與絕大部分大名、國人領主不同的是，肥前有馬家不僅家格不顯著，其祖上更不是什麼忠臣良將，而是臭名昭著的逆賊、海盜——藤原純友。
雖說藤原純友于天慶三年（940年）伊予宇和島伏誅，但其子嗣在流浪至肥前高來郡有馬莊後，就在此地紮根，而後就使用有馬作為苗字。
在建保（1213年至1219年）年間，肥前有馬家就開始出任有馬莊地頭職。
儘管肥前有馬家以高來郡有馬莊為中心，開始不斷擴大勢力，並在鼎盛時期領有高來郡、彼杵郡、杵島郡、松浦郡、藤津郡五郡之地。
不僅如此，肥前有馬家還透過聯姻、過繼養子等方式，讓大村家、西鄉家、深堀家、千千石家、志歧家、肥前後藤家、肥前平井家、相神松浦家等臨近大名、國人領主們先後臣從。
與奧州伊達家有著異曲同工的是，前任肥前有馬家家督有馬賢純在不斷擴大自家影響力外，還不忘提高自家的家格。
有馬賢純在繼承了肥前有馬家家名後，就頻繁派遣使者上洛，並向朝廷、足利將軍家進行獻金以及獻上渡來寶物。
經過有馬賢純的不懈努力下，朝廷先後授予其兵庫頭、侍從、參議、修理大夫等官職，位階也提升至從四位下。一度與大友家前任家督大友義鑑的官位持平。之後，他還從足利義晴處獲得了一字拜領，更名為有馬晴純。
天文二十一年，有馬晴純在古稀之年選擇讓出家督之位隱居。而從有馬晴純手中接過肥前有馬家家業的是其長男有馬義貞。
與其父積極擴大影響力、提升肥前有馬家家格不同的是，有馬義貞在繼任家督之位後，就選擇了提高自家的財政收入和經濟發展。
當少貳家與龍造寺家於東肥前諸郡打得不可開交之時，肥前有馬家卻在隔岸觀火，完全沒有趁機將勢力延伸至東肥前諸郡的跡象。
天文十九年，葡萄牙人因無法在島津家治下的薩摩、大隅兩國之中傳教，被迫北上至肥前平戶湊，並獲得了平戶松浦家傳教的許可。
之後，平戶松浦家治下領地信奉天主教之人迅速增加至一千人以上。同時，這些天主教信徒還對寺院神社進行破卻。
得益於平戶松浦家在平戶湊為葡萄牙人修建了商館後，葡萄牙人得以繼續向南肥前進行傳教。
等到葡萄牙人因宗教信仰問題與平戶湊町民發生衝突，並被群起圍攻後，付出了十四人的傷亡才得以乘船渡海逃離，此為宮前之變。
得知葡萄牙人與平戶松浦家之間關係產生裂痕的大村純忠是喜出望外，他早就想透過與葡萄牙人之間的貿易，來獲得大量渡來物品，以及火繩槍這樣的新銳火器。
此後，大村純忠就以永久為葡萄牙人開放橫瀨浦、為葡萄牙人修建商館、免除葡萄牙人在大村領產生的一切稅務、許可葡萄牙人進行傳教等諸多優惠條件下，與葡萄牙傳教士路易斯·德·阿爾梅伊達（Luis·de·Almeida）達成了協議。
如此一來，地球儀、望遠鏡、指北針、阿拉伯馬、鸚鵡、紫檀木、十字弩、佛郎機炮、大明瓷器等大量渡來寶物、火器就源源不斷的流入大村領之中。
隨著大村家成功與葡萄牙人展開頻繁的貿易後，本就想提升肥前有馬家經濟實力的有馬義貞自然是坐不住了，他當即讓弟弟大村純忠作為中介，說服葡萄牙人至肥前有馬家治下的南高來郡口之津進行貿易、傳教。
而大村純忠之後就在天主教會扶桑佈教長科斯梅·德·託雷斯（Cosme·de·Torres）的洗禮下，成為整個扶桑第一個信奉天主教的大名，他的洗禮名為唐·巴爾特羅密歐(ドン·バルトロメウ、Don·Bartolomeu)。
在信奉了天主教後，大村純忠不單單命自己的家人改信天主教，甚至迫使治下領民都信奉天主教。同時，他還破卻了有一百年曆史的十三座神社、二十八座寺院。
由於肥前有馬家、大村家放縱葡萄牙人傳教，以及大肆破卻寺院神社，導致後藤貴明、西鄉純堯、深堀純賢等不願改變宗教的有力國人領主們極度不滿。
再加上有馬義貞統轄肥前國人領主聯軍在侵攻龍造寺領的過程中接連損兵折將，導致西肥前國人領主們對肥前有馬家的不滿集中爆發了。
率先發難的便是後藤貴明，他趁著大村家不備之際，聯合松浦隆信、西鄉純堯、深堀純賢等人，以一千五百餘軍勢向橫瀨浦發起了突襲。
倉促之下，大村純忠難以在短時間內徵召到軍勢，被迫率七名家臣以及家眷、侍女、小姓、雜役等八十人固守於本據三城城中。
值得一提的是，儘管雙方實力差距如此懸殊，三城城城中之人並沒有拋棄主君大村純忠，更沒有向來犯之敵投降。
大村純忠倒是急中生智，命城中的侍女、小姓、雜役在城中豎起大量的旗幟，並讓家眷也高舉旗幟在城中來回奔跑，以營造出城中守軍眾多的假象。
就在三城城處於危難之時，大村家家臣富永又助假意投降，並在靠近西鄉勢有名武士尾和谷軍兵衛之際，一舉將其斬殺，導致西鄉勢就此陷入混亂。
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