【旗木朔茂死後，火影的人選變成了三忍，自來也跟他不和，綱手是千手一族的，威望太過，大蛇丸倒是跟他臭味相投。
於是，團藏開始支援大蛇丸，但是，他和大蛇丸利用村民做實驗的事情曝光了，他把罪責推到大蛇丸身上，大蛇丸叛逃，火影的位子自然也沒了。
最終，火影還是猿飛日斬選擇的波風水門。
當波風水門試圖收回他手裡的權利時，團藏的不甘心到達的頂點，明明猿飛日斬退位後，他才是火影的不二人選。
於是，在九尾之夜，他的根部選擇閉門不出，還拖住了想去支援的宇智波一族。
終於，波風水門也死了。
這是團藏最快樂的時候，他對猿飛日斬不甘心，猿飛日斬退位了，他討厭旗木朔茂，旗木朔茂死了，他討厭加藤斷，加藤斷死了，他討厭波風水門，波風水門也死了。
一個能打的都沒有，這下總可以做火影了吧。
然而，現實就是這麼愧對於他，猿飛日斬居然復辟了，依舊沒有他做火影的位置。
團藏一氣之下，安排人去刺殺猿飛日斬。
事情曝光後，他己經做好了跟猿飛日斬翻臉的準備，大不了一死，反正坐不了火影，他志村團藏不甘心。
然而，猿飛日斬沒對付他，還把這件事情壓下去了，少有人知道。】
看到這裡，眾人都驚呆了，目光愕然的落在猿飛日斬身上。
就連團藏都驚訝的張大嘴巴，他指著猿飛日斬：“我建立根部，分你的權，在木葉作妖，你就那麼看著。”
猿飛日斬：“那不是我，這個世界的你敢建立根部，所有忍族會跳起來，教你做人。”
團藏又說：“我作為輔佐，刺殺火影這麼大的事情，你都能按下來，假裝什麼都沒發生，日斬，那個世界的你腦子有病嗎？”
猿飛日斬：……
團藏卻又咧開嘴，露出牙花子，笑的燦爛。
“日斬，我就知道，不管哪個世界的我們，都是好兄弟。”
他一隻手攬著猿飛日斬的脖子，“好兄弟一輩子。”
猿飛日斬在心裡呵呵了兩聲。
你要不要看看，幾位老師的臉色，在曝光另外一個世界的你黑歷史呢，你還笑這麼開心，真的會被打的。
【光幕還在繼續，刺殺猿飛日斬的事情結束後，團藏終於消停了。
因為猿飛日斬的不追究，他難得良心發現，收斂了，但也就那麼一點點，只針對猿飛日斬而己。
他開始大肆吸納人才進入根部，各大忍族都是他的目標，山中一族，油女一族，其他各大族的都沒放過。
其次，他還把孤兒院的有天賦的孩子也帶進根部，進行最殘酷的訓練。
他讓他們兩人一組一起訓練，面對各種殘酷的競選，殺死別的隊員，脫穎而出。
等那些兩兩一組的淘汰到十組後，又讓他們殺死最親密的隊友，來泯滅他們的人性。
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