隨著北條家、丹後一色家、但馬山名家先後拒絕接受足利義輝下達的御教書，使得足利義輝是愈發敵視上杉家。
足利義輝並不願見到上杉清定越過復興足利將軍家的形式、明確建立霸權的目標，開始頻繁致信五畿七道的大名們，避免他們倒向上杉家一方。
為了儘可能的遏制上杉家的進一步發展，以及動搖上杉家在東海道諸國的統治，三好長慶倒是想到了一條毒計——煽動一向一揆。
與北陸道、中山道諸國相比，位於東海道諸國的一向宗勢力並沒有遭到重大打擊。
其中，位於木曾川、長良川等大小河川下游的川內（河內）長島就是石山本願寺極為重視的地區，其影響力更是遍佈南美濃、尾張、伊勢、伊賀、西三河等地，寺院道場不下數十處，所掌握的寺領在十八萬石以上，信徒更是高達十萬以上，儼然與割據一方的大名無異。
石山本願寺方面很早就派遣了下間賴旦、下間賴成等坊官下向長島願證寺，對周邊的一向一揆眾進行指導。
長島願證寺的前身是長島本坊，由本願寺證如的叔祖願證寺蓮淳（願證寺兼譽）所開設，當時就吸引了大量木曾川、長良川、揖斐川等流域的農民、商人、手工業者等歸信，形成一大勢力。
川內長島由大鳥居、屋長島等大大小小的島嶼組成，東、北、西三面三到五里之內，河流環繞幾重，南面則面朝大海，可謂是四方之關卡，易守難攻。船隻是主要交通工具，也是商業、運輸業、漁業等行業的重要交通手段，所以沒有充足水軍的根本不容易靠近。
世人皆稱：“鄰國佞人、兇徒等相集而住，崇敬當寺（願證寺）。”
早在永仁四年（1296年），不少人就這樣描述一向宗信徒的——“一向眾唯稱阿彌陀佛，憎惡念其他佛者，厭棄敬奉神明者······他們身著粗麻衣，不著下裳，唸佛之時搖頭晃腦，群魔亂舞，好似野馬一般。吵吵鬧鬧，跟猴子並無區別。甚至食物抓來即吃，專門做惡事，實在是要墮入畜生道的······”
此時一向宗法主本願寺證如的病情依舊沒有好轉的跡象，而石山本願寺之中的政務大都由興正寺蓮秀、下間賴總（下間光賴之子）、下間賴言（下間賴清女婿）、下間賴良（下間賴言之弟）等本願寺證如的近臣們來進行商議處理。
面對足利將軍家、三好家請求在東海道諸國發起一向一揆之事，作為石山本願寺一家眾的興正寺蓮秀是極力反對。
興正寺蓮秀深知挑戰上杉家絕非明智之舉，甚至還極有可能會葬送位於伊勢、尾張、三河等東海道諸國之中的所有寺領。屆時，位於伊勢、尾張、三河等東海道諸國之中的所有寺院、道場也會遭到搗毀。
但下間賴總、下間賴言、下間賴良等人卻認為，應聽從足利將軍家之命，於東海道諸國發起大規模的一向一揆，否則一向宗在東海道、中山道諸國之中的影響力將會越來越低，直至消無。
越中、信濃兩國境內的一向宗寺院、道場早已被上杉家盡數搗毀，信徒也進行了改宗，或是服從福島本誓寺的之命。再這樣下去，東國的一向宗信徒就只知福島本誓寺，而不知石山本願寺了。
為了消除石山本願寺高層之中的反對聲音，下間賴總、下間賴言、下間賴良等人甚至不惜將興正寺蓮秀毒殺，並令其子興正寺證秀無召不得進入石山本願寺。
而後，下間賴總、下間賴言、下間賴良等人就假借本願寺證如的法旨，下令願證寺住持願證寺證惠做好渡海攻入三河、遠江兩國的準備。同時，他們還命本證寺住持本證寺空誓（本願寺蓮如之孫）、勝曼寺住持勝曼寺了意、圓光寺住持圓光寺順正、上宮寺住持上宮寺勝佑、本宗寺住持本宗寺實證等三河一國一向宗寺院的住持們準備隨時發起一向一揆，顛覆北條家在三河、西遠江兩地的統治，並聯合松平總領家的舊臣們切斷東尾張與上杉家的任何聯絡，好讓織田彈正忠家趁機壓制尾張一國全境。
與此同時，足利義輝派遣石谷光政出使美濃稻葉山城，勸說齋藤義龍應效忠於足利將軍家，不要誤入歧途，許可其自由切取飛驒一國。
不僅如此，足利義輝還將原信濃守護小笠原長時送至美濃，讓其伺機招攬舊部，於信濃一國發起國人一揆。
然而，足利義輝顯然高估了小笠原長時的影響力和威望。
小笠原長時送給犬甘政德、草間肥前守、二木重高、赤澤貞經等原家中重臣們的書信皆是石沉大海，毫無回覆。
如今的犬甘政德、草間肥前守、二木重高、赤澤貞經等小笠原家重臣們早就視上杉清定次男小笠原次郎丸為自己的主君，至於那個不斷丟城失地、損兵折將，且無法確保家臣利益的小笠原長時，他們已經不願將其迎回了。
再加上信濃守護職此時還是由上杉清定來兼任，以及色部勝長、黑川清實、新保景重、長尾賴春、大熊朝秀、小島貞興、長尾藤景等不少上杉家重臣先後轉封至信濃各處重鎮要地，一旦小笠原家的重臣們向上杉家舉起反旗，很快就會遭到上杉家重臣們的群起而攻之。
隨後，犬甘政德、草間肥前守、二木重高、赤澤貞經等人為了自己的家名存續，皆不約而同的將小笠原長時送來的書信上交給上杉清定，以示自己對上杉家毫無貳心。
而此時的上杉家正忙於遷移本據至相模小田原城的準備，清定對於犬甘政德、草間肥前守、二木重高、赤澤貞經等人此舉還是感到非常滿意的，便賜予每人黃金十兩。
至於美濃齋藤家方面，齋藤義龍的病情是有所好轉了，對於足利將軍家要求齋藤家伺機攻入飛驒一國之事，他是留書不回，不予理睬，並打發石谷光政趕緊離開美濃境內。
對進入美濃境內的小笠原長時，齋藤義龍則是下令美濃境內之人不得對其進行任何資助和往來，違者將嚴懲不貸。
