儘管本證寺空誓、勝曼寺了意等人憑著麾下僧兵的驍勇善戰，以及自己的一腔銳氣，與上杉軍展開激戰。但依舊無法扭轉急轉直下的戰況。
上杉軍雖說兵力上不及一向一揆眾的三分之一，但攜帶了大量的旗幟，隊伍也分散得比較開。因此，一向一揆眾上下望去滿山遍野都是上杉軍的旗幟，讓人感覺有大量上杉軍等待加入混戰。
即便本證寺空誓、勝曼寺了意等人有意重整態勢，向上杉軍發起反擊，但倉促組織起來的一向一揆眾畢竟是烏合之眾，根本做不到令行禁止。
就在本證寺空誓、勝曼寺了意等人還在不斷下令收攏軍勢之際，一向一揆眾的大軍已亂成一團，任你嗓門再大、地位再高，一個人或少數人也控制不住六萬一千餘人。
還不到一個時辰的功夫，一向一揆眾的混亂在上杉軍各部的猛攻之下開始全面崩潰，就連一向一揆眾的總大將本證寺空誓也被流矢命中。
勝曼寺了意以及麾下的僧兵被一向一揆眾的敗軍衝散，在失去了僧兵的護衛，以及所乘架籠的轎伕盡數逃亡，使得其只能獨自一人隨著己方潰兵向西逃亡。
但是，勝曼寺了意身著的七條袈裟在亂軍之中實在是過於顯眼，很快就被上杉軍的黑川清實部發現。
黑川清實自然是不會放過這個討取一向一揆眾大將的大好時機，當即親率馬廻眾殺出一條血路，直取徒步逃亡的勝曼寺了意。
可兩條腿哪裡跑得過四條腿？
還沒等勝曼寺了意跑出多遠，就被黑川清實追上，並一刀斬去了首級，其無頭屍身更是滾至一旁的泥潭之中，原本華麗的袈裟也被汙泥所染。
其餘一向一揆眾更是星落雲散，毫無戰意。
對於越後、信濃兩國出身的武士、足輕們可沒有對參加一向一揆眾的老弱婦孺手軟。就算他們之中的一部分人曾經信奉過一向宗，但為了自己能夠出人頭地，實現階級跨越，就只能在戰場立下儘可能多的戰功。
本證寺空誓倒是靠著自身武勇，以及麾下僧兵的拼死護衛下得以突圍成功，但他返回本證寺之際，身旁只剩下不到一百人。先前所率的六萬一千餘軍勢最後得以返回本證寺之人，還不到五千之眾。
從鯨山至部田原、正法寺、真正寺等地，隨處可見一向一揆眾的屍體，一向一揆眾積屍達十餘里，可謂是溝瀆皆滿。
就連與本證寺空誓、勝曼寺了意等人一同出陣的本多俊正、久世直宣、細井勝久、安藤金助、加藤勝之助、加藤源藏、鳥居又左衛門、山田八藏、本多甚七、淺井善三郎等諸多坊官、有名武士不是被討取，就是在逃亡途中遭遇落武者狩。
原本坐鎮姬山的中條藤資見己方已擊潰一向一揆眾的大軍後，毫不猶豫的下令長尾賴春、二木重高、犬甘政德等將率本部軍勢對一向一揆眾潰兵進行追擊。
隨後，上杉軍的望月信雅部更是一路追亡逐北直至本證寺外圍的門前町附近。
可以說，此戰極大打擊了一向一揆眾的銳氣和有生力量。
先前，吉良賴康、奧平貞能、鈴木重信（酒吞重信）、寺部重教（鈴木重教）等北條家家臣、旗下國人領主們都以為北條家不是一向一揆眾的對手，甚至還在暗中透過各種渠道與一向一揆眾取得聯絡，還在北條氏康、北條氏政父子處於危難之際紛紛擁兵觀望。
等到鯨山之戰的訊息傳遍三河一國全境後，吉良賴康、奧平貞能、鈴木重信、寺部重教等人紛紛率本部軍勢前來與上杉軍或北條氏康、北條氏政父子合流。
一時間，上杉·北條聯軍勢力大增，一向一揆眾則從此戰開始遭到重創，由盛轉衰。
不僅如此，原先作為三河一向一揆眾友軍的水野信元在獲知織田信長沒能順利切斷大高城與東尾張諸郡上杉領城池兵砦的聯絡，以及一向一揆眾的六萬一千餘大軍於鯨山一帶被上杉軍一戰擊潰後，就意識到事態不妙，不能繼續與織田家、三河一向一揆眾站在一方。
在經過一番權衡後，水野信元立即暫停了對北條領的侵攻，甚至還主動放棄了先前奪取的駒場城、八橋城、來迎寺城等地，還隨即放低姿態與北條家進行聯絡，表示水野家是受了三河一向一揆眾、織田家的蠱惑才與北條家交惡，水野家願意退還所有侵佔的北條領。
對於水野家的示好，北條氏康、北條氏政父子並沒有理會。
現在想到服軟議和了？早幹什麼去了？
眼下，中條藤資所率的信濃、東遠江兩地的上杉家援軍，以及部分東三河的國人領主們已於鯨山之戰中重創了一向一揆眾的有生力量，並繼續陳兵於幡豆郡與寶飯郡的境目地帶，對三河一向一揆眾的後方造成了極大的威脅。
一旦三河一向一揆眾彈壓完成，水野家自然就是上杉家、北條家的下一個目標。
其實，北條氏康、北條氏政父子早就對水野家庇護大量安祥松平家舊臣感到不滿。加上此次水野家還在侵攻北條領的過程中，透過庇護的大久保忠員、本多廣孝、本多重次、夏目廣次等安祥松平家調略了不少北條家旗下的國人領主，以及各地奉公人。
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