儘管別所就治、別所安治父子先後請降，加上站在上杉家一方的別所重棟多番求情，但八條定繁是不為所動。
經過別所家兩次詐降後，八條定繁認為別所家是反覆無常，知其詭譎，心下猜忌已深，拒不納降。
而且，上杉家方面不是沒有給過別所家投降歸參的機會。
連身在相模小田原城的上杉清定，看在別所家作為播磨最先倒向上杉家一方的大名，以及為上杉家牽制三好家、攝津有馬家等敵對勢力的一部分兵力，之後還為上杉家靜謐播磨的過程中出兵出力，這才沒有讓朝廷、足利將軍家指認別所家為朝敵、禦敵。
可別所就治不僅沒有好好珍惜重返上杉家旗下的機會，反而繼續站在偽朝一方與上杉家刀兵相見，並接受了偽朝授予的從三位中納言兼播磨守的官位，以及播磨、攝津兩國守護職。
在別所就治看來，自己之前倒向上杉家一方，併為其出兵出力，就是為了能夠在上杉家成為扶桑新一代霸主後獲得播磨的守護或守護代的役職，以取代總領家赤松家的地位。
但上杉家就因為別所家沒有及時發兵馳援遭到小寺軍奇襲的下冷泉家、間島家、依藤家，直接對別所家進行功過相抵。加上上杉家還在播磨一國靜謐後，還進行了大規模的檢地，讓播磨境內的所有大名、國人領主從此喪失了原先擁有包括守護不入在內的特權。
這就導致別所就治對上杉家感到非常失望，從而心懷貳意。
可以說，忠心這個東西對於別所就治，就像導電性之於絕緣體——完全是不存在的。
就在松永久秀、巖成友通、太田垣朝延、遊佐信教、玉井三河守、有馬重則、三箇賴照、田原對馬守等人相繼舉兵叛離上杉家，讓上杉家在近畿諸國的統治搖搖欲墜的時候，生性不安分的別所就治也按捺不住了，他決定趁機叛離上杉家，響應近畿諸國的國人一揆。
其實，別所就治一直志在割據，此前雖然臣從了上杉家，可由於那時上杉家的統治範圍主要在東海道、北陸道、東山道等地，對山陽道最東端的播磨是鞭長莫及。
不過，等上杉家發兵上洛，並將三好家的勢力逐出近畿諸國後，局面就大不一樣了。別所家無法繼續在東播磨半國之地稱霸和維持影響力。
故而，別所就治不得不與上杉家為敵了。
當然，別所就治之所以敢冒著被播磨境內的上杉家諸將圍攻的風險向上杉家舉起反旗，還有一個重要原因——別所家所領與攝津有馬領、太田垣領接壤，就算上杉家發兵討伐，也不是最先討伐別所家。加上毛利家、三好家、河野家等反上杉家一方的有力大名們還能透過海路與自己進行聯絡。就算出師不利，別所家也能固守本據三木城，堅守至勢窮力竭後再降服於上杉家軍門之下即可。
進可割據一方，退能保全性命，這樣的事，為什麼不幹呢？
顯然，別所就治過於高估近畿諸國國人一揆的實力，以及自我感覺良好，自以為是。
還沒等別所就治將東播磨半國之地盡數壓制，松永家、巖成家、玉井家、河內田原家、河內遊佐家、三箇家等反上杉家一方的大名、國人領主就先後被攻滅。
即使別所家先發制人，襲取宿敵下冷泉家大部分領地，還是沒能順利獲得明石湊這個重要的出海口。
在明石祐行、三宅治忠等上杉家諸將的奮戰，以及池田勝正、浦野重次、芥川孫十郎等攝津諸將的策應支援之下，使得別所就治在明石郡的攻略幾乎沒有進展。
得益於一向宗法主本願寺顯如先前下達的御下文，使得播磨、攝津兩國的一向宗信徒皆熱情響應上杉家的徵召，不僅協助上杉軍輸送糧草輜重，還參與對別所家本據三木城外圍的付城修築。
這就使得三木城外圍的付城增加到四十座之多。
而另一方面，就在八條定繁率軍對三木城展開圍攻的同時，上杉定虎在穩定了近江、伊賀、大和三國局勢，以及進行一番休整後，就率九萬八千餘軍勢，兩萬五千餘陣夫，在翻越丹波與山城境目地帶的愛宕山後進入丹波境內，前去協助山名家討伐於但馬、丹波兩國興兵作亂的太田垣家、丹波仁木家。
得益於宇佐美定勝轉封至丹波後，就於桑田郡、船井郡、多紀郡、何鹿郡等地整備道路、加固橋樑，使得上杉軍在山路行軍的過程中，並沒有造成任何非戰鬥減員。
仁木氏原本分為丹波仁木家、伊賀仁木家、伊勢仁木家三家。與長期在國的伊賀仁木家不同的是，丹波仁木家、伊勢仁木家兩家則是長期在京侍奉室町殿左右，協助處理政務。
自從明德之亂，京兆細川家獲得原山名家治下的丹波一國，就開始了長達一百五十年的統治。但丹波仁木家作為足利將軍家的近臣，依舊領有南船井郡曾我部鄉一帶作為所領，並繼續作為室町殿的近臣長期在京。
到了應仁之亂時期，仁木家並非上下一心，而是分道揚鑣——時任伊賀仁木家家督仁木中務少輔、丹波仁木家家督仁木成長選擇加入東軍，時任伊勢仁木家家督仁木教將則是選擇加入西軍，同族之間就此刀兵相見、自相殘殺。
隨著六角家勢力逐漸向北伊勢諸郡滲透，伊勢國司北畠家也不斷向北進行擴大勢力，使得伊勢仁木家在仁木氏各庶子家中率先斷絕家名。
而丹波仁木家因先前支援三好家旗下的丹波守護代內藤家，導致所領曾我部鄉以及居城善願寺城（曾我穀城）皆被上杉家沒收。
