他翻開筆記本,翻到列著備選題目的那一頁,拿起筆,開始思考一個問題:什麼題目,最適合現在的他做?
不是最前沿的,不是最高深的,而是最契合他的資源優勢和時間限制的。
沒有任何實驗條件,只有一臺電腦和一顆腦子。
林曉閉上眼睛,讓思維在分子動力學的世界裡自由馳騁。
那些文獻裡的片段、課本上的公式、筆記裡的關鍵詞,像拼圖一樣在他的腦海裡自動拼接、重組、篩選。
大約過了十分鐘,他睜開眼睛。
筆尖落在紙面上,唰唰唰地寫下了一行字:
基於分子動力學模擬的離子通道門控機制研究
就是這個。
林曉看了一眼系統面板上的倒計時,還有半個小時。
足夠他把這個課題的框架搭出來了。
他深吸一口氣,翻開新的一頁,筆尖落下去,沒有再抬起來。
離子通道是細胞膜上的蛋白質孔道,控制著鉀、鈉、鈣等離子的跨膜運輸,是神經訊號傳導、心臟搏動、肌肉收縮等生命活動的基礎。
所謂的門控機制,就是研究這些通道在什麼條件下開啟或關閉。
接下來,他的思路進一步展開。
他可以利用分子動力學模擬技術,在原子尺度上模擬離子通道蛋白在電場刺激下的構象變化過程,從而揭示其門控開關的分子機制。
傳統的實驗方法需要表達純化蛋白、製備脂雙層、做膜片鉗電生理記錄,每一步都需要昂貴的裝置和大量的時間。
而這種方法只需要高效能計算資源和一個足夠精確的力場模型,就能在計算機上看到每一個原子的運動軌跡。
雖然不是百分之百精準,但作為對實驗研究的補充和指導,己經具有重要的理論價值。
而且最關鍵的是,這個課題不需要做溼實驗!
不需要養細胞,不需要做蛋白純化,不需要搭電生理裝置,不需要買昂貴的脂質和試劑盒。
只需要一臺能提交計算任務的伺服器、一個分子動力學軟體包、一個蛋白質結構檔案,再加上足夠的統計力學和程式設計基礎,就能搞定了。
西十五分鐘,說長不長,說短不短。
平日裡刷幾段影片、發一會兒呆,也就是一眨眼的功夫。
但在這西十五分鐘裡,林曉的大腦像是被裝上了一臺渦輪增壓器,轉速飆升到了一個他自己都覺得陌生的水平。
力場引數的選擇依據,他之前只是囫圇吞棗地記住了幾個常用力場的名字。
CHARMM、AMBER、OPLS......
至於它們之間的區別、各自的適用範圍、背後的引數化哲學,他根本沒來得及深究。
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