由於織田軍的本陣、側翼皆遭到突襲，以及織田軍總大將織田信長因右腿中箭墜馬，在赤母衣眾的拼死掩護下退往尾張中部重鎮末森城進行救治。
隨著六角軍的不戰而逃，以及織田信長的退出戰場，使得織田軍各部頓時陷入了群龍無首的狀態。
野口政利（平手政秀之弟）、平手久秀（平手政秀之子）、堀尾泰晴、山內盛豐、前野時之、平野宗房等將也是無心與上杉軍繼續交鋒。他們可不願將自己的小命丟在這巖崎原上，便紛紛率馬廻眾逃離戰場，以免被上杉軍討取。
可此時的上杉軍經過拼死血戰已經取得優勢，並在總大將八條定繁的號令之下全線發起反擊，直撲織田軍各部後撤的軍勢。
只見越來越多的織田軍喪失戰意，各自丟盔棄甲，四散而逃。
柴田勝家、森可成、池田恆興、下方貞清等織田家猛將們倒是反應不慢，很快就判斷出己方已然敗北，不再戀戰，當即率本部軍勢向巖崎原的西北方進行突圍。
大風陣陣，塵土飛揚，驕陽蒙暈。
巖崎川的西岸，上杉、織田兩軍在這秋風之中不斷搏殺，戰場之上，屍骸交錯，淒涼無邊，鮮血也將巖崎川染成了紅色。
這時，丹羽氏職在巖崎城三之丸的箭櫓上發現上杉軍已經完全佔據了主動，並將織田軍打得節節敗退後，當即下了箭櫓，翻身上馬，在馬廻眾的簇擁下，率三百餘軍勢出城馳援友軍。
只見巖崎丹羽勢在丹羽氏職的率領下，一齊發出吶喊聲，紛紛冒死突進，喊殺聲更是響徹天地，使得上杉軍各部計程車氣進一步提升。
丹羽氏勝、上田近正兄弟二人自恃勇猛，一手持太刀，一手持木楯，一路斬翻諸多織田軍的武士、足輕、農兵。他們身旁的上杉軍是深受感染，也奮力上前助戰。
隨後，混亂很快就蔓延至尚未敗退的織田軍各部之中。
飯尾定宗、織田信房、佐久間盛重、佐佐政次等將皆是織田家中的久經沙場之人，知曉大勢已去，再無反轉的可能。在他們眼中，擊潰並不是什麼可怕的事情，只要不被討取、殲滅，那麼待戰後收攏潰軍，再休整一段時間，就又能恢復元氣了。
然而，八條定繁可不打算輕易放過這個一舉殲滅織田家有生力量的大好時機。因為，織田家在尾張、美濃、三河、伊勢等國的戰事中多次被擊敗，在收攏潰軍，以及依靠其本就雄厚的財力，又能再度糾集數千至上萬規模的軍勢，故而戰事經久不息。
八條定繁此時意圖將織田軍潰軍的大部分進行殲滅，就是汲取了這個教訓。於是，他就令長井為實火速率左控鶴備的三百名騎馬武士搶佔竹之山、寶林寺兩地，將織田軍潰兵逃往下社城的必經之路截斷。
才退入寶林寺中不久的織田信張（織田寬廉，織田藤左衛門寬故之子，織田信康女婿，其母為斯波義達之女玉堂殿）、織田常知（織田信張之弟）兄弟還沒喘過一口氣，就發現寺外塵土飛揚，只見上百名騎馬武士正殺氣騰騰的向自己衝來。
自知無路可逃的織田信張、織田常知兄弟就只好命麾下馬廻眾前去阻擊，他們二人則是退入大殿之中互刺而亡，以免落得個被俘受辱的下場。
與此同時，八條定繁在率軍擊潰織田信時、織田信實兩部，並將織田信時、織田信實二人討取以後，就與丹羽氏職合兵一處，對織田軍的潰兵進行持續追擊。
如今的織田軍已徹底崩潰，對上杉軍的追擊是毫無還手之力，更跑不過上杉軍的戰馬，等待他們的將是上杉軍手中的屠刀。
之後，上杉軍是一直追擊到末森城外才停下了腳步。
經此一役，織田信廣、織田信時（織田信長之叔）、織田信實（織田信長之叔）、織田信正（織田元貞，織田信長之叔）、飯尾定宗、織田信房、織田伊賀守、佐久間盛重、佐佐政次、丹羽氏秀、梶川高秀、岡田善長、塙直政、那古野勝泰、林光利、加藤勘三郎、小關三五郎等諸多織田家有名武將先後在混戰之中被上杉軍討取，而參陣的織田軍武士、足輕、農兵、陣夫等被上杉軍討取者也達到了三千九百餘人，還有不少人溺斃於巖崎川、植田川、矢田川等河流之中。
織田信清、柴田勝家、森可成、池田恆興、下方貞清、津川義冬、林秀貞、織田信包等人倒是沒有與織田信長選擇同樣的逃亡路線，反而是率各自的馬廻眾一路北上，直至北尾張的丹羽郡境內，這才僥倖從上杉軍的屠刀之下逃得一命。但他們也沒好到哪裡去，幾乎是人人掛彩，頗為狼狽。
毫無疑問，織田家此次在巖崎原之戰的損失是僅次於織田信秀時期的井之口之戰（迦納之戰），且慘烈程度是有過之而無不及。
先前，織田家在圍攻鳴海城的失利，也只是丟了不少糧草輜重，敗得難看一些，至少傷亡還沒有超過三千五百人以上的規模。
此次巖崎原之戰，織田家不單單是丟棄了全部攜帶的糧草輜重，更是折損了包含織田信廣、織田信時、織田信實、織田信正、織田信張、織田伊賀守、飯尾定宗等諸多同族重臣。
從精神層面來說，織田家的軍心無疑再一次遭到重創。從巖崎原逃回織田領的潰兵更是聲稱上杉軍即將要大舉發起侵攻，弄得是人心惶惶不可終日，就連織田信長本人都動了逃往織田彈正忠家原先的本據勝幡城，差點兒就放棄了清州城、那古野城等重鎮要地，後來才發現是虛驚一場。
至於原先被織田信長用於阻遏北條家前來馳援的殘餘相野山砦守軍，他們的運氣並不好。
失去了大將織田信廣節制，以及相野山砦陷落，織田與三郎、伴正林、佈施五介等人就盤算著率部北上逃入丹羽郡的犬山織田領境內。
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