就在忍界人心惶惶，失去了大量的貴族和大名之後，不知道未來將會有怎樣的統治者的平民們十分擔憂的時候。
作為勝利者的傑爾馬帝國在火之國曾經的首都，大名所居住的天守閣裡頒佈了未來忍界還有傑爾馬帝國的規劃.
新生的傑爾馬帝國由至高無上的皇帝陛下文斯莫克·伊治所統治，在皇帝陛下之下建立三大機構，由伊莎貝爾擔任首席執政官的政府部門、由大蛇丸和不久之前投靠傑爾馬帝國的卑留呼分別擔任正副總裁，吸收了忍者五大國所有研究人員的科學研究部門，由原本的忍者五大國和近衛軍構成的軍事部門六御。
三大部門地位平等共同效忠皇帝陛下伊治，自此忍界徹底終結戰亂走向統一，忍者這一職業由僱傭兵轉變為正式的軍人，那些零零碎碎的小型忍村和忍族還有流浪忍者們要麼主動投靠六御，要麼加入到了政府部門麾下的間諜機關中。
除此之外新生的傑爾馬帝國還開始蒐集整個忍界的忍術、秘術和血繼限界之類的東西，源源不斷地運送到了首都，提供給科學部門進行開發和研究。
就連鬼之國的巫女這類並不屬於忍者體系，但是確實擁有某種神奇力量的目標也不例外，統統都被傑爾馬帝國派出的人手綁架起來送回到了傑爾馬帝國。
“你們一定會後悔的！”
被打暈後強行帶走的巫女紫苑很是‘絕望’地說道，可惜的是被派去鬼之國綁架她的剛好是曾經的雷之國的雲隱忍者。
這些渾身都是肌肉就連腦袋裡很大程度上都是肌肉的蠻子壓根不相信所謂的‘魍魎’真的存在，反正就算真有什麼了不得的玩意，大不了再跑一趟抓起來送回科學研究部門就是了。
以大蛇丸為首的研究者們正沉浸在素材送來的速度比他們研究的速度都要快好幾倍的痛並快樂中，以整個忍界的力量為他們提供素材，這樣的好事就連曾經差點成為火影的大蛇丸都沒能體驗過。
傑爾馬帝國六御這樣的‘暴行’自然是激起了不少反抗，什麼魍魎的死者大軍、鬼燈城的極樂寶箱、神農的零尾、還有那些在忍界大戰中戰敗後被迫退隱的忍族和擁有特殊能力的神秘人。
一時間整個忍界都很有點群魔亂舞的架勢，就連大名和貴族們的餘孽也開始蠢蠢欲動起來。
在這種情況下那些惹出了事端的忍者們受到了科學部門負責人大蛇丸的親自表彰，並且強烈要求軍事部門的六御趕緊出動，去把那些什麼魑魅魍魎亂七八糟的東西統統都抓起來，說不定他們能從魍魎的黃泉死者大軍裡研究出永動機科技也說不定。
於是就在忍界群魔亂舞開始之後沒過多長時間，在經過了六御內部激烈的爭論後，秉持著誰摸到的誰負責的原則，六御分別派出了各自的隊伍‘瓜分’了那些被他們的成員惹出來的‘好東西’。
來自鬼之國的魍魎僅僅堅持了一天不到就被帶著兩位人柱力的第三代土影毆打到生活不能自理，然後被封印起來送回到了火之國的首都，交給那些科學瘋子們切片研究。
被神農製造出來號稱是‘零尾’的怪物遇到了現在屬於六御中的近衛軍的水無月白，‘零尾’大戰九尾結果差點沒被直接打爆，然後被嚇到大小便失禁的神農也被水無月白凍結起來送回到了火之國的首都，零尾有不小的研究價值，而神農說不定能加入研究部門。
至於伊治本人則是潛心研究從宇智波斑身上獲得的輪迴眼，雖然在大蛇丸的眼裡伊治根本不能算是正經的研究人員，畢竟不會有哪個研究人員只擅長研究自己的。
不過不得不承認的是伊治在研究自己這方面確實很有天賦或者說是特長，因為身兼三大惡魔果實的緣故，伊治不僅具備暗暗果實的詭異能力，還有震震果實的破壞力，最重要的自然還是蝙蝠果實·吸血鬼形態的超強恢復能力。
尋常研究者即便是得到了素材也往往需要再三考慮之後才敢對素材動刀子，不然就是浪費了寶貴的素材。
而伊治只需要想到就可以毫不猶豫地去做，反正失敗了最多就是砍手砍腳和挖掉某個器官罷了，以他的恢復能力最多幾分鐘的時間就能重新生長出來。
在經過這樣大膽或者說作死的反覆試驗後，伊治終於測試除了融合轉生眼和輪迴眼的辦法。
眼看著忍界在傑爾馬帝國的統治下的人們安居樂業，除了隔三岔五就有什麼亂七八糟的東西被六御的作死成員勾搭出來叫囂著要毀滅忍界或是要統治忍界。
然後過不了幾天就會有強大的忍者過來將這些亂七八糟的東西暴打一頓然後打包送走外，在傑爾馬帝國統治下的忍界人民驚訝地發現，他們所想象中的在暴君的統治下過著悽慘生活的幻想似乎並不會出現。
相反的來自傑爾馬帝國的先進技術極大地提升了忍界的生產力，而統一後的忍界也開始了穩定的貿易交流，各種物資的價格和成本幾乎是一夜之間就暴跌到了讓人欣喜若狂的程度。
就連過去困擾了人們無數年的山賊也因為忍界徹底統一了的緣故幾乎絕跡了，在六御的強大忍者整天到處亂跑的情況下，還敢蹦躂的山賊就真是自尋死路了，一時間還有不少已經習慣了經常受到山賊困擾的人們感覺很不習慣。
有那麼一個人或者說是存在，看到別人開心他就會不爽，看到忍界和平他就要跳出來搗亂，看到別人安居樂業他就要罵MMP，這個人就是傳說中的輝夜姬的第三個兒子——黑絕。
不同於自己那兩個封印了母親的不孝之子，在輝夜姬被封印的一瞬間誕生的黑絕是個超級孝順的好兒子，他的一生就是為了解除自己母親身上的封印而奔波，雖然說通常情況下他的努力都是白費功夫，但是眼看著以後似乎連努力的機會都沒有了，黑絕頓時就急了.
