為了迎接皇帝，整個南京城利用大半年時間進行了城市改造，老百姓的居住條件改善了不少。
城市改造是要花錢的，市民中有門路或者有把力氣的，藉著參與這些工程的機會都掙了不少，中秋節給家裡買點月餅、點心的錢就多些。
南京城真正成為“天子腳下”，棍黨社鼠之流也被反覆掃蕩，治安大好。同時為了營造普天同慶的和諧局面，南京的達官貴人們大興慈善，南京最底層的貧民的日子也好過了不少。
有上面這幾條，南京市民覺得，皇帝最好常住南京，不回北京才好哩。
皇帝此番南巡，有點類似遼代皇帝的四時捺缽，將諸部尚書及朝廷核心都帶出來了，帝國的決策核心跟著皇帝的行營移動。
到達南京前，眾人不覺其異，因為有明一代，朝廷為了決策方便，給予南京朝廷的許可權並不小。例如原南京戶部負責徵收南直隸周邊諸省錢糧，高峰時佔據了朝廷收入的一半還多。
變法之後，北方工商稅增加，南京錢糧的佔比下降。漕運改海之後，北方諸省為了維持水道所費不貲，而南方諸省就輕省許多——大量過河錢留在地方度支，因此江南地方日子相對來說，好過了不少。
皇帝帶著北京朝廷南來，不可避免的將南京各衙門的辦公地點侵佔了一大塊，原來顯得很寬綽的地方塞滿了人——同級別的官兒，北京的比南京的譜兒還大些，讓南京官員感到不爽。
尚書們也覺得彆扭。變法之後，南京也成立了度支部、工商部等新衙門，配齊了尚書。如今朝廷正牌子尚書來了，為了稱呼方便，南京的諸位尚書前面加個字兒，叫做“南尚書”，聽起來就讓人火大。
但這些人的抱怨並無人理會。若有那“避熱”之人嫌辦公場所逼仄，有失官體，請假休息，朝廷也聽之任之，一律准假。
......
申時行從文淵閣出來，穿過東角門，在奉天殿前廣場左轉進入文華殿的時候，有些恍惚——彷彿回到了舊北京。宮城就是這個樣子，除了煌煌壯麗之外，乏善可陳。
他扭頭向武英樓那邊望了望，那裡正在大興土木。內務府正按照皇帝心意，對武英殿進行裝修。
皇帝沒說他要在南京呆多長時間，內閣問了兩次，皇帝都沒有回答。這其實是比較少見的。
皇帝的性格大臣們也很清楚，他幾乎都是謀定而後動的，而且不瞞著下邊人。但對南巡到何時，卻沒有給內閣準確答案——說明皇帝在猶豫。儘管和梁夢龍討論這件事的時候，梁夢龍好像並不在意的樣子，但申時行能感覺出來，總理大臣並無勇氣去問一個確定的時間。
皇帝為什麼猶豫？申時行不得而知。但皇帝前些天又叫人裝修武英殿——這好像是要長時間呆在南京的意思了。南京冬天要比北京舒服些，不那麼冷，但宮城內火龍暖炕都沒有修繕，住起來未必比北京舒服。
是否要把整個南京宮城重新裝修一遍？如果裝修好了，皇帝卻不住了，那不是大浪費嗎？但不要緊，花的都是皇帝的錢。如今南京守備太監正在找施工隊也說不定，這倒是一個肥差，不知誰撈了好處去......
在文華殿門口候見時，申時行心裡想著這些有的沒的，有些神遊天外。皇帝常住南京，對於宦遊的百官來說沒什麼不便——換個地方上班有什麼問題？但對於整個國家來說，則意味著統治中心的轉移。
現在南方有什麼需要皇帝移動中樞來加以解決的矛盾？申時行能想到的只有稅改。當年皇帝將廣東作為稅改的試點，自己還曾經腹誹過。如今看來，皇帝南巡過來，在廣東開啟稅制改革就正正好好——既沒有擾亂南京周邊的經濟秩序，稅改的各項得失也能距近觀察。
難道那時候皇帝就想著南巡？申時行心中暗思。正在此時，見梁夢龍帶著度支部南北尚書躬著身子從殿門口退出來，待看到申時行，兩個尚書又躬身施禮。
申時行對尚書們點頭微笑，算是打過招呼，又躬身與梁夢龍見禮。梁夢龍與尚書們一臉生無可戀的表情不同，面如平湖，沒有任何情緒露在外面。
此時陳矩從內出來，躬身道：“瑤泉先生，皇上請您進去。”
申時行抖擻精神，趨身進殿。不敢四處張望，先恭請聖安。待抬頭窺視聖顏，見太子正在御案旁給皇帝斟茶，忙跟太子也見禮。
因皇帝在場，太子放下茶壺，避開申時行之禮，卻不言聲。皇帝說了平身賜座後笑道：“瑤泉先生且等一會兒，朕去更衣。”說完，從御座上起身，轉過屏風後面去了。
申時行眼觀鼻、鼻觀心，在近侍送來的小墩子上安安穩穩的坐著。太子在御座下設有交椅和桌案，就從丹陛上走下來坐定，翻開桌案上書本後奮筆疾書——應該是寫作業。
申時行用眼角餘光看了太子好一會兒，見他專注寫字，性子頗為沉穩，心中暗暗讚許。等了半刻，腳步聲響起，皇帝從屏風後轉了出來，申時行再次打起精神準備奏對。
朱翊鈞組織了一下語言，才道：“瑤泉先生，改革翰林院的章程議定了嗎？”
申時行拿出笏板，低頭回奏道：“回皇上的話，內閣初議定了章程，正在起草中。”
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