隨著上杉清定對成田家進行領地半減，騎西小田家改易除封，上田家轉封，深谷上杉家變更家督人選等一套組合拳下來，讓上杉家對北武藏諸郡的統治不再是從前的羈縻狀態。
對於上野一國之中長期支援上杉家，且對此次彈壓上野、北武藏兩地國人一揆出力甚多的善城（膳城）城主善宗次、山上城城主山上氏秀（山上道及）二人，清定也沒有忘記他們的功績。
尤其是善宗次，此人身丈六尺有餘的，更是揚名於上野一國的勇者。
故而，清定便將善宗次、山上氏秀二人編入自己的旗本眾之中，並分別將他們轉封至北武藏琦玉郡騎西城、幡羅郡別府城，皆領有一萬五千石知行地，負責對成田家、巖付太田家、古河公方家等鄰近的大名、國人領主進行監視。
當然，忍城城主成田長泰先前所擔任的琦玉郡郡代、大里郡郡司等役職盡數被褫奪。改由善宗次擔任琦玉郡郡代、山上氏秀擔任大里郡郡司。
雖說清定沒有對赤井照忠、富岡秀信、上田朝直、桐生助綱等人進行改易除封，但是為了將他們從各自的原先地盤上連根拔起，並清除他們對上野、北武藏兩地的影響力，他便透過轉封的方式來巧妙實現兵農分離的目的。
轉封（國替）的目的自然是將組成大名、國人領主軍事力量的人從其各自的地盤上連根拔起。
畢竟，如今上杉家治下領國的範圍之中，不單單是領地，就連其中的城池兵砦也成為了上杉家的所有物。
在赤井照忠、富岡秀信、上田朝直、桐生助綱等人離開各自的舊領之前，清定就對他們下達了命令：“家中之人，武士自不用說，下至中間、小者，只要是奉公人盡數遷走，一人也不要留下，若有留下不走者將處以嚴懲，不得帶走任何擁有田地的領民。”
對不走的人要即刻進行懲處。同時也命令不得帶走任何擁有田地、繳納年貢並在檢地賬上登記為農民的人。轉封明確區分了兵、農，是兵農分離政策中的重要一環。
如此一來，赤井照忠、富岡秀信、上田朝直、桐生助綱等人就必須要將家中所有的家臣、奉公人等盡數遷至新的領地。
不僅如此，他們在進行搬遷時當然也要帶上各自的妻子兒女，甚至還需要將自家的菩提寺和神社也一併遷走。但原來的地方並不是什麼都沒留下，而是以分割的形式留下了一些同名的寺院神社。
因為這不僅僅是在執行清定所下達的命令，也是因為他們在入駐的新領地後，還需要進行確認檢地情況、翻修宅邸、整備道路等諸多事務，若是不帶走家臣、奉公人等，極有可能在新的領地很難進行相關的統治。
而善家、山上家則是不同。他們兩家的家臣本來只有幾十石的人瞬間增加到了一百石，甚至一百石以上。原來有一百石的人則是增加到二百石，甚至二百石以上，每人都增加了二至四倍以上的知行地。
再加上善家、山上家兩家曾經多次被桐生家打壓，他們的領地也遭到一定程度的破壞。所以，他們欣然接受轉封的命令。
至於赤井照忠、富岡秀信、上田朝直、桐生助綱等人則是迫於上杉軍的威懾，只能選擇帶著自己的家眷以及家臣、奉公人等離開了故鄉，踏上了前往新領地的路程。
畢竟，清定只給了他們三個選擇——要麼帶著家眷、家臣前往新領地，要麼他們的人頭搬家，要麼全族遷入佐渡去當礦工。
像赤井家、富岡家、上田家、桐生家等這樣原住性極強，且基本沒有實現兵農分離的國人領主幾乎被連根拔起，上野、武藏兩國從此以後再也看不到他們的蹤跡了。
可以說，經過這次小規模的轉封后，上野、北武藏兩地就建立起不少只屬於百姓的村落。這些村落裡沒有了武士身份的人，只有居住在此並且還在檢地帳上所登記過的百姓。
當然，也有極少數人選擇繼續留在村落裡，沒有隨自己的主君前往新的封地。雖然他們可以選擇自己走哪一條路，但是留下的人就只能從此以後放棄了武士的身份，而前往新封地的人則是永遠放棄了成為農民的路，這兩者只能選其一。
就這樣，兵農分離的政策得以實現。
隨著赤井家、富岡家、上田家、桐生家、騎西小田家、依田家、後閒家等上野、北武藏兩地的有力國人領主轉封或改易除封，以及安中家、巖松家、那波家等國人領主的徹底滅亡。上杉家讓大量植根於村落的下級武士完全喪失了領主權，迫使他們選擇從此成為浪人還是百姓。
雖然這些下級武士也有人能繼續尋求仕官之路，但是他們的希望卻非常渺茫。
尤其是安中家、巖松家、那波家的舊臣們，他們中的不少人選擇了放棄了武士的身份，定居於村落，從此成為了百姓。
不過，留在村落中的下級武士們也不是一無所有。
因為他們的出身和經歷與普通百姓不同，根據自己的血統而自稱為“無足人（在鄉武士）”、“鄉士”。
在這些人中，有些成為了莊屋、名主，或者成為長老（年寄）、肝煎階層中的一員；也有的負責村落中的佛事、祭禮、宮座（一種祭祀組織，與神職不同，負責統籌祭祀活動）等，維持了部分原有特權、地位和職責。也有不少人主張自己在山野河海和水利等方面的舊有權利。在這種情況下，他們仍然尋找仕官之途。
而另一邊，才剃髮出家不久的武田信玄也看得出來今川家完全是將自己當擋箭牌。他一面加強境目地帶的防衛工作，一面派遣使者前往京都，尋求足利將軍家的介入，儘快達成與上杉家的停戰議和。
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