眼見作為先陣的兩百餘人在眨眼之間就被上杉軍的大量鐵炮連人帶馬打成了篩子，原本於後方跟進的南部軍更是連頭都不敢抬，要麼匆忙尋找掩體，要麼是直接往高水寺城跑。
石川高信見己方軍勢被上杉軍完全壓制，且抬不起頭來而感到萬分驚愕，他從未見識過如此戰法。若不是身旁的石川南部家家老的金澤円松齋、栃尾靱負、靏（鶴）浪外記等人將其拉下馬躲到一處破屋，他早就成了上杉軍的靶子。
眼見戰局不利，作為為了打破困局，金澤円松齋、栃尾靱負、靏浪外記等人倒是主動請纓，各率五十餘人向上杉軍的陣地發起衝擊。
石川高信也不願就此狼狽的逃回高水寺城，只要有一線扭轉戰局的希望，他總想去試一試，便同意了金澤円松齋、栃尾靱負、靏浪外記等人的請求。
起初，由於夜間的可見度低，且對上杉軍陣地發起衝擊的南部軍規模較小，使得側翼的和田業繁部在猝不及防之下被南部軍的波狀攻勢撕開了一個口子。
很快，長野業正、太田資正、加地春綱、金津義舊、浦野重成等將就發現對己方陣地發起衝擊的南部軍兵力寡少，根本不足為慮。
於是，在長野業正、太田資正的命令下，上杉軍的鐵炮隊隨即集中火力，朝著善念寺不斷迫近的南部軍進行集火射擊。
剎那之間，自金澤円松齋、栃尾靱負、靏浪外記等人以下的一百餘南部軍被打成了篩子，前去與相川長安作伴去了。
在獲知金澤円松齋、栃尾靱負、靏浪外記等家中重臣們對上杉軍陣地發起衝擊失敗，且全軍覆沒的訊息後，石川高信不禁仰天長嘆。他此時已然察覺，在佔據絕對的兵力、裝備優勢的上杉軍面前，自己就算使出渾身解數，也是徒勞無功的。
既然已經無力扭轉戰局，石川高信便不打算做任何無意義的犧牲，便趁著天還沒亮，就迅速率殘部退回了高水寺城之中，一心等待南部晴政派遣援軍前來救援。
可以說，善念寺之戰僅僅只持續了不到兩個時辰，上杉軍就利用大量的鐵炮擊斃了四百餘南部軍，還討取了相川長安、金澤円松齋、栃尾靱負、靏浪外記等多名石川南部家重臣，更讓高水寺城之中的南部軍徹底喪失了取勝的信心。
再加上見前城的陷落，使得高水寺城與南部家之間的聯絡也被上杉軍完全切斷。
與此同時，不來方城城主福士政秀見上杉軍是旗影遮天，刀光蔽日，氣勢如虹，軍容之盛，勢不可擋，根本不敢南下馳援危在旦夕的石川高信。
葛卷城城主葛卷光祐（工藤光祐）在獲知巖手郡、筑波郡兩郡的形勢愈發糜爛，且難以靠人力來扭轉後，就向主君南部晴政提出諫言：“北奧諸郡本就是疲敝睏乏之地，保全自身尚且有心無力，當家為何還要去主動挑釁強敵？！即便此次擊退了上杉家的侵攻，後患也是在所難免的，更何況看不到任何取勝的希望！應儘快與上杉家達成和議。”
然而，南部晴政並沒有重視葛卷光祐的話，反而勒令其儘快發兵南下，與九戶信仲、淨法寺重政、沼宮內常利、日戶秀恆、下田秀祐、福士政秀等己方諸將一同前去解圍高水寺城。
南部晴政認為，只要自己能堅持到冬季，那麼南部家就還有扭轉局勢的可能。
可葛卷光祐見南部晴政如此執迷不悟後，自知連南部家中最能征善戰的重臣石川高信都難以抵擋上杉家的攻勢，自己這個位於九戶郡、巖手郡境目地帶的小城主哪裡有能耐去阻遏氣勢洶洶的上杉軍？不過是飛蛾撲火，螳臂當車罷了。
雖說葛卷光祐本人與上杉家以及其旗下大名、國人領主們是毫無關係，但是他的長男葛卷信祐先前在隨石川高信一路南下，攻落雫石御所之際，倒是在陰差陽錯之下，沒掠到什麼像樣的財物，反而將有些姿色的雫石詮貞之女雫石御前帶回了葛卷城。
這下，葛卷光祐算是抓住了救命稻草一般。畢竟，雫石御前按輩分來說還是斯波孫三郎的姑姑。
而後，葛卷光祐不單單像供著菩薩一般供著雫石御前，還趁機與上杉軍中的原高水寺斯波家重臣們搭上了線，並將自己的長男葛卷信祐作為人質，送往上杉軍的本陣寺林城之中，以示恭順之意。
在察覺到葛卷光祐倒向上杉家一方後，南部晴政是怒不可遏，直接將葛卷家先前遞交的人質葛卷祐國（葛卷光祐之弟）斬首示眾。
即便如此，南部晴政依舊無法阻止南部家治下領國的進一步崩壞。
而另一方面，假意向上杉軍投降的巖清水義教、梁田詮泰二人不僅積極做好各自居城的籠城準備，甚至還暗中拉攏了新堀城城主新堀作兵衛（稗貫家庶流），意圖聯手切斷上杉軍的退路和糧道。
見巖清水義教、梁田詮泰二人如此不知死活，上杉定虎也就不再手下留情，她早已給過他們機會。
隨後，上杉定虎果斷兵分兩路抵達巖清水城、煙山城兩城外，並對城中射去箭書，向巖清水義教、梁田詮泰二人下達最後通牒。
可巖清水義教、梁田詮泰二人依舊是一副死豬不怕開水燙的樣子，仍然閉門不出。
可上杉定虎不是斯波經詮、斯波詮真父子，她根本不慣著這些巖手郡、筑波郡兩郡的土著領主，隨即下令對巖清水城先行發起攻擊。
自從上杉軍裝備了大量的火器後，攻城戰術早就與常規的蟻附攻城大為不同，先是用裝備的二十挺大鐵炮，以及一門佛郎機炮對著巖清水城進行輪番轟擊，等敵方士氣、戰意跌落谷底後再投入攻城錘、仕寄車、行天橋、井樓車等攻城器械。
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