隨著江北十寺的覆滅，顯證寺還遭受重創，以及山本山城、宮部城、安養寺城等地陸續被上杉家解圍，加上三好家、六角家、仁木家分身乏術、無力馳援，使得淺井家所面臨的形勢愈發危急。
為了徹底切斷淺井家與顯證寺之間的聯絡，上杉清定便派遣木下秀吉節制阿閉貞徵、新莊直賴、安養寺氏秀、宮部繼潤等淺井家降將們經水路前去攻略竹生島。
由於海津湊、大浦湊、鹽津湊、長浜湊（今浜湊）、朝妻湊等北近江諸郡的重要港口皆被上杉軍所控制，使得木下秀吉可以非常容易獲得船隻。
在阿閉貞徵、新莊直賴、安養寺氏秀、宮部繼潤等人北近江諸郡有力國人領主們的協助下，木下秀吉於深夜乘船靠近琵琶湖北部的竹生島登陸，並將守備竹生島的淺井·一向一揆聯軍一舉擊潰，討取了守將順慶寺善空（順慶寺住持）、東野行信、平野行定（東野行信之弟）、熊谷忠兵衛尉等人以下三百五十餘人。
至此，北近江半國之地絕大部分地區被上杉家壓制，淺井家只剩下小穀城周邊一隅之地。
眼下的淺井家已陷入孤立無援，且土崩瓦解的境地，雲雀山城城主淺見景親、小川城城主小川祐忠、小堀城城主小堀正房等人見勢不妙後，可不打算為淺井家陪葬，便紛紛向上杉軍開城投降。
這個時候，淺井賢政也意識到淺井家在失去外援的情況下與上杉家進行交鋒是無法取勝的，便以同族重臣淺井亮親作為使者，前去出使上杉軍本陣所在的朝妻城，意圖與上杉家達成停戰和議，儘可能保全淺井家的家名。
當然，淺井賢政為了提現自己與六角家斷絕關係的絕意，不僅與正室平井御料人進行離緣，還捨棄了六角承禎曾經賜予的‘賢’字，更名為淺井長政。
顯然，淺井長政低估了清定的志向和野心。
在清定看來，讓淺井家這個一元化較差的大名繼續盤踞在北近江諸郡，對於上杉家來說可不是一件好事。
若是上杉家此次沒有大舉發兵上洛的話，清定還是有意與淺井家保持和睦，並將其作為一道屏障。
可上杉家一旦靜謐了越前、若狹、美濃等國之後，若是意圖出兵上洛，就必然會途經淺井家治下的坂田郡、伊香郡、淺井郡等地，非常的麻煩，形同絆馬索一般。
所以，清定自然不會允許淺井家繼續盤踞在北近江諸郡，更不會讓淺井家成為強力大名來威脅自己，便果斷拒絕了淺井家的求和。
就個體而言，淺井長政不僅在戰略能力上不如上杉清定，且在控馭內部的能力上也不如上杉清定。因此，在與上杉家的交鋒中迅速敗光淺井亮政、淺井久政兩代家督積攢的家業，並走下坡路也屬正常。
而亂世的競爭，強弱之勢的轉變往往是內部問題造成的。
在唐末五代時期，獨眼龍李克用就曾多次遭到朱溫兵圍太原。
對於當時的危局，史書是如此記載：“時鎮州、河中皆為梁有，孤城無援，師旅敗亡。武皇晝夜登城，憂不遑時，召諸將議保雲州。”
要不是諸將和其正室劉夫人死勸，李克用很可能再一次北亡韃靼。
但李克用麾下有著世人聞風喪膽的沙陀軍，以及驍勇善戰的養子們。這才一次又一次的轉危為安，扭轉不利形勢，其子李存勖更是完成了他的遺志，將後梁攻滅。
反觀淺井長政，麾下並無多少驍勇善戰的家臣，軍勢的質量還良莠不齊。就算能批次生產鐵炮的國友村位於其境內，也無雄厚的財力進行購置和維護大量鐵炮。
而且，權力傳承的效率和質量往往決定了一個王朝或者區域軍政集團的前途命運。
淺井長政不單單是淺井久政的嫡子，更是其長子。他雖然是淺井家中眾望所歸的後繼之人，卻是在赤尾清綱、雨森清貞、海北綱親、遠藤直經、丁野若狹守、百百內藏助等家中重臣們的支援下，以非正常的情況下繼承淺井家的家名。
即便淺井長政以軍功破局，但他並不是周世宗郭榮那樣有著雄才大略。
郭榮打贏高平之戰就穩固了帝位，但淺井長政能在唐川擊敗師老兵疲，且遠道而來的北陸道上杉軍可沒有坐穩家督之位。
不僅旗下國人領主接二連三的叛離，就連友軍江北十寺也被上杉軍先後搗毀。
因小穀城地勢險惡，本丸（山王丸）還是修築於小谷山的山頂，就算清定調來佛郎機炮，也很難對其造成有效的殺傷。
就在清定準備分兵對小穀城儘快圍困之際，才壓制了竹生島，並切斷了小穀城與外界一切聯絡的木下秀吉倒是主動請纓，擔任攻打小穀城的先手役。
木下秀吉雖然與上杉家中的那些屢立戰功的猛將相比，四肢是差了一些，但是頭腦卻非常靈光，經常突發奇想。
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