次年三月，京極持清派遣大軍攻陷了六角家的根據地觀音寺城。六角龜壽丸是力不能支，只能迫於形勢一度投降於京極持清。
不久後，六角家再度舉兵發起反擊，在四月下旬攻陷了東軍方六角政堯駐守的長光寺城。
然而，薑還是老的辣，在京極持清的主導之下，六角家很快就陷入了下風。
應仁二年，十一月五日。
六角家一方的守山城、觀音寺城分別被六角政堯、京極持清攻陷，龜壽丸一方的重臣戰死二十三人。在遭受巨大的打擊以後，六角龜壽丸暫時蟄伏了下來。
文明元年（1469年），十一月。
足利義政下令由京極持清出任近江國一國守護，六角家為了表示反抗，派兵侵入了京極家的領地，結果再度被京極持清打得大敗而逃。龜壽丸君臣一行人一路逃出了近江國，前往大和國依附當地的國人領主去了。
次年，十六歲的六角龜壽丸舉行了元服之禮，取名為六角行高（六角高賴）。
這年八月，六角高賴眼中的老妖精京極持清去世，由於京極持清的嫡子京極勝秀早逝，京極家便陷入了內訌之中。京極家的家臣多賀清直（飛騨守護代）因與家宰多賀高忠（近江守護代）不和，便擁戴京極持清的次子京極政光為主，佔領了北近江諸郡。
為了抵擋多賀高忠的反擊，京極政光、多賀清直甚至勾結西軍方的六角高賴與美濃國守護代齋藤妙椿，將多賀高忠驅逐出了近江。
多賀高忠在逃回京都以後，擁立京極持清的嫡孫孫童子丸為京極家家督，以京極持清的另一個兒子京極政經為家督後見役，並請求東軍出兵支援自己。不久後，京極孫童子丸因病夭折，多賀高忠便直接擁戴京極政經為京極家家督，而京極政光、多賀清直則擁立京極孫童子丸的弟弟，也就是後來的京極高清為主。
在東軍的細川成之、武田國信的支援下，多賀高忠又殺回了近江國，擊敗了六角高賴，直逼京極政光、多賀清直而來。無奈之下，多賀清直只好再度請求齋藤妙椿出兵支援。齋藤妙椿不愧為當世名將，齋藤軍抵達近江國以後，先是擊潰了多賀高忠軍的左翼，再乘勝追擊，打得多賀高忠損兵折將，不得不逃往武田國信的領地若狹國。此後，近江國形成了江北諸郡由京極政光、多賀清直統治，江南諸郡由六角高賴統治的局面。
面對這樣的情況，東軍幕府便命令六角政堯返回近江國討伐六角高賴，還下令讓延歷寺以及近江國的國人領主們支援六角政堯的行動。因先前齋藤妙椿的善戰十分引人注目，東軍幕府將軍足利義政甚至下令讓信濃國守護小笠原氏出兵騷擾美濃國。
可是，此時近江國已經落入西軍的手中，國人領主們對東軍的命令拒不奉詔，反而加入六角高賴的一方作戰。
文明三年（1471年），十一月。
六角高賴在近江國人領主們的支援下，率軍攻陷了六角政堯據守的神崎郡清水城，迫使六角政堯在兵敗後自盡而亡。
文明九年（1477年），十一月十一日。
西軍主將大內政弘率軍歸國，歷時十一年的應仁之亂宣告結束。然而，京都的戰亂雖然停止了，但是應仁之亂的餘波卻讓扶桑各地動盪不止。
加入西軍一方的六角高賴，直到應仁之亂的次年才與足利將軍家正式達成和議，獲得赦免。當然，足利將軍家的赦免也不是無條件的——六角家需要歸還在應仁之亂期間搶佔的足利將軍家御料所，以及公卿、寺社的領地。其中就包含應仁之亂時，站在東軍一方的比叡山延歷寺寺領。
不過，到嘴的鴨子怎麼可能讓它就此飛走呢？
六角高賴可沒有將足利將軍家的命令當一回事，導致延歷寺對六角家的抗議也是越來越多。
文明十四年（1482年），閏七月。
六角高賴並沒有因搶佔公卿、寺院領地而滿足，反而將魔爪伸向了足利將軍家奉公眾朽木家的領地，竟然光明正大地直接出兵強佔。
為何足利將軍家會對六角家的惡行不聞不問，是因為時任足利將軍家政所執事的伊勢貞宗曾經收了六角家不少禮物，預感大事不妙的他連忙致信六角高賴，勸說他趕緊遵守足利將軍家的命令，將搶佔的領地歸還原主。
但六角高賴卻不以為然。他的反應不是沒有道理的，彼時大御所足利義政正在營建東山山莊，六角家是出錢、出力，甚至還派出大量民夫為足利將軍家搬運木材。
此外，六角高賴和細川一族的關係也還算不錯。時任阿波守護細川成春前往伊勢神宮參拜時，六角家也派人充當嚮導，好好地招待了細川成春一番。
在六角高賴的銀彈攻勢之下，足利將軍家非但沒有追究他的責任，反而還推舉他出任大膳大夫的官職。
長享元年（1487年）七月二十三日，時任徵夷大將軍足利義尚因為接到太多關於六角家侵佔領地的訴狀，實在忍受不了六角高賴的惡行，宣佈出兵征討六角家。
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