除此之外，陳瑜還以「提升控效率與駕駛員安全保障」為由，對三號機的部分內部系統進行了「最佳化」。
這其中，自然包括他對那套傀儡系統深入研究與隱蔽修改。
在官方記錄中，這是對系統穩定性的增強和冗餘備份的完善。
而實際上，陳瑜依據其徹底解析的底層邏輯，植入了一系列極其隱蔽的控制協議與優先順序覆蓋指令。
他確保了自己在必要時，擁有對該系統的最終否決權與控制權，使其從可能威脅駕駛員的枷鎖，轉變為一件潛在的工具。
或者說，在陳瑜真的需要的時候，三號機依舊是一具傀儡，只不過是他手中的提線傀儡。
能源系統方面，他也提出了一些「理論驗證性」的調整，旨在提升三號機在脫離外部供電後的內部能源利用效率，雖然幅度有限，但確是在為未來可能需要的完全獨立運作進行技術鋪墊。
隨著一項項改造措施的落實，白色的三號機靜靜地矗立在專屬格納庫內，其內在已與修復之初大不相同。
它不再僅僅是一臺NERV制式的EVA，而是逐漸演變為陳瑜技術理念的試驗平臺和專屬武裝。
在NERV的記錄中，這是三號機的一次深度現代化改裝。
而在陳瑜的規劃裡，這是他在這個世界，真正意義上掌握的第一臺。能夠在一定程度上響應其意志的終極兵器實體。
當陳瑜將重新設計的三號機塗裝效果圖展示給明日香時，她起初是有些怔住的。
效果圖上，那臺原本色調深沉的機體被大面積的白色所覆蓋，輔以凌厲而充滿力量的紅色條紋，整體氣質與她熟悉的二號機截然不同，更帶著一種冷冽而精準的科技感。
她沉默地看了幾秒鐘，預想中的排斥或挑剔並沒有出現。
相反，一種複雜的情緒在她心中悄然滋生。 這臺白色的機體，不再是她被迫接受的。
帶有失敗陰影的替代品。
這獨一無二的外觀，彷彿在明確地宣告它與過去的徹底割裂，也象徵著一段全新的開始。
更重要的是，這是陳瑜博士為她——或者說，為她和他的合作—專門設計的塗裝。
這種「專屬」的感覺，微妙地觸動了她內心渴望被重視。被認可的部分。
「————還不錯。」她終於開口，語氣試圖保持平淡，但尾音裡一絲幾不可察的鬆動洩露了她的真實感受。
她忍不住又看了一眼效果圖上那醒目的紅白配色，越看越覺得，這臺機體似乎————與她產生了一種奇特的聯絡。
它不再是冰冷的「三號機」，而是即將由她和陳瑜博士共同塑造的。只屬於他們的新機體。
一種微妙的歸屬感，如同細小的藤蔓，開始在她心中纏繞。
她抬起頭，看向陳瑜，紅色的眼眸中閃爍著比以往更復雜的光彩，混雜著感激。信賴和一種逐漸加深的崇拜。
「博士，謝謝你————為我爭取到這些，還有這個設計。」她的聲音比平時輕柔了許多，少了些尖銳，多了幾分真誠，「我知道，如果不是你，我可能連駕駛EVA的機會都會變得渺茫————更別說擁有這樣一臺特別的機體了。」
在她看來，陳瑜博士不僅在她最失落的時候給了她方向和希望，此刻更是用行動為她打造了一個獨一無二的平臺。
他的技術實力。他的堅持，以及他對她的這份維護，都讓她覺得，能夠跟隨他的步伐，參與這項充滿挑戰的改造計劃，本身就是一種幸運和榮耀。
這份基於理性判斷與情感依賴交織而成的崇拜，在她心中悄然紮根，並隨著陳瑜一次次展現出的能力與擔當而不斷生長。
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