然而，劉秀的鼓勵與打氣，並沒有解決朱浮的實際的問題。
朱浮被圍已久，薊城糧食吃盡。人們為了生存，甚至互相格鬥殘殺，吞食對方屍體，以圖苟延殘喘活命。城內的治安局勢也漸漸混亂，無法穩定，危城已經無法堅持。
見此危狀，劉秀只好下令上谷郡守耿況派騎兵救援朱浮。
於是，朱浮在耿況的掩護下，只好放棄薊城逃生。朱浮南奔至良鄉時，他的部下反而遮擋住朱浮的去路，不讓朱浮馬上離去。
朱浮恐自己不得脫身，便下馬刺殺了妻子，隻身逃遁。城池也歸降了敵人，薊城落入了彭寵的手裡。
尚書令侯霸於是上奏彈劾朱浮“敗亂幽州，造成了彭寵的背叛大罪。徒勞軍師，又不能死節，罪當殺頭。”
劉秀不忍對朱浮加誅，就以朱浮代賈復為執金吾，改封為父城侯。
攻陷了薊城，彭寵躊躇滿志，自以為北方的局勢，已在自己的掌控之中。
於是，他公開自稱“燕王”，親自率領自己的大軍，四處征戰，拓展自己的勢力。他一連攻陷了右北平，以及上谷郡所屬的幾縣。
然後，彭寵又用重賄勾結北方的匈奴汗國，並向匈奴借兵；再向南方結交齊王張步，以及富平，獲索等變民勢力。
這樣，燕王彭寵對朝舟的威脅，更加地嚴重。劉秀時刻憂心彭寵會孤注一擲，向南進軍，直接進犯京師。
見此情形，劉秀與諸將和文武百官計議，決定還是首先穩定好自己的後方以後，再向彭寵等叛軍發動討伐和攻擊為宜。
三月底，安定好洛陽北方的懷縣與軹縣後，劉秀親率大軍，掉頭向南，抵達堵陽，攻擊叛亂的董？，鄧奉。
董？不能支援，投降。鄧奉率領殘軍，退回自己的基地育陽（南陽南邊的綠楊村）。
四月，劉秀追擊鄧奉到達小長安（育陽境）聚轄境。鄧奉勢孤，不能繼續支援。於是，漢軍大破鄧奉軍。
鄧奉走投無路，就由被俘的建義大將軍朱祐從中聯絡，決定投降劉秀。
雖然消滅了鄧奉，但劉秀的心裡並不快樂，也並不平靜。
劉秀知道，鄧奉完全是被大司馬吳漢的暴掠逼反，而他又是姐夫鄧晨的親堂侄兒，甚至對妻子麗華一家都有很深的恩德。
先前，劉秀巡視河北之時，麗華的哥哥陰識，正是鄧奉手下的將軍。麗華一家，移居育陽，都是寄住在鄧奉的家裡。賴鄧奉的支助，麗華才得以全家倖存。
因此，劉秀對鄧奉被逼反的處境很是同情，憐憫他是姐夫的堂侄，又是支援他稱帝的舊臣，並且他的叛亂也是吳漢引起的，想赦免他，盡力保全他的性命。
可是，劉秀手下大將岑彭，耿弇等知道鄧奉的才能，怕鄧奉以後對他們自己不利。所以，他們堅決反對劉秀赦免鄧奉。
他們勸阻劉秀：“皇上啊，鄧奉為了一己私利，一時的怨憤，就背叛皇上，起兵叛亂。他的罪過實在太過嚴重，罪不容赦。他擾亂地方，一連數年，給百姓造成的傷害嚴重。他也使我軍損失慘重，他傷害了賈復，擒獲了朱祐，若不誅滅，無以懲惡。
並且，當他知道陛下御駕親征以後，依然不知道悔過。他還是一意孤行，竟然親身上陣，與陛下對抗，實在是罪大惡極。
當他勢窮力孤之時，才不得不投降，更加證明他的頑固不化，冥頑不靈。如果不殺鄧奉，就不足以懲戒其他叛逆者！”
劉秀雖然有心保全鄧奉，但他無法說服手下諸將，更不願因此事而激怒自己手下那些嫉妒而又蠻橫的將領。
因而，劉秀只好下令斬殺鄧奉，梟首示眾，赦免安置鄧奉的子孫。然後，劉秀重新恢復朱祐的建義大將軍的官職。
