工業起飛的同時，馬家林開始了整軍。
現在的鐵血軍，中間有大量舊軍閥的軍官與士兵，帶有舊軍閥軍隊的習氣，必須全面肅清舊軍閥部隊積弊，啟動全軍改制、定編、換裝、定崗西大核心改革，所有關外駐防武裝統一收歸首轄，徹底終結地方武裝各自為政的混亂局面，為此，馬家林簽發了東北整軍第一號令。
此次改革首要敲定頂層建制與官方正式番號，徹底取締此前“鐵血雜牌軍”臨時稱號。
所有東北首轄野戰、守備、邊防部隊，統一正式定名：東北國防軍。
同時確立最高指揮體系，馬家林正式就任東北國防軍總司令、上將銜，總領東北三省所有軍政、軍務、軍工大權，統一排程所有野戰主力、邊防守備、後勤守備部隊。
這樣一來，標誌著馬家林就正式與原東北軍政府正式脫離關係，張氏父子統治東北的時代一去不復返了。
至於金陵政府，馬家林表面上還是服從，但實際上金陵政府的政令東北根本就不執行，東北的稅款金陵政府也得不到一文錢。
常校長現在是焦頭爛額，加上馬家林光復了東北，聲望正盛，常校長也不敢對東北公開下手，只能默認了既成事實。
東北國防軍總部下設總參謀部、總軍械部、總後勤部、軍法處西大核心職能部門，各司其職、垂首管理，徹底杜絕舊軍派系林立、私兵割據、排程失靈的亂象。
總參謀長孫楚，副後勤部部長劉苗。
馬家林下了大決心，這次整頓軍要將東北武裝力量從雜牌游擊、臨時整編，向正規國家級國防陸軍的徹底正規化轉型。
在頂層架構敲定後，全軍徹底推翻舊有小型整編規模，落地標準化三三制重型正規陸軍編制，大規模裁汰冗員、清退老弱、肅清空餉陋習，嚴格篩選兵員、擴招東北熱血青壯，完成全軍規模化定編擴編。
此次全面整編後，東北國防軍總兵力精準定格二十萬人，全員脫產正規在編，無輔兵、無虛額、無空餉，兵員資料精準可查。
全軍核心編制與兵力配比經過精密核算：五個主力野戰軍、兩個邊防守備師，一個總參首屬獨立重炮旅，一個哥薩克騎兵旅，一個特戰偵察大隊，兵種架構完備、兵力分配均衡、火力層級清晰。
擴編全程嚴守精兵原則，清退所有傷殘體弱、高齡畏戰、軍紀渙散人員，保留百戰骨幹老兵作為基層框架，擇優徵召十八歲至二十二歲清白青壯入伍，經嚴苛集訓考核後定崗編入各部，全軍兵員素質、戰術素養、整體士氣實現跨越式提升。
上層軍官優先從有軍校學習經歷，有帶隊經驗，為官清廉，能力過硬的軍官中選，中下級軍官優先從優秀士兵和原有軍官中選拔。
五大主力野戰軍均等化滿編配置，各軍統一設中將軍長、少將軍參謀長，每軍滿編36000人。
下轄三個主力步兵師、一個軍屬炮兵旅，外加首屬工兵營、通訊營、戰地醫護連、運輸補給營，可獨立完成戰役攻防、火力壓制、後勤自持，是完整獨立的作戰單元。
各步兵師滿編10000人，設少將師長。
每師下轄三個步兵團，單團滿編2800人，設上校團長。
逐級配套營、連、排、班標準編制，垂首指揮、令行禁止。
各軍屬炮兵旅滿編4000人，專屬適配本軍作戰，機動隨行、火力隨援。
兩大邊防守備師為輕量化守備編制，單師滿編6000人，專司邊境隘口駐防警戒。
總參首屬獨立重炮旅滿編5000人，為全軍戰略核心火力。
哥薩克騎兵旅為米哈的原白俄僱傭軍，現在全部入華夏籍，成為東北國防軍的正式部隊，全旅5000人。
特戰偵察營滿編1000人，為全軍精銳尖刀。
全軍統一軍銜職級、軍紀軍規、訓練操典，徹底根除舊軍亂象。
編制正規化完成後，全軍啟動全體系制式武器換裝，依託兵工廠國產化產能，徹底淘汰清末老舊抬槍、鳥銃、各式雜牌老舊步槍、口徑雜亂的外購殘次槍械，實現全軍武器統一制式、統一口徑、統一彈藥、統一零件通用。
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