朝堂之上，反對推行皇家醫院的不在少數，每日都能收到無數上疏勸諫的奏摺。
理由都是站著士大夫的階層出發，認為皇帝如此做尤為不妥，要求關閉皇家醫院，切莫做勞民傷財違背祖制之事。
朱由檢首接將這些廢話連篇的奏摺丟到一邊。
反對的人主要分為三類人群。
其一是：恪守禮教的理學文官，以東林清流為主，是反對的主力。
明代理學（程朱理學）是官方正統思想，文官集團深受“男女大防”和“三綱五常”等封建禮教的影響。
他們極度看重倫理綱常，對於打破傳統男女界限的舉措會本能地排斥。
他們認為男女授受不親，女人被陌生人看到腳和小臂都是失節的表現，必須要嫁給對方才能算是保住貞潔。
孕檢和接生，必然涉及對女性身體私密部位的檢查。
讓男性太醫或醫生對孕婦進行身體檢查，嚴重違背了“男女大防”的禮教底線。
還認為孕婦待產、生育屬於極度私密的“內闈之事”，皇家醫院讓孕婦集中待產，這是不顧婦道、暴露隱私的荒唐之舉。
紛紛上疏痛斥此舉違背禮教，有傷風化，是“敗壞綱常”、“有辱皇家顏面”的行為。
其二是：太醫院官員和保守太醫。
作為既得利益者和傳統醫學的代表，太醫院的官員習慣了為皇室和權貴提供私密、封閉的醫療服務，大庭廣眾之下行醫診病有失他們的體面。
皇家醫院的建立、免費義診，不僅打破了他們的行業壟斷，還要進行病例詳細記錄，這是要竊取他們的獨家秘笈，他們極度抗拒。
這種醫療模式被視為對傳統中醫診療體系的挑戰。
這樣違背禮教，傷風敗俗的做法應該立即取消，關閉皇家醫院。
其三是：成國公朱純臣等勳貴。
他們也是眼紅新軍的軍餉福利，認為面臨嚴重的財政危機，遼東邊軍己連續十西個月欠餉，連京營都還在執行舊軍餉，有錢不如發給京營軍隊，而不是花錢建醫院為泥腿子們治病，這是“本末倒置”、“勞民傷財”。
朱由檢就知道這些人不會讓自己那麼輕鬆進行改革。
現在的朝堂之上，就不允許存在有效的政令，誰想做些正事就會面對群攻，反而是站在道德制高點上到處指責，什麼事都不做的人最為安全。
他為了不和這些人內耗，乾脆罷免了一個多月的朝會，不和這些人見面，讓他們有力氣沒地方發揮。
至於寫上了的奏摺，全部都是留中不發，寫再多也是廢紙一張。
首到新政兩個月後，取得了非常大的成效，朱由檢才重新召開朝會，會一會被逼的快要瘋了的朝臣。
朝會之上，率先出列發難的是東林清流，都察院御史瞿式耜率先出列。
他手持笏板，神色肅穆凜然，躬身朗聲進言：“陛下！皇家醫院接待百姓婦女孕檢和接生之舉，實屬不妥，萬萬不可推行！
我朝以程朱理學為正統，立國百年，賴以綱常禮教維繫世道人心。
古訓有云，男女授受不親，內闈私隱不可外揚。
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