他即位之初，為了穩住朝局，對閹黨餘孽、貪官汙吏，多有姑息。
如今內外形勢大好，他再無顧忌。
崇禎四年冬，一場雷霆般的吏治整頓，席捲大明朝堂。
先是都察院十三道監察御史全體出動，分赴各地巡查，專查地方官員貪腐、瀆職、虧空錢糧諸事。
隨後刑部、大理寺選調精幹官員，組成 “考績館”，對在京五品以上、地方三品以上官員，逐一進行政績核查與財產清算。
崇禎定下鐵律：貪贓白銀百兩以上者，革職追贓，永不敘用，千兩以上者，充軍流放。萬兩以上者，斬立決，家產籍沒。
一時間，彈劾奏章如雪片般飛入紫禁城。
各地貪腐官員紛紛落馬，有的被革職拿問，有的被抄家追贓，有的畏罪自盡。
短短數月之間，從中央六部到地方州縣，官員被罷黜、降職、調換者，竟佔七成之多。
朝堂之上，人心惶惶。有老臣上疏，說陛下整頓吏治固然是好，只是換得太急太多，恐傷朝廷元氣。崇禎淡淡回了一句：
“官可以再選，民心若是散了，便再也收不回來了。”
老臣無言以對。
在這場大換血之中，最引人注目的，便是魏忠賢的結局。
這位曾經權傾朝野、號為 “九千九百歲” 的閹黨魁首。
如今大局已定，崇禎也沒有再行誅殺，而是下了一道明旨，正式將魏忠賢發配皇陵，終身看守陵寢，不得踏出陵門一步。
沒有凌遲，沒有滿門抄斬，魏忠賢這一生，爭權奪勢，權傾天下，到頭來，卻要在冰冷的皇陵之中，伴著枯燈黃土，了此殘生。
魏忠賢離京那一日，大雪紛飛。他穿著一身粗布衣裳，坐在一輛簡陋的馬車上，回望紫禁城的方向，久久不語。
曾經滿朝文武爭相攀附，如今門前冷落，無人相送。
東廠與司禮監的權力，也隨之完成了交接。
崇禎任命自己最信任的王承恩提督東廠。王承恩為人忠厚，心思縝密，對崇禎忠心耿耿，行事卻遠比魏忠賢時期收斂。
他到任之後，第一件事便是裁撤東廠多餘的番役，廢除魏忠賢時期設立的種種酷刑與密探制度，只保留必要的偵緝與監察職能。
“東廠是天子的耳目，不是害人的刀。” 王承恩對屬下如是說。
司禮監秉筆太監一職，則交給了方正化。此人讀書識字，為人端方，素來以謹慎持重著稱，崇禎對他十分信任，命其掌管批紅與文書往來。
方正化辦事一絲不苟，每一份奏章，每一道聖旨，都要反覆核對，絕無半分差錯。
內廷二十四衙門，經過一番整頓，風氣為之一新。太監們不再敢像魏忠賢時期那樣肆意弄權、結交外臣，而是老老實實各司其職。
外朝的人事更迭同樣大刀闊斧。一批年輕有為、政績卓著的官員，被迅速提拔上來，進入六部、都察院、通政司等要害部門。
這些人多是崇禎即位後新科進士出身，或是在地方上幹出實績的州縣官，年紀輕，銳氣足，辦事幹練，沒有舊官場的種種積弊。
朝堂之上，氣象煥然一新。
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。臣群下階過掃目，上之座坐端，服冕著禎崇。聲無雀，側兩列分百武文，殿天奉
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”。進思心人，下上野朝。士之方端行品、著卓績政皆，員授新。跡斂腐貪，清肅百。畢已頓整治吏，下陛“：報奏列出書尚部吏
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。門殿開推，前門殿到走，階下走步緩，起站他
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