隨著馮保在內廷影響力的消退，張居正會同葛守禮、朱希孝、陳矩等朝廷大員，就王大臣案終於有了會審結果。
朱翊鈞當時並未掌權，等他將王大臣轉至錦衣衛關押時已經晚了，王大臣被餵了啞藥，後續究問已經難以進行。
張居正在獲得李太后和朱翊鈞首肯後，在正式奏章中，對本案的關鍵人物馮保家奴辛儒的失蹤隱去不奏。只奏說王大臣身懷利刃，直入宮廷，謀擬之心已昭，結案並判斬首。
張居正在奏章中說：“宮廷之內，侍衛嚴謹，若非平素曾行之人，豈能直面君上。”又說：“望皇上敕下司禮監官，遵照律令嚴行申飭，有犯令者，必罪勿貸。”
司禮監批紅道：“如卿等議行。著司禮監眾官嚴實宮禁。若有不按祖宗律令，懈怠慢法者，查實究罪。”
朱翊鈞則另起一行寫到：“京畿首善之區，必政肅風清，乃可使四方觀化。”
“朕近覽錦衣衛奏報，經年以來，京師人心怠玩、法紀廢弛，置四方無籍之人潛藏，不法之徒多有。稱“大俠”者，以武犯禁，卻多稱善者而官府不問；稱“會首”者，團聚群氓，斷訟理事，宛然縣官也！”
“著兵部都察院並輯事衙門督率巡捕、巡視、順天府等官，施行嚴打。京師地面，流氓、地痞乃至城狐社鼠之流，一體緝拿，都問罪究治。嚴打期間，有以權涉法，干預訟事的，刑部必舉都察院查實奏來。各部府官再有懈怠嘻玩，誤公事者，也都一體治罪不饒。”
旨意頒下，兵部和順天府都上了謝罪奏章。朱翊鈞請示了李太后之後才批到：“知道了，且戴罪圖功。”
隨著詔旨頒行，兵部、刑部、順天府和大興、宛平等二十餘縣投入到熱火朝天的嚴打行動之中。一時之間，舊案翻起，新案窮追，觸目驚心。京師地面的“扛把子”、“混街龍”紛紛偃旗息鼓，錦衣衛、東廠等璫頭也趁機拉攏人才，擴充勢力。
不到兩個月，嚴打成效斐然，那沒大背景還敢作惡的或有大背景但罪大惡極的抓了不少，各監獄人滿為患，京師地面為之一靖。
大理寺諸官見案件卷宗堆積如山，不免各處訴苦。一次張居正在皇帝日講時，把大理寺的訴苦當頌聖的話兒講了。朱翊鈞寫了六個字給張老先生道：“讓大理寺按這原則審。”
張居正見紙條上寫：“從嚴、從重、從快”，苦笑道：“難免冤獄也。”
朱翊鈞道：“不然，可以試行民意決獄。將那人犯都綁了遊街，被唾罵者多的，重判。同情善待者多的，遠流。”
張居正聽了心中一震，他伺候三朝帝王，最近這五六年，更能常近天顏。可是從隆慶帝身上，卻從未如此明顯的體會到帝王和臣子之間的思路差異。
從朱翊鈞角度看，如此處事也與後世自己的理念不符。但還是那句話，屁股決定腦袋，在帝王之位上坐了幾個月，他的言行逐漸向帝王方面轉變，不足為奇。
京師百姓可是見了西洋景了。進入夏天以來，京師內有帶大牌子被綁了遊街的；罪大惡極，決不待時到西市吃刀的；有被打板子的；還有些高階的熱鬧——如女子被去衣杖刑的。
京師的老少閒漢上午去看遊行，午時去看殺頭，下午去衙門看杖刑，如同趕場一般，飯都顧不上吃。
京師之人最是愛褒貶國家大事，也有訊息渠道，不免將皇帝之嚴打政策拿出來討論。
有的就道：“俺大舅子的五姨媽家裡的丫頭在楊老大人府上做針線。聽楊老先生說，此番皇帝被元輔攛掇，下聖旨說——
見邊上的人都伸長了脖子看向自己，這位得意道：“若有犯過的，俱都殺頭；若有姦淫、人命等事，俱都剮。是太后慈悲，這才勸住。”
這聽的道：“皇帝小小年紀，心卻狠也！”
沒想到旁邊一聲斷喝：“狗囊的住嘴！要我說，這北京城裡該殺殺、管管了——你老姨家二扁頭流遼東了罷，回不來才好哩！”
“你不就是被二扁頭打了兩個嘴巴子嗎？留點口德罷！”
“再說，再說，就去衙門告你和二扁頭一夥兒的！”
話不投機，不免打在一處，夏天陽光下塵土飛揚，雙方都滿頭大汗，邊上圍了一圈兒叫好的。
.....
京師嚴打的訊息傳至天下，有些地方官就有樣學樣。
。鈞翊朱到送報專政做手報由專，室究研報的部總衛錦在總彙，師京至報報衛錦的省各京兩在佈分有都日每
。個幾黜廢就會機有備預，了記細細也字名的走策政己自著跟沒把；用使拔提後以待，了記細細都名姓方地的打嚴行施將，時奏覽鈞翊朱
。人白明個是上策政族民在至他道知，人僧、文經要裡疏奏在他見先起，人其解瞭太不但，象印點有古崇王對鈞翊朱。然斐效聲，活”易私抓，安平治“展開的鼓旗張大西山、大宣在古崇王督總報衛錦，奏覽日此
......
。談之室行進甥外的家回病稱和在正人白明個這，時此而
。講細宜不卻，用他做可也室此，室園花的府督總古崇王如——話談中室的音不在人話談，守把人僕腹心以，道計設間之山假園花在的有也。房書的正居張如——所場的藏潛人有法無廓寥面四是者或，在所談會秘的設所裡家在者爵顯高是其尤人時
。維四張士學林翰兼郎侍左部吏是個一，古崇王督總大宣是個一人二談番此。後其乎瞠人令，華奢飾裝間其但，室是雖
。富鉅的名著西山是都，父岳任兩的弟五、父岳的弟二、夫姨、父姑其。賈商大的萬鉅資家是都，輸運糧軍做兼漆營經公外、商鹽是親父維四張
。團集商的名大鼎鼎世後了形，維四張著繞圍，此由。博楊書尚部吏是家親兒兼鄉同其、督總大宣是古崇王舅舅其而
。了去書讀州家老回，假病了報即立？下之牆危於立能焉維四張，家老了回逐驅手聯保馮和正居張被拱高年去。力餘不他拔提，肯首的拱高了得獲力財的大龐後過也，錯不係關拱高和維四張
。的實現其極是題問看，因基人商的良優中脈們他了承秉，人的話說為因。的聞聽人駭是卻，話對的人二舅甥的生發，中之室的時此
”？年多有能還祚國明大這，看舅舅依“：問，舅舅家自問先維四張
”！年十三二過不，變之常非有若！已而年十五殆，人的樣那仲管、鞅商無若，見之我依“：道古崇王
