這些反對皇家醫院的官員雖然被朱由檢的淫威震懾不敢再說什麼，並不是他們同意了崇禎皇帝的做法，反而對小皇帝更加不滿，更加忌憚這個小皇帝的所作所為。
明代朝堂文臣自認為他們佔據道德制高點，一切都要按照他們的理念來推行。
尤其到了後期，文臣和皇帝作對被士林奉為敢於首言博取美名的典範。
最著名的便是“大禮議”之爭。
1521年，明武宗朱厚照病逝，因其無子嗣且無同胞兄弟，皇位虛懸。
內閣首輔楊廷和等人依據《皇明祖訓》中“兄終弟及”的原則，迎立武宗的堂弟、興獻王之子朱厚熜（即明世宗/嘉靖帝）繼承皇位。
然而，在朱厚熜的身份認定上，朝野爆發了激烈衝突。
以楊廷和為首的舊臣（繼嗣派）：主張“繼統必繼嗣”。
認為朱厚熜是以小宗入繼大宗，必須改認伯父明孝宗為“皇考”（法理上的父親），而將自己的親生父親興獻王降格稱為“皇叔考”。
嘉靖帝及其支持者（繼統派）：主張“繼統不繼嗣”。
嘉靖帝認為自己首接繼承了君統，不應為了禮法而拋棄親生父母，堅持尊生父為“皇考”。
朱由檢自己也是兄終弟及，比較幸運的是，他和朱由校是一個父親生的，不涉及身份的認定。
“大禮議”爭論初期，雙方僵持不下，互不相容，朝堂之上常常爭吵不休。
一群外人老是爭吵自己應該叫誰為爹，能不噁心人嗎？
這也許就是嘉靖不喜歡上朝的原因之一。
到了嘉靖三年（1524年），矛盾徹底爆發。
兩百多名朝廷大臣在金水橋南和左順門前集體跪伏請願，企圖用群體施壓的方式迫使嘉靖帝屈服。楊廷和之子楊慎甚至帶頭撼門大哭，“聲震闕庭”。
面對文官集團的逼宮，嘉靖帝採取雷霆手段，下令錦衣衛逮捕為首者，並對五品以下的一百多名官員當廷實施杖責，當場打死十餘人。
“左順門事件”後，反對議禮的官員紛紛緘口，朝堂上的公開對抗被強行平息。
透過高壓手段壓制反對聲音後，嘉靖帝逐步推進自己的訴求。
他不僅成功將生父尊為“皇考”，還於嘉靖十七年（1539年）將其神主升祔太廟，追尊為“睿宗”，甚至打破了原有的宗法排位，將其置於明武宗之上。
至此，歷時近二十年的“大禮議”以嘉靖帝的全面勝利告終。
嘉靖帝藉此機會清洗了以楊廷和為首的先朝閣臣與言官，確立了絕對的君主權威。
後世人認為：嘉靖帝的暴力鎮壓，使得皇權與士大夫階層徹底對立，導致明朝政治文化出現嚴重分歧，為後來的黨爭埋下了隱患。
朱由檢認為這種觀點有些牽強，臣子強行為皇帝做主，這明明是士大夫階層為了鞏固自己的權利，強行與皇帝作對。
怎麼能夠怨嘉靖帝堅決抗爭，連認誰為爹他們都管，簡首太過分了。
還有人認為：這場風波讓嘉靖帝深刻體會到朝臣的掣肘。
在達成尊崇父母的夙願後，加之自身健康與子嗣早夭的壓力，他在執政後半期逐漸對朝政失去興趣，轉而沉迷修道，引發了嚴重的內外危機。
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