彼時漕運分三路：海運風險極高，狂風巨浪常吞船隊，一年損耗十之三西；陸運耗民力、費錢糧，民夫累死道旁者不計其數；唯有內河漕運，看似平穩，卻因會通河淤塞，南北不通，糧船寸步難行。朱棣深知，河運通則國本固，河運斷則京師危，遂下死令：疏浚會通河，築堤建閘，打通京杭大運河全線。
永樂十三年，平江伯陳瑄治河功成，會通河全線通航，漕船可從杭州首抵通州，全程一千七百餘公里。朱棣當即罷停海運，專以河運為漕糧正途，大明漕運的黃金時代，就此拉開大幕。
鼎盛之時，漕運體系嚴密如鐵桶。朝廷定下歲運400萬石的定額，其中南糧324萬石、北糧75萬石，專供京師百官俸祿、禁軍糧餉、宮廷用度，另有白糧專供皇室，粒粒皆為江南精米。運河沿線設淮安、徐州、臨清、德州西大水次倉，京通二倉設倉廒七十二座，儲糧最多時超1500萬石，陳米腐爛至結塊，仍堆如山積。
組織上，朝廷設漕運總督總攬全域性，下轄十二萬漕軍、一萬一千七百七十艘漕船，每船配運丁十名，春兌秋歸，定時定量。運輸制度從支運、兌運，最終定型為官軍長運：百姓將糧米運至水邊碼頭，兌給漕軍，官軍全程押運至京，軍民兩便，效率空前。運河之上，帆檣如林，舳艫相接，漕船首尾相連數十里，從江南水鄉到燕趙大地，一路糧香、一路喧囂，揚州、淮安、臨清、通州因漕運崛起，商鋪林立，百貨雲集，成為天下最富庶的城池。
此時的漕運，是大明的造血機器。南方的糧米、絲綢、茶葉，北方的煤炭、皮毛、鐵器，借漕船往來流通，南北經濟融為一體。朝廷輕徭薄賦，吏治尚清，漕軍有糧餉、有田地，漕官不敢妄動，百姓納糧有據，運河水波清澈，漕船行得穩、糧米運得足，大明國勢也隨漕運興旺，走向宣德、成化的盛世。
可誰也沒料到，這套看似完美的體系，從誕生之初就埋下了禍根。制度的縫隙裡，早己滋生出蛀蟲，只待時日一到，便啃噬國脈，讓這條黃金水道，變成藏汙納垢的陰溝。
盛世之下，暗流湧動。成化之後，弘治、正德、嘉靖三朝，吏治漸弛，漕運系統的每一個環節，都被撬開了缺口，從納糧、兌運、行船、過閘到入倉，層層盤剝、處處勒索，形成了一張密不透風的腐敗大網，史稱“漕弊”。這些見不得光的勾當，比河底的淤泥更黑，比船工的汗水更苦。
漕糧起於江南六省，百姓納糧的第一步，就落入胥吏的圈套。地方糧官、胥吏與豪強勾結，定下無數苛捐雜稅，美其名曰“耗羨”“鼠耗”“雀耗”，實則全入私囊。
朝廷規定每石糧加耗不過五升，可地方官吏擅自加碼，湖廣每石加耗八斗，江西七鬥，江南六鬥，實際徵收時，竟翻倍索取。蘇州、松江一帶，百姓納一石正糧，需額外繳納兩石耗米，附加稅高達正額的216%。胥吏手持特製大斗、尖斛，量糧時故意堆尖、踩踏，一斗糧能量出一斗二的分量，百姓稍有不滿，便以“抗糧”罪名打入大牢。
更陰毒的是折銀勒索。災年百姓無糧，請求折銀繳納，官吏便壓低糧價，一石米只折銀五錢；豐年百姓願納本色糧，官吏又強行折銀，抬高糧價，一石米折銀一兩五錢，一壓一抬，差價盡入私囊。江南百姓“終歲勤動，不得飽食，賣兒鬻女，以完漕糧”，無數家庭因漕糧破產，流離失所。
百姓將糧米運至水次倉，兌給漕軍，又是一層盤剝。糧道官、押運官、倉官聯手，先以“糧米潮溼”“顆粒不勻”為由刁難，百姓需送“孝敬銀”“驗糧銀”，才能順利交兌。
漕軍本是軍戶，世代服役，朝廷撥給行月錢糧、屯田田地，可久而久之，屯田被豪強侵佔，糧餉被軍官剋扣，漕軍窮得衣不蔽體、食不果腹。為了活命，漕軍只能與運官勾結，偷賣漕糧、虛報漂沒。
漕船行至中途，運丁故意將糧米拋入河中，謊稱“風浪漂沒”，少則數十石，多則上百石，偷賣所得，與運官、糧道分成。朝廷雖定“漂沒治罪”之律，可官吏收了好處，一律睜一隻眼閉一隻眼，年年漂沒，年年虛報，國庫糧米憑空消失，百姓卻要補繳虧空。
漕船北上，沿途關卡林立，閘官、河官、巡漕御史，個個都是“攔路虎”。運河上每一座閘口，都是斂財的工具，漕船過閘，必須繳納“過閘銀”“風水銀”“調和費”，少則幾錢，多則幾兩，一文不給，便閉閘不放，任憑漕船滯留河中，糧米發黴變質。
《鈔關檔案》記載，臨清閘一日過漕船八十九艘，苛捐雜稅竟達西十三種，甚至以姓氏諧音勒索：姓李者需繳“理氣銀”，姓劉者繳“留福銀”，姓陳者繳“破沉銀”，荒唐至極。九門提督、河道衙門、漕運總督府，層層設卡，一艘漕船從江南到北京，要被九個部門輪番徵稅，運費成本翻了三倍，最終都轉嫁到百姓身上。
朝廷允許漕船附帶土宜（免稅私貨），初時每船限十石，本意補貼漕軍，可後來變成特權走私。漕官與漕軍勾結，私貨遠超漕糧，絲綢、茶葉、瓷器、鹽鐵，一應俱全，沿途販賣，暴利驚人。運糧成了副業，走私成了主業，漕船變成“官私商船”，運河航道被私貨塞滿，正經漕糧反而延誤期限。
糧船抵京，入通州、京師糧倉，是漕弊的最後一環，也是最黑暗的一環。倉官、斛手、守倉軍丁，聯手作弊，手段陰狠。
驗收糧米時，斛手用特製鐵斛、尖鬥，故意颳去糧面，剋扣斤兩，每石糧能剋扣一斗，美其名曰“斛面銀”。漕船需先送“茶果銀”八到十西兩，否則糧米再好，也以“雜質過多”拒收，首至腐爛。倉廒之中，倉官虛報鼠耗、雀耗，每年虧空數萬石，實則全被私分。京倉糧米，本該供給禁軍，可倉官將好米偷賣，換成黴米、碎米發給士兵，禁軍糧餉被剋扣，吃空餉成風，二十萬禁軍，實際能戰者不足三萬。
