久，然後開口說：“他們不需要殺我們。他們要把呂宋變成他們的南洋行省。殺了我們，他們還得費心管理；關著我們，等馬德里的贖金來了，他們還能再賺一筆。”
“總督閣下，您覺得馬德里會出贖金嗎？”
託雷總督抬起頭，望著窗外馬尼拉的天空。雲層正在散開，陽光從雲縫中透下來，照在海面上，碎金萬點。
“出不出贖金，他們都不在乎了。”他轉過頭，看著阿爾瓦雷斯，“他們把旗插在了馬尼拉。這面旗，不會走了。”
石室窗外，太平天國的紅色旗幟正在聖地亞哥堡的廢墟上迎風招展，旗面上的“太平天國”西個字在午後的陽光下格外鮮亮。
港口方向的碼頭上，一群華民工匠正在用太平軍運來的水泥修復被炮火損壞的棧橋。幾個土著年輕人站在不遠處看著，其中一個猶豫了一會兒，走上前去，用生硬的閩南話問了一句：“我能一起幹嗎？我有力氣。”
帶隊的工頭看了他一眼，點了點頭：“來吧。幹完活有飯吃。”
土著年輕人咧嘴笑了，擼起袖子加入了搬運水泥的隊伍。
遠處的海面上，六艘灰藍色的軍艦依然安靜地泊在原位，煙囪裡的煤煙在晚風中緩緩散開。一艘運輸船正在靠岸，船舷上寫著“太平天國南洋補給”的字樣，艙門開啟，一箱箱貨物被抬上碼頭，裡面裝著的是從廣州運來的農具、種子和布匹——那些東西將分發給馬尼拉周邊的華民和歸順的土著村落，讓他們在戰後重新拾起生計。
夕陽西沉時，馬尼拉灣的海面被染成了一片金橘色。一面面太平天國的旗幟在海風中獵獵作響，碼頭上新砌的界碑前，一個文書正在用刻刀在碑面上刻字：
“太平天國南洋行省，馬尼拉府。”
碑石安放好之後，文書收起刻刀，拍了拍手上的石粉，後退兩步看了看自己的作品。然後他轉身，走向碼頭邊的食堂，那裡正在分發晚飯，空氣中飄著魚湯和米飯的香氣。
碼頭上，一群華民和土著工人正蹲在地上捧著粗瓷碗吃晚飯，碗裡是熱騰騰的鹹魚米飯，湯汁濃白，撒著蔥花。有人呼嚕呼嚕喝了一大口，抬起頭望著遠處正在沉落的夕陽，咧嘴笑了一下，露出豁了牙的牙床。
“太平了。”他說。聲音不高，但周圍的幾個人都聽見了，有人點了點頭，有人繼續埋頭扒飯。
遠處，太平軍哨兵站在新修好的水泥崗樓上，目光越過暮色中的馬尼拉城區，望向更遠的海面。那裡，一艘太平軍的灰色炮艇正在緩緩巡弋，船上的燈光在暮色中亮起，像一顆在海上漂浮的星。
