在上杉軍的鐵炮攻勢下，松永軍在猝不及防之下是人馬具驚，陣型大亂。
穴澤氏清見狀，也不給松永軍絲毫反應時間，直接親率三百名騎馬武士衝向亂成一團的松永軍，並嚴令後退者斬。
在混戰中，穴澤氏清的戰馬被松永軍足輕的長槍刺成重傷，他仍然沒有後退之意，直接選擇下馬步戰，黑雲備的足輕、武士們皆為他的氣概所激勵，紛紛發起決死奮擊，居然成功以三百之眾將上千松永軍一舉擊潰。
超升寺左近將監、古市景治等人也無力收攏己方軍勢組織反擊，便在馬廻眾的護衛下狼狽逃離戰場。而菅田備前守則是當場率本部軍勢一百餘人向上杉軍投降。
就在上杉軍處於勝利的當口，松永家的第二波援軍到了。
儘管松永軍在兵力上佔據絕對的優勢，可與之相對的上杉軍卻都是剛剛打過沙苑的得勝之師，士氣正銳。
穴澤氏清也不打掃戰場，在稍作休整後，便以黑雲備的兩千餘軍勢為主，摧鋒直進，攻向抵達東大寺立足未穩的四千餘松永軍。
受到東阪原之戰己方慘敗，以及河內、和泉、紀伊等國己方勢力遭到重創或被上杉家攻滅等諸多不利因素影響，兩軍合戰後，士氣佔優的上杉軍將立足未穩的松永軍打得是丟盔棄甲，狼狽而逃。
寶藏院胤榮在合戰中是極為生猛，就算身中三矢，也不顧傷痛，繼續奮勇殺敵，在身上掛彩的情況下，還是在混戰之中，將松永軍有力武將鞆田城城主鞆田山城守討取，給穴澤氏清留下了極為深刻的印象。
終究，松永久通獨自領兵的次數不多，且從未遇到如此悍不畏死的軍勢。
在付出了五百餘人的傷亡後，松永久通在已無勝利前景的情況下，為了能夠撤回多聞山城重整旗鼓，便悍然下令將東大寺焚燬。
就這樣，作為華嚴宗大本山、南都七大寺之首的東大寺，在經過南都燒討（1180年）後，再一次遭到兵燹波及。
只不過，此番東大寺之戰後，東大寺並沒有像南都燒討那般損毀嚴重。
穴澤氏清深知東大寺在大和一國有著非常大的影響力，若是不及時進行滅火撲救，極有可能會讓輿論對上杉家不利，便沒有對向多聞山城敗逃的松永軍進行追擊，反而是一面佈置警戒，一面組織對東大寺進行滅火。
最終，東大寺只有大佛殿一座建築被焚燬，釋迦像遭燒燬。這比南都燒討時，大佛殿、金堂、中門、迴廊、東塔等核心建築化為灰燼，以及盧舍那大佛頭部與手臂被燒落，大量佛像、經卷、文物焚燬的結果要輕出不少。
可以說，東阪原之戰、東大寺之戰兩戰的結果完全出乎了上杉家、松永家的意料。
松永家是處處捱打，以多數兵力在自家地盤上兀自被上杉軍一支兵力寡少的偏師打得是暈頭轉向，幾乎是要丟掉北大和諸郡霸權的節奏。
之後，身在攝津的八條定繁見大和一國形勢大好，便請扎比·布萊克索恩與畠山在氏、三好笑巖、大館晴光、鳥養宗慶、丹下盛知、平芳知等上杉家河內諸將一同行動，在攻滅田原城的河內田原家後，就進入大和，配合穴澤氏清一同討伐松永家。
宇陀郡、吉野郡兩郡的鳥屋尾滿榮、家城之清、日置大膳亮、大宮含忍齋、小川家直、芳野民部大輔等原伊勢北畠家重臣們也趁機聯合本善寺旗下的一向一揆眾兵分兩路，一面攻向宇智郡，一面攻向十市郡。
本就因玉井家、河內遊佐家敗亡而陷入孤立的大岡賴尹、坂合部賴家等人哪裡還有招架之力？
在宇陀眾、吉野眾、大和一向一揆眾的凌厲攻勢下，野原城、二見城、布袋山城等數座城池兵砦先後陷落，力不能支的大岡賴尹、坂合部賴家等人不得不主動獻出岡西山城、坂合部山城，向上杉軍投降。
至於先前被松永久秀安排去攻打柳本城竹內秀勝、十市藤滿等將，在獲知己方先後於東阪原之戰、東大寺之戰慘敗的訊息後，隨之解除了對柳本城圍攻。
為了遏制宇陀眾、吉野眾、大和一向一揆眾的大舉北上，竹內秀勝、十市藤滿等將不得不率軍分別前往鄰近十市郡與高市郡境目地帶的上之山城、貝吹山城。
而三之谷肥後守、多田常胤、立野良信等人在獲知松永久通已經於東大寺慘敗，並退回多聞山城後，生怕自己這一路遭到上杉軍的孤立或奇襲，便放棄了切斷上杉軍退路、糧道的計劃，各率本部軍勢退回各自的居城之中，並暗中派遣使者前往帝塚山城，請求獲得筒井家家宰福住順弘的寬恕，希望能夠歸參筒井家。
當然，八條定繁也不忘對松永家進行分化，他知曉多羅尾光俊的正室是松永家筆頭家老竹內秀勝之女竹內御料人，便讓其致信竹內秀勝，勸說竹內秀勝儘快棄暗投明，自己可以看在正擔任正三位大膳大夫兼久我家家司竹內季治（竹內真滴，竹內秀勝之兄）的面子上，進行網開一面。
可是，竹內秀勝卻拒絕了八條定繁遞來的橄欖枝，選擇繼續為松永家效忠。
