隨著三好長慶、六角義賢的主動退讓，使得後奈良天皇更加有底氣了。
隨後，後奈良天皇就直接選擇無視足利義輝，讓權大納言久我晴通再度擔任使者下向越後，將授予上杉家眾人官職、位階的詔書口宣案（詔書中向當事人宣讀的部分，發給當事人作為任職的憑證，相當於天朝古代的“告身”，即委任狀）頒給上杉清定。
畢竟，近衛晴嗣、久我晴通二人可是在返回禁裡御所覆命之時，將上杉家獲得了來自南蠻佛郎機國的新式火器告知了後奈良天皇，他們堅信上杉家有此等利器，必然在數年之內將不破關以東之地完全靜謐，進而揮師上洛，讓兵燹連年的近畿諸國也恢復靜謐。
而足利義輝這邊也只能愈發怨恨上杉家，但並沒有實際的反制措施。
如今的足利將軍家並無鎌倉幕府那般實力，並不能效仿鎌倉幕府於承久之亂、元弘之亂那樣直接向皇室、朝廷刀兵相向。
此時京都的防衛還是由三好家重臣松永久秀來負責的，就算足利義輝率僅剩下的奉公眾前去禁裡御所示威，首先要過的就是松永久秀這一關。
足利將軍家與上杉家命運最大的區別就在於，上杉家如今有一個穩定而持續的元從派家臣，且隨著時間線的拉長不斷成長、倍數級壯大，成為保衛上杉家，以及對外擴張的主力。
而且，古今中外，決定一個王朝軍隊戰鬥力和國運的主要“引數”並不是地理，而是其集權程度，一個王朝集權程度越高，則其徵召軍勢能力也就越強，戰鬥力也就越強，國運也就呈上揚狀態。
現如今的足利將軍家可以說既不佔地理優勢，麾下奉公眾又不堪大用，奉行眾也無法為足利將軍家徵收穩定的年貢和賦稅，以伊勢貞孝等人為首的幕臣還在為三好家效命。
可以說，此時的足利將軍家已然是名存實亡。
結果，還沒等足利義輝親自帶人前往禁裡御所示威，三好長慶、三好義興、細川氏綱、松永久秀等人就一同前來覲見了。
當然，三好長慶、三好義興、細川氏綱、松永久秀等人一齊前來覲見足利義輝，自然是為了朝廷授予上杉家眾人官位之事。
三好長慶其實是不希望足利義輝在眼下繼續阻撓朝廷授予上杉家眾人官位之事的，因為他最擔心的是上杉家因此事與足利將軍家徹底撕破臉。
要知道，南北朝在名義上結束後，南朝的痕跡也並未完全消失。“南方末裔”仍然不時被人提起，作為旗幟對抗以京都為中心的政治秩序。
曾經，在足利義滿死後不久，後龜山法皇就出走吉野。其間，後小松天皇在應永十九年（1412年）讓位於躬仁親王（稱光天皇），之後，南朝開始採取明顯的行動。
新皇趁大覺寺統上皇不在的時候踐祚，南北統一的條件被公然廢除，對此，舊南朝方的伊勢國司北畠滿雅在應永二十一年起兵反抗，這是後南朝早期的活動之一。同時，楠木一族之人也在大和、河內等地向足利將軍家舉起反旗，各地都出現了不穩定的形勢，且有擴大的跡象。警覺的足利將軍家一方面與北畠滿雅進行和解，另一方面又與後龜山法皇約定歸還其御料所，並請求他回朝，試圖將叛亂扼殺在萌芽狀態中。
應永二十三年（1416年）九月，後龜山法皇返回京都，事態暫時才平靜下來，但是，此後也不時出現反足利將軍家的勢力，且背後總有後南朝方的影子在，這讓足利將軍家仍頭痛不已。
後龜山法皇返回後不久，應永二十三年（1416年）十月，在關東，前關東管領上杉氏憲（上杉禪秀）公然反叛鎌倉公方足利持氏（上杉禪秀之亂）。據說此事還與南朝方的勢力有關，足利義嗣也參與其中。他曾經備受足利義滿寵愛，但在足利義滿突然去世後卻遭到排擠。不久，足利義嗣被捕，隨後出家且遭到幽禁，最終被殺害。於是關東之亂得以平定，但在如何處置支援上杉禪秀的武士的問題上，鎌倉公方持氏又和幕府產生了嫌隙。應永三十年左右，甚至還傳來足利持氏與北畠滿雅聯手擁戴“南方宮”起兵的訊息。
嘉吉三年（1443年），又發生了禁闕之變——號稱“後鳥羽院後裔”的源尊秀和號稱“南方護聖院宮之子”的金藏主、通藏主兄弟，以及日野有光、日野資親父子等人闖入皇居，奪走了神劍與神璽。
雖然這夥人在逃往比叡山時遭到討伐，神劍被奪回，但神璽直到十四年後的長祿元年（1457年）都掌握在“南方”手裡。其間的文安元年（1444年）、文安四年（1447年），都出現了“南方宮方”在紀伊國舉兵的傳言。
另外，應仁元年（1467年）發生應仁之亂時，山名持豐（山名宗全）率領的西軍擁護足利義視，為了與擁護將軍足利義政、后土御門天皇和後花園上皇的細川勝元的東軍對抗，曾設想推舉“南帝”（小倉宮的後裔）。
當然，這些行動雖然名義上是在號稱“盡忠南朝”，有時也只是抵抗行動的一種宣傳口號而已，就連被推舉為“南方末裔”的人是不是貨真價實的南朝後裔都還不好說。
但是，為了對抗擁戴天皇和足利將軍家的京都政權，南朝確實經常被拿來當作招牌。為了與現在的中心對抗，需要舉起某種旗幟，南朝之所以被人提起，就是因為它能夠成為這種旗幟。也就是說，抵抗行動也形成了相應的規範，抵抗的旗幟逐漸集中在天皇手中。
另一方面，位於政治權力中心的足利將軍家也認識到，要想消滅抵抗、主張自身的合法性，天皇的存在非常有用。
永享十年（1438年）永享之亂時，鎌倉公方足利持氏公然反抗幕府，而將軍足利義教請求後花園天皇下達綸旨，將足利持氏定為“朝敵”，賦予追討行動正當性。嘉吉元年（1441年），足利義教被赤松滿祐謀殺，將軍之位出現了空缺（嘉吉之亂），管領細川持之也被授予了追討赤松滿祐的綸旨。
上述兩種情況中，足利將軍家都在南朝一方的陰雲籠罩之時，為維持自身凝聚力只能向天皇尋求能夠賦予政治行動意義和大義名分。
此時三好家高層最擔心的就是足利義輝與上杉清定完全撕破臉後，上杉清定直接擁立一個南朝後裔來與足利將軍家分庭抗禮。當然，足利將軍家若是沒有三好家、六角家、金吾畠山家等有力大名的支援，恐怕都無法在上杉家手下撐過一個回合。
在三好長慶看來，只要能穩住上杉家，不讓上杉家擁立南朝後裔，那麼南部家、浪岡北畠家等原南朝方的大名、國人領主們依舊能在奧羽兩州給上杉家造成一定的麻煩，從而牽制上杉家一部分兵力。
。名家的家軍將利足承繼人之脈一方公堺的好其與立擁而轉能可有就家好三，諫勸的們他接不是若己自於鑑輝義利足，下之說勸次多的人等秀久永松、綱氏川細、興義好三、慶長好三過經
