奇太妃在西苑百祿宮殿頂塌陷中罹難，在朝廷中引起軒然大波。朱衡當日跪在百祿宮門外，未獲太后和皇帝召見。
張居正面聖後，讓朱衡自行回部，自請處分。朱衡性格強硬，常與張居正相爭，不為張居正所喜。萬曆元年，楊博辭吏部尚書，葛守禮和朱衡一主一副，擬於廷推時奪得此位，卻被張居正聯合王瀚擊敗。
此次西苑修造腐敗案發，張居正欲藉此機會，將朱衡趕出朝廷。因此在面見朱翊鈞時，無一句緩頰之語。
朱衡擅長水利，但其觀點長期與治河專家潘季馴不合。嘉靖四十五年、隆慶元年兩次在治理黃河事務上，與潘季馴水火不容。
潘季馴的治河理念為“束水攻沙”和“蓄清刷渾”，以清竣河道，根治漕運壅塞為主；朱衡的理念為“改舊為新”，以新開河道，力保漕運為主。
兩人在治河理念上的齟齬，逐漸演化為互相攻訐，並分頭向朝廷上報自己的治河方案。朱衡連續兩次在朝廷中把潘季馴擊敗，獲得治河的主導權，並因治河保漕之功升工部尚書，潘季馴作為朱衡的副手，也跟著升了級，後來丁憂回家。
隆慶四年，黃河決於邳州、睢寧，潘季馴丁憂起復後總理河道，堵住了缺口。朝廷尚未賞功，因運輸船隻漂沒事故，被勘河給事中雒遵彈劾罷官。
在隆慶初期，張居正曾經支援朱衡的治河理念。但隆慶四年的黃河大決口，大大動搖了張居正。
此後幾年，因朱衡在朝中多次與他唱反調，張居正在萬曆元年初期又向潘季馴伸出援手，擬起復潘季馴總理河道，被朱衡阻撓而失敗。
朱翊鈞逐步掌權後，張居正向朱翊鈞推薦了潘季馴。後世之歷史愛好者，還有不知道潘季馴鼎鼎大名的嗎？朱翊鈞本擬立即啟用潘季馴，但又改了主意。
他囑咐張居正撥朱時泰賄銀五千，令潘季馴組織團隊，在黃河、淮河和運河整個流域進行調研，通盤考慮治黃、治淮、保運、保祖陵、保民生五個方面，並拿出全面的治理方案。凝萃殿案發時，潘季馴還在泗州洪澤湖附近調研呢。
西苑腐敗案發，朝中科道群起而攻朱衡，張居正也無保衡之心，他不安其位，於萬曆二年四月初連續上書請辭，朱翊鈞未按慣例加官，也未準馳驛，直接罷其官。
朱衡收拾行囊，灰溜溜的離開了京師，戶部侍郎郭朝賓接工部尚書。
西苑腐敗案造成太妃薨逝，震動京師。朝廷為平息輿論，免尚書、並判工部員外郎楊松絞刑。工部涉案的官員、差役四十多人三司會審後，一體被判斬首、抄家，其餘三十多人抄家、流放。
因直殿監少監王利受賄，置主上安危於不顧。東廠取得口供第三天，朱翊鈞未經三司會審，直接判其剮刑，並責令少監以上的各司、監首領觀刑。
直殿監首領殷祥監管不力，且有受賄事，發孝陵。其餘與西苑宮室建設有關的直殿監人等，或殺或逐。
一番大砍大殺，宮內宮外震怖。朱翊鈞正月大閱，斬殺勳貴數名，部分勳貴還以為是皇帝惡了勳家。
此次看見了王利、楊松等的下場，不光是勳貴，連同朝臣、百姓都知道，這皇帝是個殺星下凡。
雖未像太祖、成祖那般迭興大案，但萬曆二年春天還沒過，這殺掉的人頭築個小京觀都夠了。
一時之間，天下萬馬齊喑。去年還磕磕絆絆的考成之法得以徹底貫徹，各部、司將自家的五年規劃和萬曆二年的本年任務齊齊調高了一截。
萬曆二年四月初一，葛守禮不再抱病，上班第一件事即上疏奏請興革都察院。
張居正貼黃“請聖裁”，朱翊鈞批紅“可”，並令葛守禮將興革方案細化復奏。隨後，令御史、科道滋味難明的聖旨下來，將都察院大作興革。
......
明太祖出身貧苦，對元末的腐敗現象刻骨銘心。建極以後，以重典治世，建立了有史以來最嚴密的巡視監察網路。而都察院，就是這巡視、監察網路的核心。
都察院的職能分為內職掌、外職掌和地方上的按察司。
內職掌掌管兩京刷卷、巡視京營、巡視京師倉儲、皇城、五城兵馬司等。
外職掌即為出巡御史，分為專差和巡按兩大類，主責巡視地方，有“大事奏請，小事立斷”之權。
按察司為地方固定的監察機關，除南京外，設立十三道按察司。按察使和布政使、都司併為本省三巨頭，主管一省刑名按察之事。
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