正如海瑞所料，萬曆三年三月二十六日，華亭和松江府同時報民變。兩處加起來近一萬三千多饑民被別有用心之人引導，華亭縣饑民先衝擊常平倉，後衝擊徐府搶糧；府城的衝擊府庫、府衙。
因府、縣和兵備道早就有所準備，王以修、楊瑞雲、蔡國熙等立即出手，民變剛起，即被撲滅。兩處損失都不大，唯有徐府的大門被衝破，損失不小。後來官兵趕到，將領頭的饑民全數逮捕，彈壓住了。
民變主力即為江南大族以朝廷重申蓄奴令為由所開革的大量奴僕，夾雜著些失去生計且不願離鄉的佃戶。因此此次民變準確來說，是奴變。——史稱“松江奴變。”朱翊鈞掌權以來，此次民變為江南地區規模最大的一次。
還如海瑞所料，民變剛報到京師，加急諭旨就下來，真的任命海瑞為“巡撫江南督察松江民變專案”欽差大臣，並授王命旗牌，行轅設在南京，聖旨命他大張旗鼓，調查松江奴變內情。
聖旨內容傳了出去，江南各地見皇帝毫無認錯之意，這心思竟都蠢動起來。此時，不知從哪裡傳出來，說徐家、董家、莊家等一些大家，因皇帝讓他們退田，故意鼓動民變脅迫朝廷——所以皇帝派海青天徹查。
不消半個月，這訊息傳得到處都是，眾人一聽還有這般內情，這往造反上靠的事兒卻誰也不敢幹，這南方同情徐家，斥罵朝廷的言論竟因此謠言傳播，導致溫度低了低。
海瑞四月初八就接到諭旨，心道果然，彷彿吞了個蒼蠅似的。然而他畢竟不是以私心害國事的人，只好打疊精神，發揮出他辦案特長，開始窮究根治。
此次民變的兩大黑手，海瑞心中明鏡般，一方是以徐家為首的江南豪族；一方是遠在京師，身居大內的朱翊鈞，這查案的方向一點兒跑偏不了。
海瑞倒是有心查一查錦衣衛和鎮守太監府在民變中起了些什麼作用，但是這些人個個滑不留手，欽差大人問話時，先把董家、莊家、徐家等大族中人在民變前互相串聯的情況兜了個底掉。
但海瑞問他們為何不及時報給應天巡撫或松江府時，口徑一致的回答是，對這些大族和官員動向監視都是常規工作，但誰能想到這些人狼子野心，居然攛掇民變以脅迫朝廷？這誰能想到？
海瑞心說皇帝給我喂蒼蠅，你們這是給我喂屎啊！但他絕不是不通權變之人，本身對這些盤根錯節的江南豪族半點好感都欠奉。對皇帝這隻大黑手他沒有任何切實的證據，只好捏著鼻子認了賬。
到了四月底，海瑞已將整個民變案釐清，形成專報加急送京師。
奏章中除了奏報案情，海瑞還提醒朝廷：江南此時輿論鼎沸——對徐閣老家遭受奴變衝擊，老翁攜家眷狼狽逃竄，險些陷於賊手的慘狀報以極大同情。
海瑞奏報，整個江南對朝廷重申蓄奴令、打擊豪族做法的批評之聲，已經沸反盈天。若朝廷不能善加妥處，還會有民變發生！
張居正覽奏後，見海瑞已經將徐階兩子在民變前與董家、莊家等豪族互相串聯之事做成了鐵案，心中大驚，平生第一次產生了對海瑞操守的懷疑。
以他對徐階的瞭解，自家老師的滑不溜手程度已堪破造化，達到了神而化之的境界。如何能留下這麼大把柄給海瑞？但海瑞在奏章後面附的董、莊兩家幕後黑手的供詞，再加上錦衣衛提供的監視記錄，卻讓張居正對徐家也無甚緩頰處。
但老徐家還不得不救，若被皇帝把徐家給破了門、抄了家，朝廷付出的政治代價太大不說，對張居正自身權威的損害也是極大。
沒辦法，張居正也不貼黃了，直接拿著海瑞厚厚的奏章求見皇帝。
朱翊鈞在養心殿東暖閣接見了張居正。張居正見到他時，見他桌子上放著一些帶著鎖的檀木匣子，上面刻著繁複的花紋，朱翊鈞正在一本本的看各地巡撫、欽差的“銀章直奏”。
此際，暮春的陽光照在朱翊鈞的臉上。平身後的張居正猛然發現，皇帝臉上原先飽滿的臉頰已經消失，坐在御座上也能看出他身形變得越發瘦長，頦下也開始顯現若有若無的喉結。不由心中感慨道：“皇帝開始長成大人了，老夫這兩年卻老的厲害。”
放下感慨的心思，張居正將海瑞的奏章呈給皇帝。朱翊鈞翻開道：“這也是海瑞的奏章？”說完舉起手中未看完的密奏道：“這也是海瑞的奏章，因為走的是銀章密奏，比給朝廷還快些。”
說完笑道：“此諍臣也。海瑞卿家在密奏中指責朕暗中行詭詐之術，利用松江民變來推行大政。走的不是堂皇正道——這無憑無據的，倒是真敢說。”
張居正聞言一哂，心說海瑞總是語不驚人死不休的性子。一轉念間，心裡又打了個突，後背一下子佈滿了冷汗。
面上不顯，穩當當的奏請皇帝先把海瑞給朝廷的奏章也瀏覽一遍。朱翊鈞看罷，笑問道：“老先生不貼黃而來直奏，有什麼話說？”
張居正先輕咳一聲，此際也不適合走那公事公辦的奏事流程。就擺了擺徐階在嘉靖朝保住朝廷正氣之功，撥亂反正之功，扶保先皇登基之功後，坦坦蕩蕩的將自己的私心也說了，奏請皇帝給個面子，饒過徐家滿門。
朱翊鈞沉吟了一下，方道：“嗯，對徐家——朕不為己甚。就是老先生不來說，也不會把他家怎麼樣，總要給朝廷留些體面。然海瑞奏章後面所說的江南輿情，卻不可不慎。”
張居正聽了，心道我要是不來說，你不痛下殺手才怪。這兩年殺的人頭滾滾，這皇帝何曾顧慮一點被殺者的身份。至於體面？那是什麼東西？
趁機奏道：“江南之事，臣以為若緩緩圖之，總有破冰的一天。此際若一下子查抄這麼多大族，臣還真擔心其他縉紳有那兔死狐悲之感。”
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