戚繼光認為荷蘭人糾集聯軍至少需要數月時間，在這段時間裡明軍應當充分利用主場優勢，在臺灣周邊建立多層次的防禦體系，外海的巡邏快船、島嶼上的偵察堡壘、鯤鯓外圍的暗礁炮臺群，層層阻擊消耗荷蘭艦隊的兵力。
鄭一官則認為進攻就是最好的防守，應當在荷蘭聯軍集結之前主動出擊，先打掉他們在婆羅洲北端的那幾處外圍據點，迫使科恩把兵力分散去防守自己的補給線，從而延緩聯軍集結的速度。
朱笑笑最終拍板決定，以戚繼光的方案為主，鄭一官的方案為輔。
水師主力繼續在臺灣外海巡邏鞏固防線，同時派出小股快船隊騷擾荷蘭人在婆羅洲北端的據點，不求攻克，只讓他們不得安生。
戚繼光與鄭一官各領了令，分頭去安排。
京城那邊，張居正每隔兩三日便透過影片與朱笑笑商議軍務與後勤。
戶部尚書王永光已將臺灣之役的軍費開支逐條列明呈報坤寧宮，張居正先命審計司把這些賬冊從頭到尾過一遍，又讓機要房的幾個女官逐項複核，確認沒有虛報冒領之後才批了紅。
朝中對於與荷蘭開戰之事也漸漸分成了兩派。
兵部尚書張鶴鳴與兵部右侍郎馬嘉植是主戰派的中堅，他們認為荷蘭東印度公司既已派艦隊主動挑釁，朝廷若不以強硬手段回擊，南海諸國便會以為大明軟弱可欺，這是天朝上國的面子問題。
工部尚書姚思仁與戶部尚書王永光都拍著胸脯保證火藥與糧草的供應絕不會出問題。
反對的聲音主要來自一部分保守派言官。
錢允元上過兩回摺子，聲稱荷蘭遠在萬里之外，與大明並無根本利益衝突，臺灣不過是海外一個荒島，不值得為此大動干戈。
與其在海上與荷蘭人消耗國力，不如集中精力鞏固陸地上的邊防，他還在摺子裡引了前朝鄭和下西洋的舊事，永樂年間下西洋耗費了國庫大半積蓄，最終也不過是多收了些奇珍異獸與香料朝貢，於國計民生並無實質益處。
張居正沒有直接駁他，只是讓人把海商總會呈上來的那份南海貿易資料摘錄分發給了內閣諸臣與六部堂官。
天啟五年，大明與南洋各國的貿易總額已突破五百萬兩，關稅入庫近二百萬兩，是海禁時期的數倍有餘。
臺灣一旦落入荷蘭人之手，這條貿易線便會被攔腰切斷，朝廷每年的關稅損失至少在五十萬兩以上。
這份資料摘錄像一盆冷水澆在了主和派的頭上，錢允元雖然仍不服氣，卻也不好和銀子過不去。
內閣始終保持沉默，既不支援也不反對，連劉一燝都消停了，這兩口子像是能聽意見的樣子嗎？
何況他心裡也不滿，荷蘭蕞爾小邦，遠道而來不說夾著尾巴做人，竟敢公然挑釁，主動向大明宣戰？
不給他們點厲害，他們就不知道什麼叫王者之師，什麼叫雷霆之怒！
至於民間，文震孟在革新論壇上又開一個海外專欄，刊載海事都察院提供的南洋各國殖民貿易調查報告。
這些報告用大量翔實的資料與案例揭露了荷蘭東印度公司在南洋各國的所作所為，諸如驅趕土人強佔土地、壟斷香料貿易壓低收購價、私設刑堂隨意處決當地居民。
其中一篇報道詳細描述了荷蘭人在班達群島為了壟斷肉豆蔻貿易，將島上不願合作的島民全部屠殺，連婦女與兒童都不放過，存活者不足原來的十分之一。
這些報道在京城的茶館與酒肆裡引發了廣泛議論，老百姓雖不知外邦人如何生活，左不過都是安居樂業的平民，荷蘭人就好比強盜闖進了別人家搶了東西不算，還要把人都殺光。
有些個義憤填膺的年輕秀才當場站在路邊的石臺上，揮舞著手中的報紙對周圍的百姓慷慨陳詞。
“朝廷出兵臺灣不但是收復故土，更是替天行道！這仗要打！一定要替當地老百姓把這些茹毛飲血的紅毛禽獸趕出南洋！
李贄更是連寫了三篇文章，以極犀利的筆鋒痛斥荷蘭東印度公司的殖民暴行，又引經據典地論證了海權對於國家興衰的重要性。
文章還特意提到了皇帝在臺灣推行的番社安撫與移民屯田政策，將其與荷蘭人在爪哇等地的殖民統治做了鮮明對比。
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