從此刻起，薩菲羅斯開始受到傑諾瓦邪惡力量的蠱惑與牽引，一步步走向黑暗的深淵。
懷著對人類極度的憎恨和內心的扭曲，從此走上了滅世之道。
瘋狂的薩菲羅斯先是一刀穿心了神羅總裁，並企圖招來隕石，毀滅地表的一切。
瘋狂的薩菲羅斯猶如來自地獄的惡魔一般，手持300c的宗正刀，無情地刺穿了神羅總裁的心臟。
緊接著，喪心病狂的薩菲羅斯妄圖召喚巨大的隕石從天而降，將整個地表的一切都化為廢墟和灰燼。
就在這千鈞一髮之際，世界的主角克勞德挺身而出，聯合古代種唯一後裔愛麗絲聯手擊敗殺死，
然而，這場滅世浩劫雖然暫時得以阻止，但並不意味著薩菲羅斯就此完全失敗。
因為傑諾瓦並未被徹底消滅乾淨。
傑諾瓦具有一種令人毛骨悚然的特性：即便它被打得粉身碎骨，其身體的每一個微小部分最終仍能夠重新聚集在一起，再次復活。
所以，儘管薩菲羅斯本人的肉體已經在戰鬥中灰飛煙滅，但他的精神和記憶卻並非如此容易就被抹殺殆盡。
更糟糕的是，薩菲羅斯那邪惡至極的意志伴隨著他的死亡，悄然流竄進了生命之流當中，不斷汙染著生命之流。
造成的後果就是，神羅公司無法在提取魔晄發電，而人類也開始大面積的感染傑諾瓦造成的星痕病毒。
生命之流開始反向抽取感染者的生命力，使其枯萎致死。
愛麗絲作為古代種所擁有的特殊能力之一，便是能夠與生命之流相互交流，甚至融合成為其中的一份子存在。
面對薩菲羅斯對生命之流造成的嚴重汙染，愛麗絲深知，如果不採取果斷行動，後果將會不堪設想。
於是，愛麗絲毅然決然地投身融入到生命之流之中，用自己純淨的心靈去淨化那些被薩菲羅斯玷汙的部分。
從此，愛麗絲將永遠守護著這片土地，以無盡的愛與勇氣抵禦著薩菲羅斯黑暗意志的侵蝕。
與此同時，在這風起雲湧的局勢下，肖則表現得頗為淡定從容，這段時間他也一直在旁冷眼旁觀這場激烈爭鬥，
只因他的好兄弟路法斯。神羅早已對自己的父親心懷不滿，巴不得他早日命喪黃泉，以便自己順理成章地登上神羅公司總裁的寶座。
儘管由於薩菲羅斯的汙染，致使神羅公司無法再像以往那樣透過抽取生命之流來轉化為魔晄發電，但肖在此刻展現出了他未雨綢繆的一面。
他早就研發出了次時代的發電機技術，無論是利用大自然的水力。風力和太陽能，還是藉助人類自身的力量——人力手搖發電，都有著詳盡的解決方案。
儘管使用其他方法所產生的效果不如直接燃燒靈魂那般迅猛和強大，但起碼能夠讓當前的狀況得以維持下去。
總體而言，神羅公司不僅並未因無法成功提取魔晄而走向破產倒閉之路，相反地，它竟然呈現出一派愈發繁榮昌盛的景象。
然而，時光匆匆流逝，僅僅過去了短短兩年時間，令人意想不到的事情發生了。
