上任沒多久就被擠走了，六十三歲。升徐州通判。離任之時，上海百姓痛哭流涕，攀轅臥轍，競相追送。就是躺在車輪子底下，不想讓他走；
當淩濛初渡過黃河，抵達徐州的時候，看到黃河枯竭，竟能通車馬，他嘆息久之，認為天下恐怕不能無事了。
在徐州通判任上，淩濛初分署房村，治理黃河。房村對岸是呂梁洪，黃河的要害處，每當桃花水發時，吏民無不驚恐。淩濛初與防河主事方允立晝夜商議防築之法，最終取得良好成效，受到時任右僉都御史、總督漕運、巡撫淮揚的路振飛多次嘉獎。
當初的何騰蛟請教他剿匪之策，他前後寫了十條，何騰蛟用了一半就成功了，之後就竭力舉薦他給自己當副手；
然而，當地上司不放人，說是治理河道離不開他；這說明他是真有本事。
就這樣他和房村綁在了一起，六十五歲時，李自成打下徐州，派一支偏師過來佔領房村。
當房村被流賊圍住時，手下都跑光了，援兵也一個沒來，他沒有讓百姓上寨牆，他一個人端著一杆鳥銃出來迎敵………
他想過無數壯烈犧牲的場面，沒想到這麼無聊，流賊都沒正眼看他，反而饒有興趣的勸他投降。一個老頭一杆鳥銃，有什麼威脅？
氣的他當場吐血三升，然後說了句：“我氣數已盡，勿傷我房村百姓！”
之後當場離世，終年65歲。而流賊也真的聽了他的，房村百姓只殺一人，杖責二人，餘者不犯秋毫……………
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三人見張健從馬車下來，上前道：“下官甘肅副總兵何騰蛟，見過溫大人！”
“下官淩濛初見過溫閣老！”
“末將………”
溫體仁點點頭道：“嗯，好了，帶我們去官倉！”
“是，閣老請！”
馬車緩緩進城，兩個武將開路，小老頭騎著馬跟馬車旁邊，張健饒有興趣的看著他，忍不住問道：“凌大人，你的二拍寫完了嗎？”
他先是一驚，然後先瞄了眼那身青布棉袍的錦衣衛服色，又瞥見在溫體仁馬車上坐著也不是趕車的，心裡當即明鏡似的，整衣作揖道；“初成未知上差尊諱，下官……”
“我叫張健，行伍出身，不是官。凌大人不必拘禮。溫閣老提過你，說陝西的賬本，別人寫三頁就糊塗，你寫三頁帶批註。”
淩濛初耳根一熱，偷偷看了馬車一眼，疑惑道：“我的二拍還沒寫完，不知閣下如何得知？”
趕車的劉宗敏瞥了他一眼，插話道：“他連你什麼時候死都知道！”
淩濛初知道劉宗敏是個什麼貨色，壓根就沒搭理他。
“咳咳，閉嘴！”
不等張健呵斥，馬車裡的溫體仁就鑽出來呵斥一聲，隨後打圓場道；“凌同知前月在蘭州衛核出採買石料虛報兩千兩，把承差砍了腦袋追回國帑，陛下都知道了。怎麼樣，老夫這位老鄉不錯吧？”
張健點著頭：“不錯不錯，值得表揚！”
溫體仁對張健如此客氣，淩濛初也知道他不簡單了，連忙謙虛道：“下官不敢，分內事罷了。”
劉宗敏咧嘴腆著臉道：“凌大人，俺老劉不打官腔，俺說的是實話，待會你就知道。待會借你蘭州城的一處打鐵爐一用成不？”
“……成，本官這就讓人去準備。”
………
