為了不讓足利義輝被鐵炮的彈丸擊中，足利將軍家奉公眾中的荒川晴宣、荒川輝宗等人就主動站在足利義輝的身前，替他擋住了一輪鐵炮集火射擊。
儘管荒川晴宣、荒川輝宗等人捨命為足利義輝擋鉛彈，可足利義輝還是在沒有任何甲冑的防護下，依舊被一發鉛彈打穿了左腿，在其餘奉公眾的攙扶下緩緩退入大廣間中。
而後，上杉軍的武士、足輕在鐵炮、弓矢的火力掩護下，大量衝入大廣間之中，與足利將軍家的奉公眾展開近戰。
由於足利將軍家奉公眾的人數實在過於寡少，進士藤延（進士晴舍之子）、彥部晴直、彥部輝信、杉原晴盛、小笠原稙盛、細川隆是、攝津糸千代丸（攝津晴門之子）等奉公眾先後被三好軍所討取。
就算足利義輝劍術出眾，並口念“不敢暴虎，不敢馮河；人知其一，莫知其他；戰戰兢兢，如臨深淵，如履薄冰。”（《詩經?小雅?小旻》中的最後一部分）還是寡不敵眾，被上杉軍的足輕們用障子、門板壓在身上，用大量長槍、薙刀猛刺，幾乎被紮成篩子而亡。
就這樣，一代劍豪將軍魂歸離恨天，享年二十三歲。辭世句為“梅雨如露亦如淚，不如歸，名揚雲端上”。
《詩經?小雅?小旻》的這一段實際上是諷刺了西周統治者的昏庸無道。
曾經被父親寄予厚望的少年，此刻卻成為了三好軍口中寵信奸臣妖妃，如周幽王一樣的昏君······
何等的絕望！
何等的悲涼！
不過，大名率軍包圍將軍御所的御所卷（諸大名的軍隊包圍將軍御所，對幕政的決定提出異議），只在室町時代發生過，可見足利將軍家的權威低下。
康永八年（1349年），高師直為了驅逐足利直義一派，悍然率軍包圍足利尊氏的御所，是為觀應擾亂的開端；
英和五年（1379年），斯波義將為了驅逐細川賴之一派，發兵包圍了足利義滿的御所，被稱之為康歷之變；
文正元年（1466年），細川勝元、山名宗全為了驅逐伊勢貞觀一派，聯手發兵包圍了足利義政的御所，被稱之為文正之變；
應仁元年（1467年），細川勝元、畠山政長於山名宗全、畠山義就兩派為了驅逐對方，在將軍御所互相包圍，最終發展成御靈合戰，也是應仁之亂的開端。
算上這一次上杉軍包圍室町御所，已經是足利將軍家第五次面對御所捲髮生。
即便八條房繁、甘糟景持、宇都宮定綱等上杉軍諸將得知足利義輝已經身亡後也無法制止已經殺紅眼的麾下軍勢。
很快，在室町御所之中的足利義輝家眷絕大部分遇害。
其中就包括，足利義輝之母、前關白近衛尚通（近衛前久的祖父）之女慶壽院，以及足利義輝側室進士小侍從（進士晴舍之女）、嫡男足利輝若丸等十餘人也一同遇害，僅有一女耀姬被足利將軍家奉公眾的能勢光賴趁亂帶出，一路逃往河內砂之城，去前往同為足利將軍家奉公眾的河內結城領避難。
然而，現任河內結城家家督結城忠正可是兩屬領主，即同時臣從於足利將軍家、三好家旗下，且先前還被三好長慶配置給松永久秀當與力。
結城忠正可不打算引火燒身，在獲知松永久秀已經倒向上杉家一方後，他毫不猶豫的將能勢光賴、足利耀姬誘捕後送往上杉軍本隊，交由上杉清定來親自處置。
與足利義輝相比，細川氏綱顯然是有些自知之明的。
細川氏綱深知丹波一國陷落後，山城全境陷落也只是時間問題，與上杉家交鋒並非明智之舉。
再加上，京兆細川家早在內訌以及與三好家交惡後遭到重創，至今都沒能恢復元氣，殘餘的被官眾、旗下國人領主們大都為三好家效力。
於是，細川氏綱便在家中重臣茨木長吉的護衛下，一路逃往三好家原先的本據越水城，並做好逃往播磨的準備。
至於被三好家、京兆細川家所拋棄的伏見宮一族，以及偽朝高位公卿們就沒那麼好的運氣了。
由於三好軍在京都周邊的濫妨狼藉，導致京都周邊的領民不僅痛恨三好軍，甚至還非常痛恨偽朝高層、足利將軍家、京兆細川家的不作為、聽之任之。
這就使得伏見宮一族與偽朝高位公卿們在沒有相當規模兵力護衛的情況下，根本無法安全逃往攝津，甚至是連京都都出不去。
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