儘管畠山高政本人對上杉家扶持畠山義就流的同族畠山在氏而感到不滿，更不希望收匠作畠山家庶子家松波畠山家少主畠山常重作為養子，但他眼下已經被遊佐信教、安見宗房、湯川直春等家中重臣們架空，根本無法直接拒絕此事。
上杉清定為了讓畠山常重繼承金吾畠山家家名不受到太大的阻力，還不忘以足利義氏的名義，許可原先繼承足利將軍家奉公眾畠山宮內大輔家家名的湯川直光之子湯川直春，仍能繼承畠山宮內大輔家家名。
至於遊佐信教、安見宗房等金吾畠山家重臣們，清定皆以足利義氏的名義授予他們御供眾，享有足利將軍家直臣的身份。
雖說畠山高政之弟畠山政尚領有紀伊有田郡，且與高野山金剛峰寺之間的關係較近，並有著覬覦金吾畠山家家督、畠山氏一門總領的野心。但他意識到上杉家在近畿諸國的勢大，加上自己在紀伊一國之中的支持者較少，很難與上杉家相抗衡，也只能眼睜睜看著金吾畠山家的繼承權落入上杉家一門親族眾畠山常重之手。
遊佐信教、安見宗房、湯川直春等金吾畠山家重臣們本就不希望看到畠山高政收其弟畠山政尚或畠山昭高為養子，他們還想著繼續執掌金吾畠山家的大權。
從能登而來的畠山常重是人生地不熟，就算有著上杉家的支援，在短時間內也是無法親政的。與有著極大野心和雄心壯志的畠山政尚、畠山昭高兄弟二人相比，遊佐信教、安見宗房、湯川直春等人情願從上杉家迎來畠山常重來繼承金吾畠山家的家名，以確保自身的權勢和利益不受到任何損失。
而另一邊，由於堺公方足利義維的拒不配合，導致反上杉家一方勢力無法順利擁立一名能與足利義氏匹敵的武家棟樑。
在萬般無奈之下，三好家筆頭重臣筱原長房只能退而求其次，選擇說服足利義維的長男足利義榮，由他來接受大友家擁立的徵西宮豐成的準三宮宣下、徵夷大將軍宣下、源氏長者宣下，並擔任淳和獎學兩院別當之職，官位也先後獲得從五位下左馬頭、正三位大納言。
值得一提的是，左馬頭為歷代將軍候補者的慣例官職。而足利義維的左馬頭之職是在大永七年（1527年）被後奈良天皇授予。
在獲知了足利義榮與支援偽朝的大友家、三好家、毛利家、河野家等大名狼狽為奸、沆瀣一氣後，足利義維是氣得幾乎暈厥。
足利義維是千算萬算沒有算到，自己的兒子會如此經不住徵夷大將軍、武家棟樑之位的誘惑。他自從堺町退入阿波境內，就不再執著於奪取徵夷大將軍、武家棟樑之位，想著安安穩穩的過完餘生。
可是，足利義榮卻並不打算就此平平庸庸的過日子，不僅與三好家之間關係密切，甚至還接受了偽朝授予的徵夷大將軍、源氏長者、淳和獎學兩院別當、正三位大納言等職，這就等於給堺公方家戴上了一頂逆賊的帽子。
於是，足利義維果斷與足利義榮斷絕了關係，並在一氣之下，帶著次男足利義助、三男足利義任跑到無覺寺的分寺慶林院出家為僧，給自己取了個戒名實山道詮。
其實，足利義維早就看出足利將軍家已經無法恢復曾經的威權，秩序、家格意識也在足利義晴、足利義輝父子在位時期被基本打破。
原本，扶桑全國規模統一與統合的契機，應始終從天皇或將軍的權威中尋求。即便在戰國大名鼎盛的東國，北條家、山內上杉家等有力大名也在一定程度上受古河公方（關東將軍）及關東管領的秩序與家格意識制約；西國因渴望與大明、朝鮮、琉球等東亞諸國進行貿易，足利將軍家（扶桑國王）的影響力更為顯著。
可見，與幕府、朝廷對峙並確保正統是至關重要的。
足利將軍家的正統是體現在：中央層面守護北朝天皇家與京都和平，地方層面調整大名利害並編整秩序，國外層面以扶桑國王的身份來管理貿易。例如，足利義晴在足利義維威脅將軍之位時，雖無法留京，仍應天皇要求兩次改元，並嚮明朝、琉球、朝鮮等國派遣國書。
但足利義輝因未將三好長慶視為足利義維般的威脅，屢屢懈怠政務。結果導致三好長慶逐步奪取禁宮修繕、改元、赦免南朝勢力、接待明使等本屬將軍的職責——這些行為得到天皇與朝廷認可，標誌著無將軍的時代已然啟動。
曾經的三好之長就因擾亂畿內和平遭非議，而三好長慶已成長為宣言維護畿內和平的重要勢力。
之後，三好長慶更是與足利義輝幾乎同時敘從四位下的位階。
反觀放棄職責的足利義輝，被剝奪“武家唯一公卿”的地位。頻繁將京都捲入戰亂的將軍被視為“遭天罰”，淪為讓三好家“謀反”的存在。
極端而言，三好家在將足利義晴、足利義輝父子逐出京都的那段時間，足利將軍家已經在實質滅亡。
在此後的戰事中，三好長慶還不擁立足利將軍家進行東征西討。而另一個次元裡的織田信長卻要擁立足利義昭、足利義尋父子。
由此可見，三好家是扶桑武家之中最早擺脫足利將軍家束縛的大名。
不僅如此，三好長慶還接管明使接待，終結足利義輝作為扶桑國王的活動。在另一個次元裡被信長放逐的足利義昭則是透過對馬宗家與朝鮮國王進行通訊，與足利義輝不同，仍以扶桑國王自居。
在扶桑戰國末期根深蒂固的家格秩序，也因三好家的崛起而改變。
身為足利將軍家陪臣的三好長慶、三好義興、三好長逸，以及三好家重臣松永久秀同敘從四位下的位階，獲賜天皇家桐紋，受贈足利將軍家嫡流的象徵“御小袖之唐櫃”。
在另一個次元裡的織田信長雖然也獲得了桐紋免許，就任足利將軍家曾擔任的右近衛大將，甚至在本能寺之變前被朝廷勸進太政大臣、關白或將軍（三職推任）。但即便平定畿內、迫使本願寺屈服後，織田信長仍試圖認定足利義昭為“西國之公方”並議和，始終未能剝奪其徵夷大將軍之職，也未獲得超越歷代足利將軍的官位——這正是他與足利將軍家關係的真實困境。
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