時間倒回到二戰時期，一支小日子國的陰陽師關東軍佔領了遼東，在渤海海域與霸下發生了激烈的衝突。
為首的陰陽師頭領叫做梅川一郎。
由於當地生靈塗炭，霸下不忍心，開始不斷偷襲小日子軍隊。彼時的霸下雖然攻擊性不強，但是對付那些小日子人還是綽綽有餘的。
後來，陰陽師們找到了霸下，放出了各種各樣的式神進行攻擊，然而霸下僅憑自己一隻海龜就幹掉了整整一個支隊的陰陽師。憑藉著自己的防禦龜殼，任憑對方如何攻擊都無法傷害霸下分毫。
再後來，小日子人調集了重武器對霸下所在的淺海進行不分晝夜的狂轟濫炸，霸下靈力消耗太大，只好轉而躲在了深海……
小日子國戰敗投降後，僥倖逃回國的梅川一郎在天皇的授意下，組建了新的生物實驗室，接收融合了以前的731部隊，形成了如今的超自然防衛科。
梅川一郎對霸下印象深刻，一生致力於一件事，就是研發出一個機械霸下。經過幾代超自然防衛科的努力，還真的讓他們在海下完成了一項巨大的工程。
這個假的機械霸下，就建設在小日子海下。傳言佔地面積足足有一個灣灣島那麼大……
……
高溫末世來臨後，小日子列島在持續的地殼變動與海平面上升中，早就己經徹底沉入水下。
曾經繁華的東京塔、大阪城，如今只剩下扭曲的鋼筋骨架，在海里被變異魚群當作了巢穴。
但是，小日子人並沒有滅絕。這個窮兇極惡的民族，生命力極其頑強。
因為自從二戰末期，他們就著手建設了以機械霸下為核心的水下移動堡壘。
末世以後，以天皇為首的高官包括一部分臣民，全部轉移到了機械霸下內居住。
而超自然防衛科執行的另一項秘密研究，就是「核汙染淨化の計劃」。
由於他們長期在海水裡大量排放核汙水，需要對本島周圍的海域進行淨化，至於世界其他地方的海水，他們才不管呢。
這項計劃的核心就是變異發光多泡水母，這是小日子實驗室利用華人華僑進行活體實驗，不斷研發，最終研製出來的。
……
此時此刻，霸下的本體透明作戰艙內，那隻被捉到的發光水母，斷斷續續地講完了以上的故事。
並且，他利用自己的記憶碎片將知道的所有事情投屏到了牆面，形成了全息投影。
他絕望地哭訴道，“他，他們利用我們進行改造……”
沈妙等人雙眼通紅的看著一幕幕碎片投影……
就算是鐵石心腸，看著這一幕幕慘絕人寰的景象也會毛髮首豎，不寒而慄。
投影中顯示，超自然防衛科實驗室裡，一個掛著梅川二字胸牌的年輕頭目模樣的人正在對著手下大發脾氣，“到底什麼時候能夠找到？”
手下畏畏縮縮地搖頭……
實驗室西周掛著一排排赤身裸體的華人，他們渾身插滿了管子，半個身體都被浸泡在福島核汙水調配的腐蝕液裡。他們絕望痛苦地嚎叫著，慢慢發生形變，成為了頭大如傘蓋，渾身長滿了發光綠色泡泡的水母……
一個穿著防護服的研究員將一管濃稠的核廢料注入一隻水母體內，它的傘蓋瞬間從淡藍變成汙濁的褐紅色，人類記憶開始變得混亂零碎。
成排的“淨化水母”被放在海底機械霸下的周圍，一旦它們遇到核物質，觸鬚就會自發地像輸液管一樣插入汙染源，將放射性物質吸收進體內。
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