除此之外，巴拿馬城常年駐紮著一支規模較大的殖民地部隊，人數在200-500人（寶船抵達時，軍隊數量會相應增加，除了防衛城市安全外，還用於押送金銀透過巴拿馬地峽）。
這些士兵雖然不如西班牙本土軍團戰鬥力高，但相較於來襲的海盜和周邊的印第安部落，那也是裝備精良。訓練有素的部隊，堪為巴拿馬城防禦的力量中堅。
若是在戰事緊急，巴拿馬城還可徵召當地居民組成民兵隊伍，協助戍守軍隊進行防禦作戰。
另外，在巴拿馬城周邊的高地上，西班牙人還修建了多座瞭望塔，駐守在上面的哨兵24小時輪班值守，一旦發現敵情，便會以敲鐘或者點燃烽火的方式，向城內發出警報。
巴拿馬城與周邊殖民地之間建立了信使系統，能夠在敵襲發生時迅速傳遞訊息，獲得相應的支援。
只要守軍能堅持四五天時間，就能得到附近殖民領地的救援。
而在城內，教堂。市政廳和皇家金庫等建築也被設計為堡壘模式，並儲備了一些武器和糧食，能夠在最為緊急的情況下作為最後的防線。
當然，巴拿馬城的防禦體系也並非沒有弱點，若是深諳其內情，還是可以從中尋覓到其防禦疏漏點。
巴拿馬城位於熱帶雨林地區，周圍環境複雜，很容易成為敵對勢力的藏身之地，讓敵人悄悄地從陸地方向潛近於城市不遠的位置。
而且，城市靠近海岸，只要對方能順利解除岸防炮臺的武裝，便可使艦船抵近港口，向城市發起攻擊。
由於，巴拿馬城的防禦範圍較大，駐軍和民兵的兵力相對分散，難以集中應對大規模兵力的攻擊。
尤其是在遭到海陸兩個方向的攻擊時，很容易讓守軍顧此失彼，從而讓襲來之敵突破防禦體系。
11月17日，凌晨三時，巴拿馬港口方向突然響起了隆隆的炮聲，打破了夜的寧靜。
沉睡中的居民們被驚醒，紛紛從床上跳起，慌亂地尋找武器和避難所。
未久，巴拿馬城治安官便釋出了緊急動員命令，要求城中的青壯男子持著武器前往城牆上集結，並在軍官們的組織下展開防禦，以應對敵人的進攻。
海盜殺來了！
海盜們的攻擊來得突然而猛烈，炮聲不斷，密集地轟擊著港口，在漆黑一片的夜色中，不時閃現出劇烈的火光。
雖然，港口炮臺也進行了猛烈地反擊，並調動了一百多名士兵前往支援，但全城軍民們卻依舊顯得憂心忡忡。
他們很清楚，在這漆黑一片的夜色裡，敵我雙方這般對轟，一般是很難擊中對方的，似乎有浪費彈藥的嫌疑。
但海盜卻可以透過這種進攻方式，將守軍的注意力全部吸引過去，從而掩護海盜們趁機在某處海岸發起登陸行動。
要是讓登陸的海盜藉助夜色遮護，悄悄接近港口附近的聖何塞堡和岸防炮臺，然後發起突襲，則會讓守軍陷入腹背受敵的險境。
必須阻止海盜的登陸行動，將他們統統趕下海去。
巴拿馬駐軍指揮官華雷斯少校分別從北邊的聖費利佩堡和城中各抽調了一百多名士兵支援港口方向，準備利用己方的防禦優勢，第一時間就粉碎海盜們的登陸行動。
海岸邊陸續升起許多篝火，照亮了半個夜空，一隊隊士兵守候在聖何塞堡和岸防炮臺之中，密切注視著岸邊的動向，但凡有任何風吹草動，便會迅猛地撲過去，將那些試圖登陸的海盜擊殺在海灘上。
透過炮聲判斷，來襲的海盜船在三到四艘左右，很可能是從大西洋一側流竄過來的英荷海盜。
哦，當然，也有可能是來自那群北方的海盜。
聽說，他們陸續襲擊了班德拉斯谷和阿卡普爾科，讓整個墨西哥沿海地區風聲鶴唳，人心惶惶。
如今，他們又試圖攻擊巴拿馬，企圖染指城中剛剛運來未久的黃金和白銀。
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