隨著上杉家將奧羽兩州靜謐後，就透過奧羽兩州國分案，開始對原先雄踞北奧、津輕、中奧等地的南部家進行肢解，還將南部氏的一門總領之位交還給了波木井南部家出身的八戶南部家，並將石川城、高水寺城、八戶根城、志津川城等奧州的重鎮要地都配置譜代家臣進行鎮守。
上杉清定的目的就是將奧羽兩州的政治勢力碎片化，從而便於上杉家羈縻控馭。
如此一來，南部家在遭到上杉家重創後，還被拆分成了五家：三戶南部家、四戶南部家、七戶南部家、八戶南部家、久慈南部家。
這五家的關係若即若離，錯綜複雜，雖然被強行拆分，但又各自存在千絲萬縷的密切聯絡，甚至被外界依然視為一個整體。而南家、北家、東家、堤家、石川家、石龜家、毛馬內家、長牛家、石鳥谷家、大光寺堤家（堤南部家庶流）、一戶家、九戶家等大部分庶子家都因失領後，被迫隨主家三戶南部家一同遷往北奧的北郡之中。
所以，清定為了減小南部一族在北奧、津輕、中奧等地的影響力，將八戶南部家轉封至甲斐巨摩郡的舊領南部莊，還將七戶南部家轉封至中奧的巖手郡。
為了避免三戶南部家迅速恢復元氣，清定還特意將天間林鐵山、大林鐵山、葛澤金山、上北銅山、村上銅山、大揚銅山等北郡境內的礦山收為上杉家直領，僅僅給三戶南部家保留了大湊、野地邊湊兩座規模不算太大的海港。
清定鑑於奧羽兩州才得以靜謐，以及交通、通訊水平較差，加上上杉家的治下領國規模還在不斷擴張，便利用自己兼任奧州管領役職的職權，將幅員較為遼闊的陸奧一國再度進行拆分，以便於上杉家的治理。
於是，清定便從陸奧境內析加美郡、玉造郡、遠田郡、志田郡、氣仙郡、本吉郡、登米郡、栗原郡、黑川郡、桃生郡、牡鹿郡、宮城郡、名取郡、柴田郡置陸前國；析閉伊郡、稗貫郡、和賀郡、膽澤郡、江刺郡、筑波郡、磐井郡、巖手郡、鹿角郡、九戶郡置陸中國；析津輕之地的西浜郡、鼻和郡、山邊郡、田舍郡、平賀郡、外浜郡置津輕國。
如此一來，陸奧國就只剩下北郡、三戶郡、二戶郡三郡之地。
當然，為了在出羽一國增強上杉家的影響力，清定還不忘派遣使者上奏朝廷，並透過近衛家從中斡旋，析出羽國北部的山本郡、秋田郡、仙北郡、河邊郡、由利郡、平鹿郡、雄勝郡置羽後國；將南出羽的置賜郡、村山郡、最上郡、遊佐郡、田川郡、櫛引郡另置羽前國。
對於先前暗中與伊達稙宗有所往來，甚至還準備向上杉家舉起反旗的二階堂照行，於奧羽兩州之地靜謐後，被清定處以改易，雖免於一死，但與其家眷一同流放至陸中野田城，交由鯰貝宗信進行看管，其家臣暫時配置給八條房繁作為與力。
而石龜信房、一方井安正因自己的兒子、家眷死於非命之後，憂思難解，怨天尤人。還沒抵達流放地，就先後鬱悒而歿。不單單是南部家重臣們因失去兒子、家人而感到萬分悲痛，陸奧、陸中、津輕等國境內，幾乎家家緊閉門扉，唸佛悲泣之聲，不絕於耳。
在分配完奧羽兩州的領地之後，清定還不忘對其餘參陣諸將進行封賞：
河越城城主上杉定虎，靜謐奧羽兩州有功，加封武藏秩父郡御嶽城、天神山城等地三萬石知行地，仍擔任鎌倉府侍所執事、上總守護代、入間郡郡司、都築郡郡司、橘樹郡郡司、石田牧奉行、秩父牧奉行、立野牧奉行、遙領佐渡守護代、左龍捷備軍奉行等職如故；
箕輪城城主長野業正，加封上野勢多郡山上城一萬石知行地，仍擔任上野守護代、群馬郡郡司、片岡郡郡司、那波郡郡司等職如故；
太田城城主佐竹義昭，協助靜謐常陸一國有功，加封常陸茨城郡加倉井城一萬石知行地，仍擔任常陸守護代、下總守護代、評定眾等職如故；
巖付城城主太田資正，加封武藏幡羅郡別府城一萬五千石知行地，仍擔任武藏守護代、琦玉郡郡司、足立郡郡司、橫見郡郡司、豐島郡郡司等職如故；
平井城城主加地春綱，轉封至常陸茨城郡水戶城，領有五萬石知行地，改任茨城郡、那珂郡兩郡郡司；
松井田城城主金津義舊，轉封至常陸新治郡府中城，領有四萬五千石知行地，改任新治郡郡司、信太郡郡代；
和田城城主和田業繁，轉封至常陸筑波郡牛久城，領有兩萬一千石知行地，並擔任筑波郡郡代之職；
大戶城城主浦野重成，轉封至常陸新治郡戶崎城，領有兩萬石知行地；
會津若松城城主八條房繁，加封巖代河沼郡金上城一萬五千石知行地，仍擔任巖代守護代、白川郡郡司，右龍捷備軍奉行、會津郡郡司等職如故；
金上城城主八條憲繁，轉封至巖代安達郡四本松城，領有三萬五千石知行地，並改任安達郡郡司；
巖尾城城主安田長秀，轉封至巖代安達郡二本松城，領有兩萬五千石知行地，並改任安達郡郡代；
原橫田中丸城城主山內舜通於淨法寺城之戰中陣亡，其女俊姬由清定收為養女，橫田山內家家名由其長男山內俊勝來繼承，並轉封至下總印幡郡將門山城（原本佐倉城），領有兩萬兩千石知行地，享有準一門格待遇，並擔任印幡郡郡代之職；
慶德城城主下條實親，轉封至巖代巖瀨郡三城目城，領有三萬石知行地；
高玉城城主桃井義孝，轉封至巖代巖瀨郡須賀川城，領有三萬五千石知行地，仍擔任高玉鐵山奉行如故；
大田原城城主上杉景信，協助靜謐巖代、陸前、陸中、陸奧、羽後等國有功，轉封至巖代伊達郡梁川城，領有五萬五千石知行地，並改任伊達郡郡司；
；故如職等行奉軍備捷虎右、行奉町町中府、代城所中府、代城城山日春、司郡郡城頸、代護守後越任擔仍，地行知石千五萬一城田赤郡羽刈後越封加，功有國等後羽、奧陸、中陸、前陸、代巖謐靜助協，信朝藤齋主城城峰直
