秦九讓暗部把他們各自經手的賬冊單獨歸檔，逐筆核對，發現除了北境軍屯善後款之外，他們還在近三年的秋稅賬目中動了手腳，虛報損耗、多列支出。
累計套取國庫銀兩超過三十二萬兩。
十餘人全部革職，押入刑部大牢。
戶部尚書林敬業在朝堂上當眾摘下官帽，跪在殿中央請罪，他沒貪腐，但是失察。
秦九在皇帝面前替林敬業說話，直言林敬業管戶部三十餘年，兩袖清風，失察之責雖不能免，但不宜與貪腐同罪。
最終林敬業被罰俸半年，保留尚書銜，繼續主持戶部日常事務。
林敬業從地上站起來時拍了拍膝頭的灰，對秦九說了句“老夫欠你一個人情”。
秦九隻回了一句“林大人不必謝臣，臣只是實事求是”。
禮部。錢侍郎貪汙祭祀款項，虛報祭品採購價，在長達五年間累計套取禮部專項銀兩近二十八萬兩。
他家裡搜出來的現銀堆了半間庫房，其中有一部分竟是他私吞南境商路破局專款中的禮部排程銀。
秦九將這部分證據交給都察院時，對張老大人說了一句話：
“南境商路的每一兩銀子都是用來穩住江南商戶的，他吞的不是朝廷的銀子，是江南百姓的飯碗。”
錢侍郎革職抄家，流放三千里，永不起覆。
禮部尚書周文淵自請罰俸一年，皇帝準了。
周文淵在退朝後攔住秦九，沉默片刻只說了句“多謝你保住了禮部其他無辜的人”，秦九朝他行了一禮沒有說話。
之後，吏部孫郎中等全都一網打盡，革職抄家，秋後問斬。
秦九沒有直接派人去壽康宮抓人，他所有證據一併呈給了皇帝，皇帝在御書房裡看了這些證物一整夜，第二天一早下了一道旨意：
壽康宮所有近侍全部換人，某些人以“私通外臣、買兇刺殺朝廷命官”的罪名押入大理寺，太后遷居西苑靜養，無旨不得出。
這道旨意等於把太后最後一批人手全部清理乾淨了。
皇后在鳳儀宮裡聽完這道旨意，端茶的手抖了一下，什麼也沒說。
她知道秦九這一刀遲早會砍到自己頭上，只是時間問題。
太僕寺卿崔明遠的案子最為覆雜。
崔氏一族是太后的外戚，雖然在太后倒臺之後勢力大減，但盤根錯節的關係網仍然遍佈朝堂。
秦九讓都察院把崔氏一族近十年所有在朝中任職的人員列了一份清單，一共二十三人，從從二品的太僕寺卿到從七品的太僕寺主簿，遍佈太僕寺、光祿寺、鴻臚寺等多個衙門。
逐一核查之後，其中九人直接參與了貪墨網路，被革職拿問；另有七人知情不報，被降職外調；剩下的七人經查與貪墨案無關，予以保留原職。
秦九在呈給皇帝的結案奏摺裡特意加了一條：崔氏一族中未參與貪墨者，不株連，不牽連，仍按原職任用，以彰陛下仁德。
皇帝在御書房裡看到這條時，放下摺子看了秦九一眼：“崔明遠買兇刺殺你，你反而替崔家其他無辜的人求情？”
秦九的回答很簡單：“崔明遠是崔明遠，崔家其他人是崔家其他人。臣不能因為崔明遠犯了罪，就把崔家滿門抄斬……那是暴政，不是法治。”
”。家崔是不，腐貪是的查清臣，腐貪查清臣讓下陛“
。奏准：字個兩了批上子摺在後最，息幾了默沉帝皇
