被崇禎下令抄沒的山西晉商，以範、王、梁、常、侯、曹、喬、渠八大家族為首，皆是明末以來壟斷北方貿易、勾結後金、盤剝百姓的鉅富。范家世代經營張家口貿易，家主範永鬥常年親赴瀋陽，向後金輸送精鐵、火藥、糧食甚至情報，每年獲利數百萬兩；王家掌控山西半數鹽引，勾結戶部官員偷稅漏稅，坐擁良田兩萬餘頃，佃戶十萬餘人；梁家壟斷邊境茶馬互市，一邊賺取大明與蒙古的差價，一邊將明軍佈防圖賣給後金；其餘五家也各有分工，或經營票號洗錢，或走私兵器盔甲，或收買朝廷官員。這八大家族相互聯姻、盤根錯節，上至內閣大學士，下至邊境守備，皆有他們的眼線和爪牙。
八大家族的下場極為慘烈。崇禎下旨，將範永鬥、王登庫、靳良玉、梁嘉賓等八家主犯，全部押解回京凌遲處死，家族中十五歲以上男丁一律斬首，十五歲以下男丁流放雲南，女眷全部沒入教坊司。所有參與走私通敵的掌櫃、夥計共計七百餘人，全部斬首示眾。張家口的晉商商鋪被盡數查封，地窖裡的金銀、倉庫裡的糧食、鐵爐裡的兵器，全部充公。
晉商八大家族被抄沒後，崇禎連續下達數道旨意，由司禮監秉筆太監李永貞、戶部尚書畢自嚴、山西巡撫耿如杞三人牽頭，處置抄沒財產、整頓地方。旨意明確，畢自嚴負責清點所有金銀、糧食、商鋪田產，造冊後統一歸入國庫；李永貞負責監督抄家過程，嚴查私吞財物的官員；耿如杞負責維持地方秩序，抓捕漏網的晉商餘黨。所有查抄的十萬頃良田，大半劃歸地方官府，用於安置流民、開墾耕種，一小半分配給邊境退役士兵，每人授田五十畝，免三年賦稅。
針對晉商勾結後金、私售軍需的弊端，朝廷下旨嚴禁民間私售精鐵、火藥、硫磺等物資，在山西、直隸、陝西邊境設立十二處鐵貿管控站，所有鐵爐、鐵匠鋪均需登記造冊，由工部專人監管。凡私自鑄造兵器、售賣精鐵給異族者，一律凌遲處死，鄰里知情不報者，連坐流放。
伴隨抄家與查案同步推進的，是大明官場一輪大規模的官職任免。李永貞因主持抄家有功，被擢升為司禮監掌印太監，兼管東廠事務，成為崇禎身邊最受信任的內侍。畢自嚴因清點財物有功，加太子太保銜，仍任戶部尚書。所有在抄家過程中出力甚多、未私吞分毫的官員，皆得到破格提拔：太原府同知因主動揭發範永鬥藏匿的三處地窖，連升三級，升任山西布政使；錦衣衛千戶王體乾因斬殺反抗的張家口守備李茂盛，被提拔為錦衣衛指揮僉事；耿如杞麾下的三名參將，因監管抄沒財物有功，均被擢升為副總兵。
原山西總兵官李國樑，因收受晉商鉅額賄賂，放任鐵器、糧食、火藥走私出關長達十年，被崇禎下旨革職查辦，押解回京凌遲處死。崇禎力排眾議，將駐守遼東寧遠的滿桂調往山西，接任山西總兵一職，統領太原、平陽兩鎮兵馬，負責拱衛山西全境，直接受兵部尚書孫承宗節制。滿桂到任後，第一時間接管了晉商遺留的所有鐵爐與兵器庫，嚴查邊境走私，山西防線的防禦能力得到顯著增強。
朝中與晉商有牽連的官員，也盡數遭到清算：戶部右侍郎因收受王家賄賂，包庇其偷稅漏稅，被革職處死；內閣大學士來宗道，因曾為晉商說情，被勒令致仕；原宣大總督張宗衡，收受賄賂後默許晉商走私，被革職流放；山西按察使劉詔，與八大家族勾結多年，貪贓枉法，被押解回京斬首。其餘涉案的大小官員共計一百二十七人，或降級、或革職、或抄家流放，無一倖免。
在財政與邊防方面，抄沒晉商帶來的積極變化迅速顯現。此前空虛的國庫與內庫，因一千二百萬兩現銀的注入，終於擺脫了捉襟見肘的困境。按照崇禎旨意，截留山西的四百萬兩現銀，如期調撥至大同、宣府、延綏三鎮，補足了歷年欠餉，邊軍將士計程車氣大幅提升，不少原本渙散的隊伍，重新恢復了操練秩序。
送往陝西的一百萬兩銀錢，由洪承疇統籌分配，一半用於剿匪軍餉，讓圍剿流民的明軍有了充足的糧草與裝備，剿匪進展明顯加快；一半用於賑災，在陝西各州府開設粥棚、搭建暖棚，發放棉衣被褥，有效遏制了流民增多的勢頭，不少流離失所的百姓得以返鄉，地方秩序逐漸穩定。
徐光啟擬定的西式新軍籌備工作，也因充足的銀錢支援，順利推進。朝廷下旨，由內庫優先撥付五十萬兩，用於採購西洋火繩槍、鑄造野戰炮，挑選青壯士兵的工作在京營與九邊同步展開，公沙的西勞等葡萄牙銃師，已開始著手挑選第一批士官，訓練計劃逐步落地。
山西本地的善後工作也有序推進，留作地方善後的一百萬兩現銀，一部分用於修繕因戰亂與雪災損壞的城池、道路，一部分用於安撫晉商舊部與受災百姓，恢復地方貿易與農業生產。原本被晉商壟斷的票號、商鋪，由朝廷接管後，重新規範經營，緩解了民間貿易的流通困境。
晉商的跌倒，徹底斬斷了後金獲取精鐵、火藥的重要渠道，也讓大明擺脫了被鉅商掣肘的局面。一輪吏治整頓過後，朝堂風氣為之一清，原本推諉扯皮、貪腐成風的官場，多了幾分實幹的氣息。崇禎手中有了充足的銀錢，又有了孫承宗、滿桂、洪承疇、徐光啟等一批忠心能幹的官員輔佐，得以全力推進強軍、賑災、整頓吏治等各項事務，原本衰敗的大明，漸漸有了一絲復甦的跡象。
