朱翊鈞開始主政時，對運河的管理重視程度不是很夠。他畢竟不是經濟學家，以前也沒研究過運河歷史，因此心中對運河在帝國治政方面的地位認識高度沒有張居正、王國光等人高。
到了萬曆三年，朱翊鈞對運河的認識高度終於和張居正拉平。主要原因為兩年來張居正等閣臣對運河管理的極度重視，凡有總漕奏章，張居正必然長篇累牘的分析利弊，往往還要請見，潛移默化改變了朱翊鈞的想法。
張居正多次對朱翊鈞指出，因為京師為帝國核心，軍、民人口稠密，華北平原的產出不足以供養，因此江南轉運的糧米成了帝國命脈所繫。
有一天張居正再次請示漕運事的時候，對朱翊鈞形容漕糧的重要性時說道：“一日不得則飢，三日不得則不知其所為命。”這句話讓朱翊鈞深感悚懼。
後世之人生活在物資極度豐富的年代，對物資緊缺缺乏感性認識。朱翊鈞穿越到皇帝身上後，生活中的一些不便利的地方，包括後世的一些享用，都一一命張宏、張鯨等人予以解決。
朱翊鈞對生活品質要求較高，例如衛浴設施、日常生活用品的開發使用等事，這兩年已經逐漸從宮中向外擴散。除了家用電器朱翊鈞暫時沒辦法外，其餘的享受和後世沒有太大差異。
正因如此且穿越到皇帝身上，朱翊鈞對民間的生活狀況瞭解的並不是太多。
各地情報和銀章直奏所述民間困苦情狀，文字高度概括，例如“人廬漂浮過萬”或“大飢，餓殍滿地”之類，並無細節描述。朱翊鈞當時看這些奏章，像是在看歷史文獻似的，並無切膚之感。
但是張居正當日向他所說“三日不得則不知其所為命”時那恐懼的眼神，嚴肅的神情，讓朱翊鈞猛然發覺，儘管在這個世界已經生活了兩年，自己與這個世界卻一直是疏離的。
這種感覺很荒謬，又很真實，像是一把匕首劃開了朱翊鈞穿越以來一直包覆著全身的軟膜一般，使他第一次產生了與這個世界產生了血肉聯絡之感。
這種感覺在那日後，變得越來越清晰，體現在日常和兩宮、幼弟、妹妹等家人的聯絡之間，體現在他與孫乾、魏朝等人一起生活的點滴之處，越來越把他同化、同感，使之與本時空的大明越發的共情、共鳴。
這時候的朱翊鈞，回首再看兩年來的施政，諸多孟浪之處一一浮現。
朱翊鈞反思自己，兩年來嘴上說著惕勵親民，但早就和人民群眾之間斷了血肉聯絡，自己身上的本就不多的“黨性”早已千瘡百孔。
又反思自己，兩年來對待政事，如同在打遊戲通關一樣，隨意的擺佈著這個世界，卻忽略了自己每一道命令，都涉及著千萬人生死存亡。——如果時間回撥到兩年前，很多事情處理的會好很多。
把這種心境與剛穿越來那天經筵時被權力迷醉時相比，朱翊鈞覺得自己進階了。他對皇帝的身份認同感越來越強，而對自己身上擔負著的使命與責任，認識也越來越深刻。
以這種心態來看漕運，朱翊鈞終於體會到了，這條大運河的每一次變革，都關乎運河兩岸數以百萬計的生民身家性命。
若不能妥善處理化解矛盾，如同改革鹽政那般隨意興革，不知多少人將家破人亡。因此，他很慎重的先祭出法寶：調查研究。
隨著一件件調研報告的反饋，到了萬曆三年六月份，朱翊鈞終於構建出京杭運河的整體印象。
總漕和中央、地方之間的關係，運河上下的階層分佈、賴以為生的人群結構，運河和各大水系之間的有機聯絡，朝廷現在的漕運體制有何種弊端，都事無鉅細的勾勒出來，並最終讓他——一個與眾不同的皇帝，找出瞭解決問題的答案。
心裡有了底，下一步就是統一思想。朱翊鈞正盤算時，屢敗屢戰的王宗沐於八月中再次建議朝廷，欲行海漕。
這下子可捅了馬蜂窩，伴隨著暴風驟雨般的彈章，王宗沐這個總漕位子開始搖搖欲墜。朱翊鈞連續在各種場合放風，下毛毛雨，保著王宗沐。同時下旨戶部，令其提出對再行海漕的意見。
八月三十，戶部奏章送六科備案後報內閣，侍從室又將之列為朱翊鈞詳看之章。朱翊鈞見其內容為：
“先，該大臣敘海運之功，臣等謂萬世之利在河，一時急用海。今該漕臣議增海運二十四萬石，臣等以為海道風波難定，但當熟悉此路，以備緩急，不必加徵。昔者給事中張渙等議與臣等同，並言隆慶六年漂沒糧石，該大臣發銀買補。臣等不意宗沐之明達，竟弄巧成拙至此。”
“但事出風聞，難以深求。當時臣等以為首事勇敢之臣，可以情恕，以觀後效。然萬曆元年又七船漂沒，亡者十五人，臣等以為糧可補而人命不可補也。”
“臣等查元代海漕，不遇風浪而漂沒者十之有三。誠可見海運之不行者一。海運必用千料船，駕者一船百人，運米千石。若計河漕，則海漕一可辦河船十，運卒少而無傾覆之患，此海運不如河漕者二；”
“若如元專海運，必設了望之卒，備扞禦之兵，以防剽掠。若用河漕，盜賊不敢窺也，此河漕利者三。”
“故臣等議，海運自萬曆三年始，止以十二萬石為則，以備急用海。伏乞聖裁。”
朱翊鈞覽奏後心裡很不痛快，批答道：“朕覽爾等奏章，竟盡言海運之弊，不言其利；盡言河漕之利，而不言其弊。天下有此等有利無弊、或全弊而無一利之事？朕早以“求是”之綱要反覆絮言，你等奏章全不見此，預設立場，其心難正。”
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