長尾俊景雖然在越後蒲原郡之中綜合實力僅次於中條藤資，可智商與上杉清定相比根本不是同一個等級的。
所以，長尾俊景就因為戰略選擇的錯誤以及決戰意志的不夠堅定，被上杉清定率軍擊敗，最後落得個城破人亡的悲慘結局。
其實，長尾俊景就算不向越後上杉家舉起反旗，最後也不可能繼續領有三條城這個重鎮要地。
因為三條城的地理位置、戰略價值實在是太過重要，而且長期是蒲原郡的郡衙所在地，清定不可能會將這樣一個兵家必爭之地繼續交給一個外人來鎮守。
再者說，長尾俊景曾經還站在昭田常陸介一方舉兵謀逆過，之後甚至還一度擁上條房安為偽越後守護，意圖與尊上杉定實為主的上條家、府中長尾家分庭抗禮。
像長尾俊景這樣一個有著多次前科，以及勾結蘆名家入侵之人，清定遲早是要將其進行清算的。
此次，長尾俊景主動向越後上杉家舉起了反旗，反而給了清定奪取三條城的一個大好時機。
在越後上杉軍將三條城本丸的大火撲滅後不久，八條廣繁就在本丸的茅廁裡搜出了躲在此處的金津萬太郎，他隨後就將其與長尾俊景的家眷、被俘家臣等三十餘人一同押至城外，交由上杉清來進行處置。
對於如何處置這些人，越後上杉軍的參陣諸將意見不一。
山本寺定長、桃井義孝、八條憲繁、八條能重、長尾為重、長尾景久、長尾賴春等越後上杉家同族武將、府中長尾家同族武將皆強烈要求清定講這些人盡數處以極刑。
而齋藤定信、上野家成、登坂清高等人則是主張將這些人押至府中，交由上杉定實、長尾晴景二人來進行相關的懲處。
最後，清定在經過一番權衡後，就決定將長尾孫八郎（長尾俊景之弟）、長尾孫七郎（長尾加賀守之子）、金津萬太郎、石栗勘解由、宿田藏人等昭田常陸介、長尾俊景等人的兄弟、子孫、家臣押至信濃川邊斬首，而後再傳首府中町示眾。
至於長尾俊景的女眷，清定則是網開一面，流放至佐渡羽茂郡，交由羽茂郡司計見堯元來看管。
畢竟清定與昭田常陸介不同，他可不會對老弱婦孺痛下殺手的。
儘管長尾俊景、長尾長景父子二人已經切腹自盡，但並不代表清定就不再追究他們舉兵謀逆的罪行。
清定先是讓長尾景虎將長尾俊景、長尾長景父子二人從越後長尾一族的系圖中再度移除，並將長尾俊景、長尾長景父子的苗字改為三條。因長尾俊景之父長尾信景曾意圖為上杉定實復權而向長尾為景舉起反旗被害，故不在更改苗字的計劃之中，長尾信景也成為三條島長尾家名義上的最後一任家督。
至於山浦家意圖勾結三條島長尾家意圖謀逆之事，清定對大室主計等山浦家家臣不予追究，發配至巖舟郡與出羽田川郡的境目地帶，負責戍守念珠關、鼠之關。
在完成對長尾俊景一方的懲處後，清定就下令各部軍勢在休整三天後，向菅名莊進發，下一個目標就是被蘆名家佔據的神戶城。
當然，清定並沒有忘記此次攻打三條城的有功之臣，尤其是表現最為活躍的小島貞興。
為了表彰小島貞興獲得的一番乘、一番首功績，清定就先將其提拔為侍大將，至於領地的封賞則是需要在結束戰事以後才能進行。此舉算是先穩定一下參陣諸將的心，讓他們清楚越後上杉家是不會忘記眾人戰功的。
可以說，在軍事上的勝利對各郡奉行所最為直接的衝擊是公文數量激增，奉行人、代官的人手不夠用，需要分配給有功將士的田和宅數以千計，財政支出的規模也比平時多出不少。
但清定對於有功之臣的賞賜從不吝惜。他堅信，只有這樣，家臣、治下領民才會在重賞之下更加努力地為越後上杉家開疆拓土，為越後上杉家帶來更多的財富和更大的版圖。跟賞罰不明所帶來危害相比，這筆巨大的財政支出根本不算什麼。對於那些守法敬業的基層奉行人、代官來說，三條城之戰讓自己加班忙得連軸轉，也是辛苦得很。
因戰事尚未完全結束，所以越後上杉家治下的各郡奉行所不得不推遲落實軍功獎勵的政策，一切為戰事讓路，暫停向本地籍貫的有功將士授予爵位。
但是，只要戰事晚結束一天，不僅意味著奉行人、代官們會積壓很多煩瑣的工作，也代表著他們中有不少人甚至有可能需要上戰場，這就會迎來立功的機遇，同時還要承擔陣亡的風險。
至於長尾俊景原先所領有的青海莊一地，清定雖然沒有直接言明交由誰來領有，但他心裡已經有了一個人選——八條房繁。
而另一方面，津川城城主金上盛實算得上蘆名家中有遠見之人。他深知長尾俊景的重要性，一旦長尾俊景被越後上杉家攻滅，那麼將來蘆名家就很難有進入越後的大義名分了。
於是，金上盛實就多次派遣使者前往黒川城，勸說蘆名盛舜早些發兵進入越後去支援正在籠城固守的長尾俊景。
可蘆名家這邊還是晚了一步，西海枝盛俊才率軍抵達越後、出羽兩國的境目地帶，就獲得了長尾俊景敗亡、三條城陷落、小川莊遭到侵攻等諸多不利於蘆名家的訊息。
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